28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3275 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3275  leucyl-tRNA synthetase class Ia  100 
 
 		 892 aa  1805    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00291513  normal  0.0104078 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1165  poly(beta-D-mannuronate) lyase  35.54 
 
 		 581 aa  243  1e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.701622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3659  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  31.88 
 
 		 754 aa  228  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3285  TonB-dependent receptor  37.37 
 
 		 760 aa  226  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000203475  normal  0.48487 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3103  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  33.8 
 
 		 763 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0255  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  35.28 
 
 		 740 aa  198  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.651298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2066  alginate lyase precursor  35.96 
 
 		 479 aa  194  5e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.263921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1386  hypothetical protein  28.93 
 
 		 966 aa  186  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000313408  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11518  putative alginate lyase precursor  30.33 
 
 		 771 aa  186  2.0000000000000003e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3640  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  34.34 
 
 		 756 aa  185  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0350459  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3334  hypothetical protein  31.17 
 
 		 483 aa  143  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.920069  normal  0.792912 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3274  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  28.17 
 
 		 525 aa  138  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000152835  hitchhiker  0.00641941 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0789  hypothetical protein  27.72 
 
 		 506 aa  117  7.999999999999999e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3223  hypothetical protein  25.9 
 
 		 462 aa  107  8e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.682465  normal  0.039169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0034  hypothetical protein  30.86 
 
 		 768 aa  92.8  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.82 
 
 		 1554 aa  86.3  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3272  hypothetical protein  33.82 
 
 		 552 aa  68.9  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000109169  hitchhiker  0.00653931 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  45.65 
 
 		 926 aa  54.3  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0106  surface layer domain protein  44.07 
 
 		 444 aa  52.8  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000000230469  hitchhiker  0.00000000000214595 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2063  pathogenicity protein, putative  43.48 
 
 		 630 aa  52.4  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1260  hypothetical protein  34.38 
 
 		 267 aa  51.2  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.541563  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  51.06 
 
 		 268 aa  49.7  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0060  surface layer protein  45.1 
 
 		 484 aa  49.7  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000340805  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0079  surface layer protein  45.83 
 
 		 489 aa  49.7  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000112  hypothetical protein  34.94 
 
 		 227 aa  48.9  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0348  TonB-like protein  44.83 
 
 		 67 aa  48.1  0.0008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00176132  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3694  putative outer membrane adhesin like proteiin  44.44 
 
 		 2507 aa  46.6  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1512  hypothetical protein  41.18 
 
 		 1261 aa  44.3  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>