16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3285 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3285  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 760 aa  1551    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000203475  normal  0.48487 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3640  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  49.16 
 
 		 756 aa  651    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0350459  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3659  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  51.75 
 
 		 754 aa  795    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3103  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  51.92 
 
 		 763 aa  788    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0255  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  40.35 
 
 		 740 aa  509  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.651298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2066  alginate lyase precursor  45.21 
 
 		 479 aa  358  1.9999999999999998e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.263921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11518  putative alginate lyase precursor  31.15 
 
 		 771 aa  328  2.0000000000000001e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1165  poly(beta-D-mannuronate) lyase  43.39 
 
 		 581 aa  311  4e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.701622  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3275  leucyl-tRNA synthetase class Ia  37.37 
 
 		 892 aa  226  9e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00291513  normal  0.0104078 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1386  hypothetical protein  30.68 
 
 		 966 aa  164  8.000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000313408  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3274  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  31.33 
 
 		 525 aa  161  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000152835  hitchhiker  0.00641941 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0789  hypothetical protein  25.68 
 
 		 506 aa  136  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3334  hypothetical protein  34.71 
 
 		 483 aa  127  9e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.920069  normal  0.792912 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3223  hypothetical protein  29.4 
 
 		 462 aa  103  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.682465  normal  0.039169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0034  hypothetical protein  29.96 
 
 		 768 aa  75.1  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  25.82 
 
 		 1554 aa  74.7  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>