More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0004 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0004  putative partitioning protein  100 
 
 		 334 aa  677    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00180534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3784  parB-like partition protein  89.85 
 
 		 335 aa  614  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.123683  normal  0.254535 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3897  parB-like partition protein  89.85 
 
 		 335 aa  614  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5344  ParB family protein  75.07 
 
 		 336 aa  514  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5820  plasmid partition protein  71.3 
 
 		 338 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4471  parB-like partition proteins  37.25 
 
 		 334 aa  206  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000480201  decreased coverage  1.87892e-20 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4542  parB-like partition protein  28.57 
 
 		 353 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0082945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3107  parB-like partition protein  30.6 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33324  normal  0.297937 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4966  parB-like partition proteins  30.6 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00677136  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5165  parB-like partition proteins  30.22 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276912  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5694  parB-like partition proteins  30.22 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0238876  hitchhiker  0.0013733 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3161  parB-like partition protein  31.46 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0319824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2372  parB family protein  31.84 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0244608  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2115  parB family protein  31.46 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00350884  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1504  parB family protein  31.46 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00121219  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3177  ParB family protein  31.46 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0691311  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1144  parB family protein  31.46 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000253474  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3290  ParB family protein  31.46 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.015441  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2410  parB family protein  31.46 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.382726  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1423  parB family protein  31.46 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00273947  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3027  ParB family protein  31.72 
 
 		 352 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0004  ParB family protein  29.85 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7010  parB-like partition protein  30.97 
 
 		 352 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471525  hitchhiker  0.00731349 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4152  parB-like partition protein  30.34 
 
 		 354 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5081  parB-like partition protein  29.7 
 
 		 345 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0461545 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6671  parB-like partition protein  28.97 
 
 		 343 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.612452 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6161  parB-like partition protein  29.5 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0993786 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5757  parB-like partition protein  28.17 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6001  parB-like partition proteins  28.35 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.931169  normal  0.508963 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6194  parB-like partition proteins  29.12 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.221431 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7738  ParB family protein  27.41 
 
 		 343 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5827  parB-like partition proteins  29.12 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.660059  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1509  parB-like partition protein  28.45 
 
 		 358 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.240811  normal  0.318219 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5174  parB-like partition protein  28.45 
 
 		 358 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6251  parB-like partition protein  27.51 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0469124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0862  parB-like partition protein  30.13 
 
 		 293 aa  89  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4247  parB-like partition proteins  29.36 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241941  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2058  chromosome partitioning protein ParB  30.32 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1978  chromosome partitioning protein ParB  30.32 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3468  chromosome segregation DNA-binding protein  31.49 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4385  chromosome partitioning protein  30.63 
 
 		 292 aa  86.3  8e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3628  chromosome segregation DNA-binding protein  30.54 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0424656  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6874  parB-like partition proteins  27.13 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0007  parB-like partition proteins  29.31 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2591  parB-like partition protein  30.18 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.107076 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5044  ParB family protein  27.43 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00200094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3372  parB-like partition protein  32.68 
 
 		 529 aa  76.3  0.0000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.406282  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0014  ParB-like partition protein  28.83 
 
 		 284 aa  75.9  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.357809  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2868  chromosome segregation DNA-binding protein  27.56 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.108879  normal  0.100087 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4953  parB-like partition protein  30.72 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000194343  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5027  parB-like partition protein  27.55 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0014  chromosome partitioning protein ParB  28.45 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.110445  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0203  chromosome segregation DNA-binding protein  26.95 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.435492 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2030  parB-like partition protein  30.3 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.816582  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4509  parB-like partition protein  31.34 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4501  parB-like partition protein  29.56 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.125529 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4490  parB-like partition protein  31.34 
 
 		 298 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3201  parB-like partition protein  29.15 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3531  parB-like partition protein  27.01 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.210868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4354  chromosome segregation DNA-binding protein  30.85 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.364626  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2229  parB-like partition protein  30.85 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3458  chromosome partitioning protein parB  26.79 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4253  parB-like partition protein  29.15 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.513173 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4094  parB-like partition protein  31.44 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0135978 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3042  parB-like partition protein  28.97 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2942  parB-like partition protein  30.19 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0168  chromosome segregation DNA-binding protein  32.08 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2154  chromosome segregation DNA-binding protein  29.5 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3049  parB-like partition protein  28.14 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.622521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1362  parB-like partition protein  24.74 
 
 		 286 aa  69.3  0.0000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5407  parB-like partition protein  26.64 
 
 		 377 aa  68.2  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3588  parB-like partition protein  29.95 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0562  parB-like partition protein  26.52 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000115281  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37980  chromosome segregation DNA-binding protein  32.49 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3193  parB-like partition protein  29.13 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3110  chromosome segregation DNA-binding protein  31.34 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.444116  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2045  parB-like partition protein  28.43 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3097  ParB family protein  25.74 
 
 		 668 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0650807  decreased coverage  0.0000165149 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2857  parB-like partition proteins  28.87 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.233007 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3927  parB-like partition protein  28.7 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.47088 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1542  parB-like partition protein  25.56 
 
 		 294 aa  67  0.0000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000160995  unclonable  1.80022e-19 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2096  chromosome segregation DNA-binding protein  27.92 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0038  spoOJ protein  27.6 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7092  parB-like partition protein  28.84 
 
 		 331 aa  67  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290774  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4934  parB-like partition proteins  25 
 
 		 331 aa  67  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.190039  normal  0.260237 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2438  parB-like partition protein  26.27 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0606  ParB family protein  28.57 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39730  chromosome segregation DNA-binding protein  27.98 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4857  parB-like partition protein  28.29 
 
 		 391 aa  65.9  0.0000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4808  parB-like partition protein  29.5 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7332  parB-like partition protein  28.22 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.443999 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0293  parB-like partition protein  29.65 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145749  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1407  parB-like partition protein  28.43 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9383  ParB-like partition protein  30.23 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0433  parB-like partition proteins  27.92 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0347  chromosome segregation DNA-binding protein  28.34 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3426  parB-like partition protein  28.32 
 
 		 281 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1225  chromosome segregation DNA-binding protein  27.45 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2755  parB-like partition protein  25.54 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0094  ParB-like partition protein  27.6 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0639944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>