32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1165 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1165  poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 		 581 aa  1187    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.701622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3659  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  38.7 
 
 		 754 aa  339  8e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3103  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  45.48 
 
 		 763 aa  324  2e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3285  TonB-dependent receptor  43.39 
 
 		 760 aa  311  2.9999999999999997e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000203475  normal  0.48487 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2066  alginate lyase precursor  40.98 
 
 		 479 aa  290  4e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.263921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1386  hypothetical protein  35.67 
 
 		 966 aa  290  7e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000313408  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0255  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  41.18 
 
 		 740 aa  285  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.651298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3640  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  41.97 
 
 		 756 aa  272  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0350459  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11518  putative alginate lyase precursor  35.12 
 
 		 771 aa  252  1e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3275  leucyl-tRNA synthetase class Ia  35.68 
 
 		 892 aa  243  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00291513  normal  0.0104078 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3334  hypothetical protein  37.18 
 
 		 483 aa  209  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.920069  normal  0.792912 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3274  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  33 
 
 		 525 aa  183  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000152835  hitchhiker  0.00641941 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3223  hypothetical protein  31.29 
 
 		 462 aa  177  4e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.682465  normal  0.039169 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0789  hypothetical protein  25.1 
 
 		 506 aa  139  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0034  hypothetical protein  31.92 
 
 		 768 aa  97.1  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  24.22 
 
 		 1554 aa  70.5  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0295  Laminin G sub domain 2  34.67 
 
 		 545 aa  57.4  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.252604  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2009  Cellulase  36.07 
 
 		 748 aa  54.7  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.428719  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2561  hypothetical protein  36.92 
 
 		 554 aa  53.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.339311  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1189  protein of unknown function DUF1501  30.67 
 
 		 513 aa  53.5  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.605021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1069  glycoside hydrolase family 10  33.71 
 
 		 997 aa  51.2  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000326536  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1169  Heparinase II/III family protein  32.7 
 
 		 870 aa  50.4  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2283  hypothetical protein  24.64 
 
 		 427 aa  49.7  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1429  two component regulator propeller domain protein  39.66 
 
 		 695 aa  49.7  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.191766  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2211  hypothetical protein  33.62 
 
 		 595 aa  49.3  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.173352  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0200  hypothetical protein  34.67 
 
 		 763 aa  48.9  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1150  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1162 aa  47.4  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2442  hypothetical protein  33.33 
 
 		 516 aa  47  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0354  hypothetical protein  36.11 
 
 		 287 aa  45.1  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0589799  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2390  hypothetical protein  38.36 
 
 		 489 aa  44.7  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.520688  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2687  Propeptide peptidase M4 and M36  39.39 
 
 		 931 aa  44.7  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2394  hypothetical protein  36.51 
 
 		 520 aa  44.3  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.201637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>