17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3659 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3103  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  60.16 
 
 		 763 aa  908    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3285  TonB-dependent receptor  51.75 
 
 		 760 aa  795    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000203475  normal  0.48487 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3640  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  47.79 
 
 		 756 aa  653    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0350459  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3659  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 		 754 aa  1543    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0255  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  43.13 
 
 		 740 aa  538  1e-151  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.651298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2066  alginate lyase precursor  45.7 
 
 		 479 aa  382  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.263921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11518  putative alginate lyase precursor  35.68 
 
 		 771 aa  376  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1165  poly(beta-D-mannuronate) lyase  38.7 
 
 		 581 aa  339  9.999999999999999e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.701622  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3275  leucyl-tRNA synthetase class Ia  35.19 
 
 		 892 aa  227  7e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00291513  normal  0.0104078 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1386  hypothetical protein  33.42 
 
 		 966 aa  188  3e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000313408  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3274  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.14 
 
 		 525 aa  172  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000152835  hitchhiker  0.00641941 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3334  hypothetical protein  32.46 
 
 		 483 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.920069  normal  0.792912 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0789  hypothetical protein  25.58 
 
 		 506 aa  125  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3223  hypothetical protein  30.85 
 
 		 462 aa  117  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.682465  normal  0.039169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0034  hypothetical protein  33.49 
 
 		 768 aa  83.2  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  21.4 
 
 		 1554 aa  57.8  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1515  hypothetical protein  34.21 
 
 		 586 aa  44.3  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000161589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>