More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5145 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
342 aa  679    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  83.53 
 
 
356 aa  548  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.51 
 
 
339 aa  487  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.55 
 
 
351 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.82 
 
 
341 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.05 
 
 
348 aa  427  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.35 
 
 
327 aa  318  7e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.35 
 
 
327 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.58 
 
 
339 aa  308  8e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  51.68 
 
 
323 aa  298  7e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  51.68 
 
 
323 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  51.68 
 
 
323 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  50.76 
 
 
323 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.35 
 
 
323 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  51.38 
 
 
323 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  51.38 
 
 
323 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  51.38 
 
 
323 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  47.59 
 
 
326 aa  293  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.09 
 
 
326 aa  291  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
326 aa  288  7e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.76 
 
 
324 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.4 
 
 
326 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.84 
 
 
323 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.84 
 
 
323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.84 
 
 
323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.15 
 
 
323 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.32 
 
 
323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.53 
 
 
329 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.6 
 
 
323 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.91 
 
 
323 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.71 
 
 
319 aa  264  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.2 
 
 
332 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.51 
 
 
332 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  41.9 
 
 
332 aa  263  4e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  44.31 
 
 
321 aa  255  8e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  44.31 
 
 
321 aa  255  8e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40 
 
 
315 aa  246  4e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.15 
 
 
328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.2 
 
 
316 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.2 
 
 
316 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.2 
 
 
316 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.2 
 
 
316 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.9 
 
 
316 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.14 
 
 
329 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.38 
 
 
327 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.55 
 
 
328 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.09 
 
 
327 aa  235  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.2 
 
 
328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  39.14 
 
 
315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.64 
 
 
327 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.81 
 
 
325 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.07 
 
 
326 aa  230  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.2 
 
 
330 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.48 
 
 
328 aa  228  9e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.44 
 
 
327 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.98 
 
 
325 aa  227  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.42 
 
 
328 aa  225  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  41.34 
 
 
321 aa  222  6e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.83 
 
 
328 aa  222  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  41.82 
 
 
327 aa  219  7e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.64 
 
 
314 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  39.76 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  37.5 
 
 
347 aa  180  4e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  37.88 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
311 aa  165  8e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
325 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  33.33 
 
 
359 aa  161  1e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  30.03 
 
 
635 aa  146  6e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  30.12 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.13 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
316 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  32 
 
 
308 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
305 aa  95.1  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.21 
 
 
306 aa  94.4  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
316 aa  84.3  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 
318 aa  83.2  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
316 aa  80.5  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.86 
 
 
317 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
319 aa  75.1  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  25.68 
 
 
324 aa  72.8  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.1 
 
 
327 aa  72.4  0.000000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.23 
 
 
314 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.09 
 
 
328 aa  71.2  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1793  UDP-glucose 4-epimerase  32.23 
 
 
330 aa  69.3  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.98 
 
 
316 aa  69.3  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0159  UDP-galactose 4-epimerase  32.23 
 
 
330 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.15603  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  33.14 
 
 
320 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1332  UDP-glucose 4-epimerase  34.87 
 
 
330 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1718  UDP-glucose 4-epimerase  34.64 
 
 
318 aa  67  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.818272  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0182  UDP-glucose 4-epimerase  27.2 
 
 
342 aa  67  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 
313 aa  66.2  0.0000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.36 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0795  UDP-glucose 4-epimerase  36.14 
 
 
327 aa  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.73 
 
 
314 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0196948 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04730  putative oxidoreductase protein  25.64 
 
 
348 aa  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2251  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  29.34 
 
 
330 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.214853  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0933  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  29.34 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>