More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3049 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
314 aa  617  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.73 
 
 
325 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.89 
 
 
328 aa  303  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.25 
 
 
329 aa  297  2e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.47 
 
 
326 aa  293  3e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.9 
 
 
327 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.44 
 
 
327 aa  282  4.0000000000000003e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.77 
 
 
328 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  47.96 
 
 
327 aa  279  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.96 
 
 
328 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.42 
 
 
325 aa  279  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.75 
 
 
328 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.31 
 
 
327 aa  275  5e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.31 
 
 
327 aa  273  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.77 
 
 
330 aa  272  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.71 
 
 
328 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  45.74 
 
 
321 aa  268  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  45.74 
 
 
321 aa  268  1e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.14 
 
 
323 aa  262  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.28 
 
 
326 aa  262  6e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.71 
 
 
323 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.71 
 
 
323 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.71 
 
 
323 aa  259  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  45.6 
 
 
326 aa  259  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.95 
 
 
326 aa  259  4e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  45.14 
 
 
323 aa  256  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.51 
 
 
328 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.83 
 
 
326 aa  257  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.08 
 
 
323 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  45.14 
 
 
323 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  45.14 
 
 
323 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  45.14 
 
 
323 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.08 
 
 
323 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.08 
 
 
323 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  45.31 
 
 
323 aa  255  6e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  44.83 
 
 
323 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  44.83 
 
 
323 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.77 
 
 
332 aa  249  6e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.77 
 
 
332 aa  248  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  42.45 
 
 
332 aa  247  1e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.95 
 
 
316 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.95 
 
 
316 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.95 
 
 
316 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.95 
 
 
316 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.95 
 
 
316 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.79 
 
 
348 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.03 
 
 
324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.11 
 
 
323 aa  242  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.79 
 
 
329 aa  242  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.45 
 
 
327 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.06 
 
 
315 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.49 
 
 
327 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.25 
 
 
319 aa  237  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  38.87 
 
 
315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.18 
 
 
341 aa  229  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.57 
 
 
351 aa  227  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.64 
 
 
342 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  41.52 
 
 
321 aa  217  2e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.41 
 
 
356 aa  216  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.34 
 
 
339 aa  215  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.48 
 
 
325 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.98 
 
 
339 aa  211  2e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  40.19 
 
 
316 aa  206  5e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  38.8 
 
 
347 aa  187  3e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  33.86 
 
 
359 aa  160  4e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  39.03 
 
 
318 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.93 
 
 
306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.29 
 
 
311 aa  151  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
325 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  34.58 
 
 
328 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.76 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  36.45 
 
 
308 aa  136  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.74 
 
 
306 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  32.46 
 
 
635 aa  120  1.9999999999999998e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  29.45 
 
 
329 aa  77.8  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.41 
 
 
316 aa  75.5  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
325 aa  72.4  0.000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  29.39 
 
 
328 aa  72.4  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  26.01 
 
 
316 aa  72.4  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.38 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  25.08 
 
 
324 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05730  UDP-galactose 4-epimerase  30 
 
 
333 aa  70.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.805791  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
311 aa  70.9  0.00000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
322 aa  67.8  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1769  UDP-glucose 4-epimerase  27.8 
 
 
320 aa  66.6  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.818465  normal  0.0921457 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
315 aa  66.6  0.0000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1235  epimerase/reductase, putative  24.92 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0737  UDP-glucose 4-epimerase  28.25 
 
 
339 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.15 
 
 
312 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  28.16 
 
 
329 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.34 
 
 
309 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
328 aa  64.7  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.321568  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  28.97 
 
 
319 aa  64.3  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
357 aa  63.5  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1342  UDP-glucose 4-epimerase  28.47 
 
 
332 aa  63.2  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4862  UDP-glucose 4-epimerase  25.36 
 
 
322 aa  63.2  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.997922 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 
316 aa  62.8  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>