202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3891 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3891  putative endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 152 aa  297  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5125  endoribonuclease L-PSP  81.63 
 
 		 154 aa  248  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1613  endoribonuclease L-PSP  68.71 
 
 		 154 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.578745  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1636  endoribonuclease L-PSP  68.03 
 
 		 154 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.564581 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4883  endoribonuclease L-PSP  67.35 
 
 		 157 aa  193  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000371063  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3343  Endoribonuclease L-PSP  39.46 
 
 		 152 aa  124  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0721684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0581  endoribonuclease L-PSP  43.65 
 
 		 154 aa  120  5e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0481259  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1944  Endoribonuclease L-PSP  42.47 
 
 		 153 aa  120  7e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1379  endoribonuclease L-PSP  43.54 
 
 		 158 aa  117  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1092  endoribonuclease L-PSP  44.35 
 
 		 151 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1645  Endoribonuclease L-PSP  34.69 
 
 		 156 aa  116  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.827325 
 
 
-
 
NC_004310  BR1165  hypothetical protein  43.24 
 
 		 154 aa  114  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1427  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 155 aa  114  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.426351 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4751  putative endoribonuclease L-PSP (protein synthesis inhibitor)  42.86 
 
 		 155 aa  114  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.708532  normal  0.751414 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3546  Endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 155 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2030  Endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 156 aa  112  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00146961  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2711  YjgF family translation initiation inhibitor  44.52 
 
 		 172 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.176581 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1180  Endoribonuclease L-PSP  40.43 
 
 		 153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3580  endoribonuclease L-PSP  43.55 
 
 		 153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1122  hypothetical protein  42.57 
 
 		 154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.457332  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2027  endoribonuclease L-PSP  42.18 
 
 		 154 aa  110  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0633724  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1960  hypothetical protein  38.36 
 
 		 153 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1123  endoribonuclease L-PSP  41.5 
 
 		 155 aa  110  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.321047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0435  endoribonuclease L-PSP  42.57 
 
 		 155 aa  110  9e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2408  endoribonuclease L-PSP  40.71 
 
 		 155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.628638  normal  0.167618 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1577  Endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 156 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.401191  normal  0.481334 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3043  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 155 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0200  endoribonuclease L-PSP  41.5 
 
 		 153 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.151399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3793  endoribonuclease L-PSP  37.67 
 
 		 154 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.756407 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1774  Endoribonuclease L-PSP  41.5 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2531  hypothetical protein  41.89 
 
 		 156 aa  108  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3313  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 155 aa  107  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.129795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2448  endoribonuclease L-PSP  41.43 
 
 		 155 aa  107  6e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.514496  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6055  Endoribonuclease L-PSP  39.19 
 
 		 162 aa  107  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.316335  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2803  endoribonuclease L-PSP  41.5 
 
 		 155 aa  107  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.117143  normal  0.432336 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1504  endoribonuclease L-PSP  43.17 
 
 		 155 aa  105  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.910903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3735  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 170 aa  105  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0323381  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2153  endoribonuclease L-PSP, putative  34.25 
 
 		 152 aa  104  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0713  Endoribonuclease L-PSP  39.04 
 
 		 152 aa  104  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53740  hypothetical protein  43.08 
 
 		 144 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00018421  hitchhiker  0.00710422 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1113  Endoribonuclease L-PSP  40.58 
 
 		 155 aa  103  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.85817  normal  0.626067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4704  hypothetical protein  43.08 
 
 		 144 aa  102  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723705  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0121  peptidase C26  38.67 
 
 		 407 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.808568 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13709  hypothetical protein  39.46 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0525391 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2706  Endoribonuclease L-PSP  37.41 
 
 		 153 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.253512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0841  endoribonuclease L-PSP  43.31 
 
 		 164 aa  101  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0168  endoribonuclease L-PSP  42.45 
 
 		 153 aa  101  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2457  endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 		 153 aa  100  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4853  Endoribonuclease L-PSP  40.48 
 
 		 154 aa  100  8e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1272  endoribonuclease L-PSP  39.57 
 
 		 153 aa  99.4  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  hitchhiker  0.00713107 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3144  endoribonuclease L-PSP  37.78 
 
 		 152 aa  99.4  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.147772 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1470  endoribonuclease L-PSP  40.65 
 
 		 157 aa  95.9  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2111  Endoribonuclease L-PSP  39.6 
 
 		 163 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1542  hypothetical protein  59.76 
 
 		 157 aa  94.4  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.199996 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2319  endoribonuclease L-PSP  41.96 
 
 		 157 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.278154 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2477  endoribonuclease L-PSP  39.57 
 
 		 153 aa  94.4  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.738257  normal  0.0496442 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5091  hypothetical protein  36.11 
 
 		 163 aa  94.4  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0137  endoribonuclease L-PSP  40.82 
 
 		 155 aa  94  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1705  Endoribonuclease L-PSP  37.41 
 
 		 156 aa  94  7e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.182301  hitchhiker  0.0000000000000067862 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5536  endoribonuclease L-PSP  41.13 
 
 		 156 aa  94  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.044824 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0332  endoribonuclease L-PSP  42.47 
 
 		 163 aa  93.2  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0921694 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3178  Endoribonuclease L-PSP  38.52 
 
 		 177 aa  93.6  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.738101 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1348  Endoribonuclease L-PSP  41.13 
 
 		 157 aa  93.2  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.22562 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5312  Endoribonuclease L-PSP  37.41 
 
 		 153 aa  92  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.688432 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2665  endoribonuclease L-PSP  41.22 
 
 		 158 aa  92.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0119908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1792  endoribonuclease L-PSP  38.03 
 
 		 156 aa  92  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0336  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 154 aa  91.7  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2450  peptidase C26  40 
 
 		 409 aa  91.3  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1252  endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 156 aa  90.9  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.476616  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1212  Endoribonuclease L-PSP  34.93 
 
 		 154 aa  90.9  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3462  endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 159 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0120904 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4820  endoribonuclease L-PSP  37.23 
 
 		 162 aa  90.9  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4906  endoribonuclease L-PSP  37.23 
 
 		 162 aa  90.9  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.374579 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5207  endoribonuclease L-PSP  37.23 
 
 		 162 aa  90.9  6e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695376 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0228  Endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 152 aa  90.1  9e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4348  endoribonuclease L-PSP  40.8 
 
 		 153 aa  90.1  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0986  hypothetical protein  36.73 
 
 		 156 aa  89  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0698758  normal  0.152684 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4789  endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 153 aa  89  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0118265 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4282  endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 154 aa  88.2  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.667627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3105  endoribonuclease L-PSP  42.4 
 
 		 155 aa  88.6  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.473778  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7458  Endoribonuclease L-PSP  40.28 
 
 		 157 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.462626  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0241  Endoribonuclease L-PSP  37.67 
 
 		 152 aa  88.2  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.206377  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0039  hypothetical protein  37.67 
 
 		 172 aa  88.2  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6842  Endoribonuclease L-PSP  40.17 
 
 		 168 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.173433 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1749  endoribonuclease L-PSP  39.45 
 
 		 151 aa  87  8e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.470188  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2118  endoribonuclease L-PSP  32.89 
 
 		 154 aa  87  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.0891562 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3333  hypothetical protein  35.37 
 
 		 154 aa  86.3  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.440014  normal  0.330579 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6426  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 153 aa  86.7  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.576265 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5437  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 		 152 aa  86.7  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491285 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3934  Endoribonuclease L-PSP  37.33 
 
 		 156 aa  86.7  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0950  L-PSP family endoribonuclease  32.21 
 
 		 164 aa  85.5  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.449669  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6138  endoribonuclease L-PSP  32.65 
 
 		 153 aa  86.3  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3397  endoribonuclease L-PSP  38.52 
 
 		 189 aa  85.9  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2204  Endoribonuclease L-PSP  47.48 
 
 		 153 aa  86.3  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0449477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0938  Endoribonuclease L-PSP  34.01 
 
 		 152 aa  85.5  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1999  endoribonuclease L-PSP  40.77 
 
 		 161 aa  86.3  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0287  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 162 aa  85.9  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1498  Endoribonuclease L-PSP  30.41 
 
 		 160 aa  85.1  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2736  endoribonuclease L-PSP  42.03 
 
 		 146 aa  85.5  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4643  endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 163 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183681  normal  0.137047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>