More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2250 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2250  transport system permease protein  100 
 
 		 374 aa  719    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0288275 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3088  transport system permease protein  82.6 
 
 		 371 aa  518  1e-146  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259249 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0162  transport system permease protein  62.85 
 
 		 359 aa  395  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0278  transport system permease protein  54.57 
 
 		 360 aa  338  9.999999999999999e-92  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0561654  normal  0.124671 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1298  transport system permease protein  48.33 
 
 		 362 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1004  transport system permease protein  52.19 
 
 		 364 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00447808  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3337  transport system permease protein  50.77 
 
 		 340 aa  305  7e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12518  iron(III) ABC transporter, permease protein, putative  45.31 
 
 		 340 aa  298  1e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0343  transport system permease protein  53.04 
 
 		 355 aa  291  1e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0082  transport system permease protein  46.08 
 
 		 322 aa  288  8e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.85435  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3542  transport system permease protein  54.09 
 
 		 364 aa  277  2e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2111  transport system permease protein  45.03 
 
 		 391 aa  276  5e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.453774  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5231  transport system permease protein  53.31 
 
 		 346 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0647  iron compound ABC transporter, permease protein  44.82 
 
 		 344 aa  266  4e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.499721 
 
 
-
 
NC_002950  PG0671  iron compound ABC transporter, permease protein  46.22 
 
 		 356 aa  265  1e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.170455 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1257  transport system permease protein  45 
 
 		 348 aa  243  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3497  transport system permease protein  52.17 
 
 		 355 aa  231  2e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.141787  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0747  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  36.98 
 
 		 343 aa  208  1e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0278  transport system permease protein  48.48 
 
 		 334 aa  208  2e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.364579  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24450  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  36.66 
 
 		 350 aa  191  1e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0114  transport system permease protein  32.85 
 
 		 349 aa  184  3e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0130  transport system permease protein  36.2 
 
 		 348 aa  179  5.999999999999999e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.17857  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  37.1 
 
 		 371 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  39.79 
 
 		 358 aa  175  9e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  37.61 
 
 		 370 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  38.59 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  32.34 
 
 		 337 aa  170  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  33.43 
 
 		 363 aa  166  5e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  35.03 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  31.89 
 
 		 354 aa  164  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  38.48 
 
 		 360 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  38.15 
 
 		 363 aa  164  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  33.71 
 
 		 355 aa  163  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  31.72 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  32.22 
 
 		 356 aa  161  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  36.58 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  36.58 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  36.58 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  32.52 
 
 		 363 aa  160  5e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  35.03 
 
 		 357 aa  158  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  30.84 
 
 		 330 aa  159  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  35.42 
 
 		 366 aa  158  1e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  34.06 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  33.87 
 
 		 383 aa  156  6e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  38.74 
 
 		 370 aa  156  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  35.01 
 
 		 345 aa  156  6e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  35.8 
 
 		 357 aa  155  8e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  35.05 
 
 		 356 aa  155  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2151  vtamin B12-transporter permease  39.1 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  35.84 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4897  transport system permease protein  37.3 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357516  normal  0.012026 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  35.91 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  38.2 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  30.7 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  28.96 
 
 		 360 aa  153  5e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  31.58 
 
 		 348 aa  152  8e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  31.68 
 
 		 348 aa  152  1e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  31.21 
 
 		 373 aa  152  1e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01680  vtamin B12-transporter permease  37.37 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0444036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1931  transport system permease protein  37.37 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00205827  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0282  transport system permease protein  31.95 
 
 		 371 aa  150  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.669954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01669  hypothetical protein  37.37 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.028051  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1479  vtamin B12-transporter permease  37.37 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.950653 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1930  vtamin B12-transporter permease  37.37 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00226641  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  35.03 
 
 		 338 aa  150  5e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  33.99 
 
 		 358 aa  150  5e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  34.69 
 
 		 340 aa  150  5e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  32.68 
 
 		 452 aa  149  5e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1435  vtamin B12-transporter permease  37.28 
 
 		 326 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0354813 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  34.03 
 
 		 337 aa  149  6e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1833  vtamin B12-transporter permease  37.28 
 
 		 326 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.342268  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1468  vtamin B12-transporter permease  37.28 
 
 		 326 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2005  vtamin B12-transporter permease  37.28 
 
 		 326 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.509358 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  35.52 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  31.9 
 
 		 334 aa  149  8e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  31.9 
 
 		 334 aa  149  8e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  35.31 
 
 		 354 aa  149  8e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  35.17 
 
 		 330 aa  149  8e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1451  vtamin B12-transporter permease  37.28 
 
 		 326 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1915  vtamin B12-transporter permease  37.28 
 
 		 326 aa  149  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1791  vtamin B12-transporter permease  37.28 
 
 		 326 aa  149  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.979653  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1920  vtamin B12-transporter permease  37.28 
 
 		 326 aa  149  9e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.482495 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  35.64 
 
 		 346 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  33.23 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  30.97 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  31.37 
 
 		 331 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2429  vtamin B12-transporter permease  37.02 
 
 		 326 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  38.91 
 
 		 360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  31.37 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  33.53 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  30.53 
 
 		 355 aa  147  3e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0575  transport system permease protein  32.66 
 
 		 357 aa  147  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  33.33 
 
 		 365 aa  146  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  31.99 
 
 		 362 aa  145  9e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  32.56 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  33.23 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0256  transport system permease protein  31.34 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000493486  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  34.77 
 
 		 356 aa  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  31.1 
 
 		 359 aa  144  2e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  31.17 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>