199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1960 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1960  hypothetical protein  100 
 
 		 153 aa  313  4e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4853  Endoribonuclease L-PSP  45.39 
 
 		 154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2027  endoribonuclease L-PSP  41.26 
 
 		 154 aa  117  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0633724  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3462  endoribonuclease L-PSP  46.09 
 
 		 159 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0120904 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1272  endoribonuclease L-PSP  42.66 
 
 		 153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  hitchhiker  0.00713107 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1113  Endoribonuclease L-PSP  39.72 
 
 		 155 aa  114  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.85817  normal  0.626067 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2803  endoribonuclease L-PSP  39.44 
 
 		 155 aa  114  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.117143  normal  0.432336 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0200  endoribonuclease L-PSP  39.47 
 
 		 153 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.151399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1504  endoribonuclease L-PSP  41.43 
 
 		 155 aa  113  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.910903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2711  YjgF family translation initiation inhibitor  41.06 
 
 		 172 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.176581 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1645  Endoribonuclease L-PSP  35.33 
 
 		 156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.827325 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3546  Endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 155 aa  110  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0039  hypothetical protein  41.33 
 
 		 172 aa  110  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3891  putative endoribonuclease L-PSP  38.36 
 
 		 152 aa  110  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2030  Endoribonuclease L-PSP  34.64 
 
 		 156 aa  110  8.000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00146961  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2153  endoribonuclease L-PSP, putative  36.67 
 
 		 152 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5125  endoribonuclease L-PSP  36.49 
 
 		 154 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1122  hypothetical protein  39.16 
 
 		 154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.457332  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1165  hypothetical protein  39.16 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3343  Endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0721684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2448  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 155 aa  107  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.514496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4751  putative endoribonuclease L-PSP (protein synthesis inhibitor)  37.5 
 
 		 155 aa  107  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.708532  normal  0.751414 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0168  endoribonuclease L-PSP  40.29 
 
 		 153 aa  107  9.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4883  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 157 aa  105  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000371063  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2457  endoribonuclease L-PSP  41.91 
 
 		 153 aa  105  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1092  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 151 aa  105  2e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3043  endoribonuclease L-PSP  36.81 
 
 		 155 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1427  endoribonuclease L-PSP  40.41 
 
 		 155 aa  104  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.426351 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2408  endoribonuclease L-PSP  36.81 
 
 		 155 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.628638  normal  0.167618 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3313  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 155 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.129795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0435  endoribonuclease L-PSP  37.68 
 
 		 155 aa  101  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0137  endoribonuclease L-PSP  38.69 
 
 		 155 aa  102  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6055  Endoribonuclease L-PSP  39.71 
 
 		 162 aa  101  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.316335  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2477  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 		 153 aa  100  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.738257  normal  0.0496442 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0713  Endoribonuclease L-PSP  35.21 
 
 		 152 aa  100  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3735  endoribonuclease L-PSP  37.23 
 
 		 170 aa  100  6e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0323381  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6426  endoribonuclease L-PSP  37.69 
 
 		 153 aa  100  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.576265 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2531  hypothetical protein  37.5 
 
 		 156 aa  100  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5091  hypothetical protein  36.72 
 
 		 163 aa  100  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1636  endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 154 aa  99  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.564581 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3144  endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 152 aa  98.6  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.147772 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3178  Endoribonuclease L-PSP  37.74 
 
 		 177 aa  99  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.738101 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1774  Endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 156 aa  98.6  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6138  endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 153 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3580  endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 153 aa  98.6  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1613  endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 154 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.578745  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2706  Endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 153 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.253512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5760  Endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 165 aa  97.1  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.332069  normal  0.705807 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1944  Endoribonuclease L-PSP  33.78 
 
 		 153 aa  96.3  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3105  endoribonuclease L-PSP  37.76 
 
 		 155 aa  96.7  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.473778  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1792  endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 		 156 aa  96.7  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0581  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 154 aa  96.7  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0481259  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6667  Endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 165 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0416868  normal  0.0241604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1577  Endoribonuclease L-PSP  35.06 
 
 		 156 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.401191  normal  0.481334 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0114  hypothetical protein  39.01 
 
 		 155 aa  95.9  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1379  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 158 aa  95.9  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1123  endoribonuclease L-PSP  36.69 
 
 		 155 aa  95.5  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.321047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4551  Endoribonuclease L-PSP  38.36 
 
 		 157 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4070  endoribonuclease L-PSP  37.67 
 
 		 162 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.256894  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5312  Endoribonuclease L-PSP  36.18 
 
 		 153 aa  94.4  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.688432 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1348  Endoribonuclease L-PSP  38.62 
 
 		 157 aa  94  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.22562 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4437  Endoribonuclease L-PSP  37.67 
 
 		 157 aa  94  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.062411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1705  Endoribonuclease L-PSP  36.18 
 
 		 156 aa  93.2  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.182301  hitchhiker  0.0000000000000067862 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3039  Endoribonuclease L-PSP  37.42 
 
 		 157 aa  93.6  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1180  Endoribonuclease L-PSP  36.43 
 
 		 153 aa  92.8  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8908  Endoribonuclease L-PSP  36.18 
 
 		 152 aa  92  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.974502 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1204  endoribonuclease L-PSP  33.97 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.375276 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_37922  predicted protein  39.23 
 
 		 185 aa  90.9  6e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00476754  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47655  predicted protein  39.23 
 
 		 185 aa  90.9  6e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00618585  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2319  endoribonuclease L-PSP  35.62 
 
 		 157 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.278154 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0336  endoribonuclease L-PSP  33.1 
 
 		 154 aa  89  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3793  endoribonuclease L-PSP  30.07 
 
 		 154 aa  89.4  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.756407 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13709  hypothetical protein  34.46 
 
 		 151 aa  89  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0525391 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2988  endoribonuclease L-PSP  34.35 
 
 		 164 aa  88.6  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0894  hypothetical protein  37.14 
 
 		 152 aa  87.8  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324074  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0434  Endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 155 aa  88.2  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.51654 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2736  endoribonuclease L-PSP  36.3 
 
 		 146 aa  88.2  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2553  endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 152 aa  87.8  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18300  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  35.77 
 
 		 166 aa  87.4  7e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.614303  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3397  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 189 aa  86.7  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0250  endoribonuclease L-PSP  36.96 
 
 		 152 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0465  hypothetical protein  39.19 
 
 		 152 aa  85.5  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.346493 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0904  endoribonuclease L-PSP  33.55 
 
 		 151 aa  86.3  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1999  endoribonuclease L-PSP  35.86 
 
 		 161 aa  85.5  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0841  endoribonuclease L-PSP  32.21 
 
 		 164 aa  84.7  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4348  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 153 aa  84.3  5e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1252  endoribonuclease L-PSP  36.18 
 
 		 156 aa  84.3  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.476616  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1470  endoribonuclease L-PSP  32.43 
 
 		 157 aa  84  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0426  Endoribonuclease L-PSP  37.76 
 
 		 158 aa  84  7e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0814  hypothetical protein  39.47 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.565462  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1498  Endoribonuclease L-PSP  35.95 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1477  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 174 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0228  Endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 152 aa  81.6  0.000000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0121  peptidase C26  34.4 
 
 		 407 aa  81.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.808568 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5691  endoribonuclease L-PSP  30.61 
 
 		 152 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4789  endoribonuclease L-PSP  32.39 
 
 		 153 aa  80.9  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0118265 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0986  hypothetical protein  32.21 
 
 		 156 aa  80.9  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0698758  normal  0.152684 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0927  endoribonuclease L-PSP  30.61 
 
 		 152 aa  80.9  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.553211 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2111  Endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 163 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0938  Endoribonuclease L-PSP  30.07 
 
 		 152 aa  80.1  0.000000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>