More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3240 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3240  tryptophanyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 432 aa  886    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.222683  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1001  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.71 
 
 		 449 aa  625  1e-178  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.757013  hitchhiker  0.000328447 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3278  tryptophanyl-tRNA synthetase  72 
 
 		 439 aa  624  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.304341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4025  tryptophanyl-tRNA synthetase  74.45 
 
 		 443 aa  610  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.52951  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1623  tryptophanyl-tRNA synthetase  68.17 
 
 		 455 aa  608  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2771  tryptophanyl-tRNA synthetase  73.09 
 
 		 434 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.360692  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3438  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.84 
 
 		 434 aa  599  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.520204 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0620  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.34 
 
 		 435 aa  593  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3711  tryptophanyl-tRNA synthetase  71.75 
 
 		 435 aa  585  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5415  tryptophanyl-tRNA synthetase  67.52 
 
 		 430 aa  579  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02854  tryptophanyl-tRNA synthetase  70.2 
 
 		 429 aa  570  1e-161  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0242  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.54 
 
 		 430 aa  523  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.607361  normal  0.982813 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1743  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.36 
 
 		 435 aa  519  1e-146  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1811  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.93 
 
 		 434 aa  521  1e-146  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57670  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.87 
 
 		 448 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5011  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.23 
 
 		 448 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4538  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.91 
 
 		 449 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2640  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.99 
 
 		 436 aa  487  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4413  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.5 
 
 		 449 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.520891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0894  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.25 
 
 		 448 aa  483  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1311  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.5 
 
 		 449 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.600947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13010  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.31 
 
 		 453 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4429  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.41 
 
 		 449 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4123  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.41 
 
 		 449 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0918  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.95 
 
 		 449 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.435923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4699  tryptophanyl-tRNA synthetase  56.97 
 
 		 451 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00386571  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2965  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.66 
 
 		 337 aa  434  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2526  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.13 
 
 		 338 aa  425  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1230  tryptophanyl-tRNA synthetase  56.72 
 
 		 337 aa  418  1e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3230  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.69 
 
 		 335 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000100619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1953  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.18 
 
 		 365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1568  tryptophanyl-tRNA synthetase  55.29 
 
 		 362 aa  395  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0656784  normal  0.380715 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2228  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 334 aa  398  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1750  tryptophanyl-tRNA synthetase  55.13 
 
 		 361 aa  395  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.110682  normal  0.0299035 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3376  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.96 
 
 		 332 aa  342  7e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.206334  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3378  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.94 
 
 		 332 aa  342  9e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00170598  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3143  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.66 
 
 		 332 aa  341  1e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00425911  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3159  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.36 
 
 		 332 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3053  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.36 
 
 		 332 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3408  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.36 
 
 		 332 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3353  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.66 
 
 		 332 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3378  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.06 
 
 		 332 aa  338  8e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2370  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.94 
 
 		 331 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3081  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.36 
 
 		 332 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00801596  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32570  tryptophanyl-tRNA synthetase  51.8 
 
 		 341 aa  336  5.999999999999999e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.13125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1873  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.06 
 
 		 332 aa  335  1e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0768  tryptophanyl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 353 aa  333  4e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0510321  normal  0.0451069 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3963  tryptophanyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 341 aa  330  2e-89  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2376  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.37 
 
 		 336 aa  320  3e-86  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0378  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.21 
 
 		 335 aa  308  9e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0459498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1002  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.2 
 
 		 322 aa  290  4e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.325516  normal  0.210564 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0656  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.34 
 
 		 322 aa  288  2e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.368558  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0588  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.73 
 
 		 321 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130405  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03505  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 		 322 aa  273  6e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.855765  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2109  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.68 
 
 		 321 aa  270  4e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2089  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.54 
 
 		 325 aa  270  5e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.321245 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1341  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.99 
 
 		 323 aa  268  1e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0423  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.25 
 
 		 325 aa  266  5.999999999999999e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0990  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.77 
 
 		 324 aa  266  7e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0070  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.95 
 
 		 321 aa  263  4e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.229775  normal  0.611279 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3078  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.95 
 
 		 324 aa  260  3e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0534  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.85 
 
 		 319 aa  259  8e-68  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0437  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.77 
 
 		 319 aa  259  9e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1570  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.77 
 
 		 319 aa  258  2e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1365  hypothetical protein  42.51 
 
 		 322 aa  258  2e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2912  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.6 
 
 		 325 aa  257  3e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0986244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0411  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 		 319 aa  256  5e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0775  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1755  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 		 321 aa  247  3e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0050  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 		 325 aa  236  4e-61  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0405  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 		 324 aa  233  3e-60  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0771  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.59 
 
 		 325 aa  233  7.000000000000001e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1188  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 		 321 aa  232  9e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1044  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.61 
 
 		 331 aa  230  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0389  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.54 
 
 		 319 aa  225  1e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0142  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.34 
 
 		 327 aa  220  3.9999999999999997e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6886  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.25 
 
 		 334 aa  206  8e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.447251 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0428  tryptophanyl-tRNA synthetase  34.93 
 
 		 328 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1602  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.26 
 
 		 333 aa  199  1.0000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.598858  normal  0.880818 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0935  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.75 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0443  tryptophanyl-tRNA synthetase  34.93 
 
 		 328 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2336  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.45 
 
 		 329 aa  196  7e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3607  tryptophanyl-tRNA synthetase  34.03 
 
 		 329 aa  195  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0220  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.28 
 
 		 328 aa  195  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1608  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.34 
 
 		 339 aa  193  5e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.342366  normal  0.0200514 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0275  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.36 
 
 		 330 aa  192  8e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0032  tryptophanyl-tRNA synthetase  34.14 
 
 		 329 aa  192  8e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1768  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.39 
 
 		 347 aa  192  9e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.76091  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0320  tryptophanyl-tRNA synthetase  34.23 
 
 		 331 aa  191  2e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0682  tryptophanyl-tRNA synthetase  34.14 
 
 		 330 aa  191  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.415308  normal  0.0278863 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2121  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.5 
 
 		 336 aa  189  5.999999999999999e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0128322 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0896  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.98 
 
 		 344 aa  189  5.999999999999999e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04760  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.39 
 
 		 360 aa  189  7e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.970086  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1704  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0600  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3426  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.4 
 
 		 326 aa  187  3e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0614  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 332 aa  186  8e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.788097  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3557  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.94 
 
 		 352 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.44231  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0686  tryptophanyl-tRNA synthetase  32.05 
 
 		 329 aa  185  2.0000000000000003e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2836  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.55 
 
 		 341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0141096  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>