More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3856 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B3856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
325 aa  655    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.42 
 
 
325 aa  391  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.639488  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.99 
 
 
325 aa  382  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0381041 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.34 
 
 
321 aa  222  7e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291961  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6101  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189492  normal  0.808784 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2697  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.11 
 
 
302 aa  169  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
297 aa  155  7e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.199169 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
300 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0581323  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.08 
 
 
322 aa  136  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
324 aa  125  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.410818  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
326 aa  104  2e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
320 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.48 
 
 
336 aa  90.5  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2330  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.87 
 
 
336 aa  89.4  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244593  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3930  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.87 
 
 
335 aa  88.6  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
345 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.170063 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.04 
 
 
321 aa  88.2  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.82 
 
 
336 aa  87  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000399652  decreased coverage  0.0000579035 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
335 aa  86.3  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1681  putative nucleotide sugar epimerase  29.89 
 
 
348 aa  86.3  7e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.174267  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03951  putative nucleotide sugar epimerase  29.89 
 
 
348 aa  85.9  8e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.658541  normal  0.0862143 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.95 
 
 
333 aa  85.9  8e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
323 aa  85.9  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.362508 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2241  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  33.77 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1011  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
335 aa  84.3  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
338 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3455  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
335 aa  84  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1204  NAD dependent epimerase/dehydratase family  27.06 
 
 
334 aa  84  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.573318  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02926  nucleotide sugar epimerase  35.94 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
342 aa  82.8  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.194967  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.44 
 
 
330 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0592  capsular polysaccharide biosynthesis protein  31.22 
 
 
334 aa  82  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.33 
 
 
373 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.411668  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
335 aa  81.6  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_18839  predicted protein  35.26 
 
 
345 aa  82  0.00000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5384  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.89 
 
 
341 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2499  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
337 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
308 aa  80.9  0.00000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.38 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
357 aa  80.5  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000156201 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.2 
 
 
346 aa  80.5  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.15 
 
 
308 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  29.38 
 
 
331 aa  80.1  0.00000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1396  WbnF  30.2 
 
 
352 aa  80.1  0.00000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508073  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2242  UDP-glucose 4-epimerase  34.22 
 
 
334 aa  79.7  0.00000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.558956  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0892  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
324 aa  79.3  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.19 
 
 
352 aa  79.3  0.00000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.216313  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
325 aa  78.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 
343 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
337 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
335 aa  79  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
317 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.26 
 
 
373 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.59 
 
 
331 aa  77.8  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
335 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  26.03 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_14357  predicted protein  33.16 
 
 
359 aa  77.4  0.0000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0618  oligopeptide transporter OPT  30.87 
 
 
335 aa  77.4  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01321  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  26.39 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
330 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.6 
 
 
336 aa  77  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
339 aa  77  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0115301  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2598  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.96 
 
 
358 aa  77  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.16 
 
 
335 aa  77  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
336 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 
313 aa  76.6  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1087  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
330 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3886  UDP-glucuronate 5'-epimerase  33.17 
 
 
335 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4274  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.17 
 
 
335 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4436  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.13 
 
 
324 aa  76.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.17 
 
 
335 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  29.51 
 
 
328 aa  76.3  0.0000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.17 
 
 
335 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
331 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12841  putative nucleotide sugar epimerase  25.78 
 
 
345 aa  75.9  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.363741  normal  0.0780964 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
335 aa  75.9  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1361  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 
347 aa  75.9  0.0000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
340 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3979  UDP-glucuronate 5'-epimerase  32.68 
 
 
335 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  29.41 
 
 
343 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3735  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
337 aa  75.5  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.607722  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.16 
 
 
336 aa  75.5  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 
321 aa  75.5  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3039  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.63 
 
 
335 aa  75.5  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.179561  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0033  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.65 
 
 
365 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4469  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.17 
 
 
335 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
332 aa  75.5  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.51 
 
 
335 aa  75.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  31.03 
 
 
336 aa  75.1  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4686  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.68 
 
 
335 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
324 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
308 aa  74.7  0.000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.85 
 
 
335 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
335 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0038  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
335 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13971  putative nucleotide sugar epimerase  23.99 
 
 
342 aa  75.1  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.57 
 
 
325 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.850459  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>