88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4284 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4284  parB-like partition proteins  100 
 
 		 350 aa  709    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5044  ParB family protein  36.33 
 
 		 332 aa  169  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4247  parB-like partition proteins  33.11 
 
 		 324 aa  146  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5514  hypothetical protein  33.45 
 
 		 376 aa  143  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6251  parB-like partition protein  32.31 
 
 		 321 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0469124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6874  parB-like partition proteins  42.86 
 
 		 290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5827  parB-like partition proteins  26.4 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.660059  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6194  parB-like partition proteins  26.4 
 
 		 343 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.221431 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7738  ParB family protein  25.48 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6671  parB-like partition protein  25.96 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.612452 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3161  parB-like partition protein  25.4 
 
 		 353 aa  90.5  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0319824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6001  parB-like partition proteins  25.33 
 
 		 343 aa  90.1  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.931169  normal  0.508963 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5757  parB-like partition protein  25.33 
 
 		 343 aa  89.7  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6161  parB-like partition protein  25.5 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0993786 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5694  parB-like partition proteins  25 
 
 		 353 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0238876  hitchhiker  0.0013733 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4542  parB-like partition protein  25 
 
 		 353 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0082945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5165  parB-like partition proteins  25 
 
 		 353 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276912  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4966  parB-like partition proteins  24.68 
 
 		 353 aa  87.4  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00677136  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3107  parB-like partition protein  24.68 
 
 		 353 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33324  normal  0.297937 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0004  ParB family protein  24.68 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3290  ParB family protein  26.13 
 
 		 355 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.015441  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3177  ParB family protein  26.13 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0691311  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2115  parB family protein  26.13 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00350884  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1423  parB family protein  26.13 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00273947  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1144  parB family protein  26.13 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000253474  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1504  parB family protein  26.13 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00121219  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2410  parB family protein  26.13 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.382726  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2372  parB family protein  24.68 
 
 		 355 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0244608  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7010  parB-like partition protein  26.11 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471525  hitchhiker  0.00731349 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3027  ParB family protein  25.8 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4152  parB-like partition protein  30.49 
 
 		 354 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5081  parB-like partition protein  30.41 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0461545 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1509  parB-like partition protein  27.5 
 
 		 358 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.240811  normal  0.318219 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5174  parB-like partition protein  27.5 
 
 		 358 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4041  parB-like partition protein  27.72 
 
 		 279 aa  65.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.111922 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0004  putative partitioning protein  28.26 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00180534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3956  parB-like partition protein  27.17 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3897  parB-like partition protein  29.68 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3784  parB-like partition protein  29.68 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.123683  normal  0.254535 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2378  chromosome segregation DNA-binding protein  26 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5820  plasmid partition protein  28.21 
 
 		 338 aa  58.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4257  parB-like partition protein  29.05 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000997018  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3176  parB-like partition protein  26.32 
 
 		 282 aa  55.8  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5344  ParB family protein  28.39 
 
 		 336 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0008  ParB family partitioning protein  26.79 
 
 		 294 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3412  chromosome segregation DNA-binding protein  27.74 
 
 		 279 aa  53.9  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2058  chromosome partitioning protein ParB  25.97 
 
 		 293 aa  53.5  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1978  chromosome partitioning protein ParB  25.97 
 
 		 293 aa  53.5  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5027  parB-like partition protein  28.66 
 
 		 297 aa  50.1  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0862  parB-like partition protein  25.32 
 
 		 293 aa  50.1  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3468  chromosome segregation DNA-binding protein  28.77 
 
 		 288 aa  50.1  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4253  parB-like partition protein  24.18 
 
 		 293 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.513173 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0107  ParB-like nuclease domain-containing protein  25.81 
 
 		 269 aa  48.5  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4808  parB-like partition protein  26.19 
 
 		 322 aa  48.1  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0584  parB-like partition proteins  23.2 
 
 		 284 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.654355  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4248  parB-like partition protein  29.13 
 
 		 294 aa  47.8  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00203372  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4385  chromosome partitioning protein  24.68 
 
 		 292 aa  47.8  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2567  transcriptional regulator  25.66 
 
 		 280 aa  47.8  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.183752  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0077  ParB family protein  31.3 
 
 		 335 aa  47.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.478454  hitchhiker  0.00493853 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1094  parB-like partition proteins  23.78 
 
 		 321 aa  47  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0765173  hitchhiker  0.00022246 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4021  parB-like partition protein  23.17 
 
 		 290 aa  46.6  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2868  chromosome segregation DNA-binding protein  24.5 
 
 		 299 aa  46.2  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.108879  normal  0.100087 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3933  chromosome segregation DNA-binding protein  28.43 
 
 		 292 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000290836  hitchhiker  0.00288573 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4025  chromosome segregation DNA-binding protein  28.43 
 
 		 292 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.006539  normal  0.910655 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1277  parB-like partition protein  25.17 
 
 		 303 aa  46.2  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_2003  ParB-like nuclease domain-containing protein  26.53 
 
 		 255 aa  45.4  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4138  chromosome segregation DNA-binding protein  27.45 
 
 		 292 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.001205  hitchhiker  0.000138083 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2175  parB-like partition protein  32 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3426  parB-like partition protein  23.33 
 
 		 281 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4755  ParB family protein  27.45 
 
 		 292 aa  45.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1218  ParB family protein  21.77 
 
 		 283 aa  44.7  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2154  chromosome segregation DNA-binding protein  24.34 
 
 		 321 aa  44.3  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3964  parB-like partition protein  29.13 
 
 		 292 aa  44.3  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.20429  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3201  parB-like partition protein  24.5 
 
 		 296 aa  44.3  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2591  parB-like partition protein  26.42 
 
 		 294 aa  44.7  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.107076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4494  ParB family protein  28.3 
 
 		 294 aa  44.7  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00131449  hitchhiker  0.00000708734 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14140  ParB-like partition protein  26.9 
 
 		 401 aa  43.9  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5001  replication protein B  26.25 
 
 		 360 aa  43.9  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.868981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4318  parB-like partition protein  28.16 
 
 		 292 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0394503  hitchhiker  0.000000000117233 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4515  parB-like partition protein  28.16 
 
 		 292 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0559335  normal  0.0103959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4374  parB-like partition protein  28.16 
 
 		 292 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000285839  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4373  parB-like partition protein  28.16 
 
 		 292 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000487851  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4953  parB-like partition protein  23.94 
 
 		 283 aa  42.7  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000194343  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4501  parB-like partition protein  21.53 
 
 		 298 aa  42.7  0.008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.125529 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002022  chromosome (plasmid) partitioning protein ParB/stage 0 sporulation protein J  27.78 
 
 		 293 aa  42.7  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000100798  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4296  parB-like partition protein  22.33 
 
 		 624 aa  42.7  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  1.40492e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4906  parB-like partition protein  28.43 
 
 		 296 aa  42.7  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00066278  normal  0.174016 
 
 
-
 
NC_002950  PG0141  spoOJ protein  28.71 
 
 		 289 aa  42.7  0.01  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.665328 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>