More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2080 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
328 aa  653    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.28 
 
 
329 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.36 
 
 
327 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.77 
 
 
327 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.91 
 
 
327 aa  432  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.61 
 
 
327 aa  425  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.5 
 
 
328 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  64.13 
 
 
327 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.83 
 
 
326 aa  421  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.83 
 
 
328 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.11 
 
 
325 aa  420  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.7 
 
 
328 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.38 
 
 
325 aa  408  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.22 
 
 
328 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.82 
 
 
330 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.59 
 
 
328 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.33 
 
 
323 aa  301  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.72 
 
 
323 aa  298  7e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.27 
 
 
326 aa  295  7e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.11 
 
 
323 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.09 
 
 
323 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.79 
 
 
323 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.11 
 
 
323 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.11 
 
 
323 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  47.09 
 
 
323 aa  291  7e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.09 
 
 
323 aa  291  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  48.63 
 
 
326 aa  291  7e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  47.09 
 
 
323 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  46.79 
 
 
323 aa  290  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  46.79 
 
 
323 aa  290  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.48 
 
 
323 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.89 
 
 
314 aa  289  4e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  48.49 
 
 
323 aa  288  9e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.08 
 
 
329 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.04 
 
 
326 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.77 
 
 
327 aa  278  9e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.82 
 
 
332 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.5 
 
 
327 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  44.82 
 
 
332 aa  276  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  44.51 
 
 
332 aa  275  8e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.63 
 
 
324 aa  266  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.73 
 
 
326 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.31 
 
 
323 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.43 
 
 
316 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.43 
 
 
316 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.12 
 
 
316 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.12 
 
 
316 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.43 
 
 
316 aa  255  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
319 aa  245  6.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.41 
 
 
325 aa  241  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  39.94 
 
 
315 aa  241  2e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.69 
 
 
351 aa  238  8e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  40.81 
 
 
321 aa  238  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  40.81 
 
 
321 aa  238  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.09 
 
 
356 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.48 
 
 
342 aa  235  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.27 
 
 
348 aa  231  9e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  39.75 
 
 
316 aa  228  9e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.57 
 
 
341 aa  228  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.5 
 
 
315 aa  224  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
339 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  39.06 
 
 
321 aa  205  8e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.94 
 
 
339 aa  202  6e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  40.06 
 
 
347 aa  201  9.999999999999999e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 
325 aa  182  8.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  35.94 
 
 
318 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 
311 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  31.15 
 
 
328 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  32.62 
 
 
359 aa  159  8e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  35.25 
 
 
635 aa  158  9e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.52 
 
 
306 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
316 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  30.72 
 
 
308 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.19 
 
 
306 aa  108  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 
320 aa  90.5  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
316 aa  77.8  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.63 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
328 aa  73.2  0.000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
357 aa  72.8  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  31.84 
 
 
329 aa  72.4  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
325 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.38 
 
 
319 aa  71.2  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 
327 aa  70.1  0.00000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
308 aa  69.7  0.00000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  30.58 
 
 
378 aa  69.7  0.00000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.37 
 
 
322 aa  69.7  0.00000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
335 aa  69.3  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.74 
 
 
321 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
328 aa  67.8  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.321568  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
317 aa  66.2  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 
321 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
319 aa  65.5  0.000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  25.47 
 
 
321 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6101  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 
302 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189492  normal  0.808784 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
308 aa  65.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0689  hypothetical protein  25.97 
 
 
321 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0621  hypothetical protein  25.16 
 
 
317 aa  64.7  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0676  hypothetical protein  25.16 
 
 
321 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.61639e-17 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  31.87 
 
 
329 aa  65.1  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>