More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1004 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1004  transport system permease protein  100 
 
 		 364 aa  704    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00447808  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1298  transport system permease protein  81.2 
 
 		 362 aa  543  1e-153  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3337  transport system permease protein  61 
 
 		 340 aa  396  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0162  transport system permease protein  53.27 
 
 		 359 aa  325  6e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12518  iron(III) ABC transporter, permease protein, putative  50.77 
 
 		 340 aa  315  8e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0278  transport system permease protein  50.94 
 
 		 360 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0561654  normal  0.124671 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0082  transport system permease protein  49.85 
 
 		 322 aa  297  2e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.85435  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3088  transport system permease protein  51.29 
 
 		 371 aa  296  4e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259249 
 
 
-
 
NC_002950  PG0671  iron compound ABC transporter, permease protein  45.77 
 
 		 356 aa  281  9e-75  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.170455 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2250  transport system permease protein  50 
 
 		 374 aa  268  8.999999999999999e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0288275 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0343  transport system permease protein  47.22 
 
 		 355 aa  265  8e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5231  transport system permease protein  45.06 
 
 		 346 aa  256  6e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0647  iron compound ABC transporter, permease protein  43.11 
 
 		 344 aa  253  4.0000000000000004e-66  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.499721 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2111  transport system permease protein  41.32 
 
 		 391 aa  250  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.453774  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3542  transport system permease protein  47.99 
 
 		 364 aa  250  3e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3497  transport system permease protein  46.58 
 
 		 355 aa  207  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.141787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1257  transport system permease protein  36.53 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0747  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  35.93 
 
 		 343 aa  191  2e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24450  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  35.26 
 
 		 350 aa  186  5e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  33.83 
 
 		 354 aa  179  9e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0114  transport system permease protein  33.03 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0278  transport system permease protein  41.08 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.364579  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  35.87 
 
 		 357 aa  166  9e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  31.98 
 
 		 348 aa  162  6e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  36.84 
 
 		 348 aa  162  8.000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  31.93 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  31.4 
 
 		 348 aa  160  3e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0130  transport system permease protein  33.23 
 
 		 348 aa  159  7e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.17857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1920  vtamin B12-transporter permease  37.29 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.482495 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1791  vtamin B12-transporter permease  37.29 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.979653  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1915  vtamin B12-transporter permease  37.29 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  34.15 
 
 		 354 aa  155  8e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01680  vtamin B12-transporter permease  37.33 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0444036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1931  transport system permease protein  37.33 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00205827  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1833  vtamin B12-transporter permease  37.37 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.342268  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1468  vtamin B12-transporter permease  37.37 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  31.55 
 
 		 359 aa  155  1e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2429  vtamin B12-transporter permease  37.33 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1479  vtamin B12-transporter permease  37.33 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.950653 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  33.52 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01669  hypothetical protein  37.33 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.028051  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2005  vtamin B12-transporter permease  37.37 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.509358 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1435  vtamin B12-transporter permease  37.37 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0354813 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1451  vtamin B12-transporter permease  37.37 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  35.14 
 
 		 370 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1930  vtamin B12-transporter permease  36.99 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00226641  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  32.28 
 
 		 452 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  31.8 
 
 		 348 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  38.17 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  33.67 
 
 		 357 aa  152  8e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  31.52 
 
 		 367 aa  151  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  35.29 
 
 		 351 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  32.99 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  34.35 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  31.58 
 
 		 362 aa  150  3e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  33.81 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  31.81 
 
 		 371 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  33.55 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  32.81 
 
 		 333 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  32.18 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  34.02 
 
 		 370 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  32.18 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  36.01 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  32.18 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  28.12 
 
 		 355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  32.94 
 
 		 354 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  35.45 
 
 		 363 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  34.3 
 
 		 365 aa  146  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0220  transport system permease protein  30.12 
 
 		 356 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  33.13 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  30.5 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  31.08 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  30.12 
 
 		 373 aa  145  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2151  vtamin B12-transporter permease  33.22 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  30.33 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  31.58 
 
 		 349 aa  144  4e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  32.63 
 
 		 356 aa  143  5e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  36.77 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  30.58 
 
 		 370 aa  143  5e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  32.53 
 
 		 365 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  29.97 
 
 		 350 aa  142  8e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  30.77 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  33.65 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  31.51 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  30.22 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  32.36 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  29.25 
 
 		 344 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  33 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0485  transport system permease protein  28.78 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.644371  hitchhiker  0.000336075 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  31.64 
 
 		 340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  33 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1822  transport system permease protein  31.36 
 
 		 350 aa  139  7e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  31.72 
 
 		 352 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0282  transport system permease protein  31.94 
 
 		 371 aa  139  8.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.669954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  32.51 
 
 		 356 aa  139  8.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  30.93 
 
 		 373 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  29.5 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  31.12 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  32.25 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>