17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3274 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3274  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 		 525 aa  1078    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000152835  hitchhiker  0.00641941 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1165  poly(beta-D-mannuronate) lyase  33 
 
 		 581 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.701622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3659  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.14 
 
 		 754 aa  172  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3285  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 		 760 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000203475  normal  0.48487 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2066  alginate lyase precursor  32.9 
 
 		 479 aa  155  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.263921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3640  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  29.28 
 
 		 756 aa  150  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0350459  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3103  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  30.24 
 
 		 763 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0255  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  29.32 
 
 		 740 aa  141  3e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.651298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3275  leucyl-tRNA synthetase class Ia  28.17 
 
 		 892 aa  138  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00291513  normal  0.0104078 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11518  putative alginate lyase precursor  27.78 
 
 		 771 aa  134  3e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1386  hypothetical protein  27.47 
 
 		 966 aa  127  7e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000313408  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3223  hypothetical protein  28.14 
 
 		 462 aa  104  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.682465  normal  0.039169 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3334  hypothetical protein  30.67 
 
 		 483 aa  85.5  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.920069  normal  0.792912 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0789  hypothetical protein  26.48 
 
 		 506 aa  84.7  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0034  hypothetical protein  34.55 
 
 		 768 aa  60.5  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  29.28 
 
 		 1554 aa  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1748  Hemolysin-type calcium-binding region  24.51 
 
 		 759 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.155596  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>