More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4314 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2736  phosphoglycerate kinase  84.42 
 
 		 398 aa  691    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.508126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4468  phosphoglycerate kinase  94.97 
 
 		 398 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4770  phosphoglycerate kinase  84.6 
 
 		 398 aa  664    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4314  phosphoglycerate kinase  100 
 
 		 398 aa  799    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.710301 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3533  phosphoglycerate kinase  83.92 
 
 		 398 aa  686    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1013  phosphoglycerate kinase  93.97 
 
 		 398 aa  745    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6926  phosphoglycerate kinase  85.39 
 
 		 396 aa  687    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.923206  normal  0.136569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7284  phosphoglycerate kinase  72.93 
 
 		 398 aa  578  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.377262  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6003  phosphoglycerate kinase  73.12 
 
 		 398 aa  570  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.104827  normal  0.020248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2645  Phosphoglycerate kinase  72.98 
 
 		 400 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.554953 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2368  phosphoglycerate kinase  73.23 
 
 		 400 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.464247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2324  Phosphoglycerate kinase  73.23 
 
 		 400 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal  0.262919 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1187  phosphoglycerate kinase  71.18 
 
 		 401 aa  557  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.831944  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1671  phosphoglycerate kinase  70.23 
 
 		 395 aa  553  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1729  phosphoglycerate kinase  69.47 
 
 		 395 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0158  phosphoglycerate kinase  71.79 
 
 		 400 aa  543  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.204969 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3651  phosphoglycerate kinase  69.29 
 
 		 400 aa  544  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3437  phosphoglycerate kinase  68.78 
 
 		 398 aa  533  1e-150  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.743661  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3076  phosphoglycerate kinase  66.16 
 
 		 396 aa  528  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.378951 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3241  phosphoglycerate kinase  68.61 
 
 		 400 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.464185 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2653  phosphoglycerate kinase  70.13 
 
 		 399 aa  518  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3467  phosphoglycerate kinase  64.38 
 
 		 409 aa  505  9.999999999999999e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.1146  normal  0.546306 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3538  phosphoglycerate kinase  68.86 
 
 		 400 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2283  Phosphoglycerate kinase  60.45 
 
 		 407 aa  478  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.836007 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2106  phosphoglycerate kinase  62.63 
 
 		 402 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.811046  normal  0.0646104 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0520  phosphoglycerate kinase  60.31 
 
 		 407 aa  469  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1084  phosphoglycerate kinase  60.05 
 
 		 396 aa  461  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0140  phosphoglycerate kinase  56.63 
 
 		 400 aa  456  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1318  phosphoglycerate kinase  60 
 
 		 398 aa  450  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.575519  normal  0.28013 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0221  phosphoglycerate kinase  58.12 
 
 		 397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2604  phosphoglycerate kinase  61.17 
 
 		 397 aa  443  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0451422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1222  phosphoglycerate kinase  61.22 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1965  phosphoglycerate kinase  60.1 
 
 		 395 aa  439  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.159546  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2596  phosphoglycerate kinase  59.38 
 
 		 403 aa  439  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0766  phosphoglycerate kinase  57.36 
 
 		 396 aa  440  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1097  phosphoglycerate kinase  61.62 
 
 		 397 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.258321  normal  0.0225037 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1152  phosphoglycerate kinase  61.11 
 
 		 397 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4044  phosphoglycerate kinase  61.11 
 
 		 397 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1694  phosphoglycerate kinase  59.8 
 
 		 396 aa  426  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.877697 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0449  phosphoglycerate kinase  55.33 
 
 		 400 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0576652  normal  0.0993738 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1918  phosphoglycerate kinase  60.25 
 
 		 398 aa  421  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.253475 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2155  phosphoglycerate kinase  59.9 
 
 		 393 aa  410  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0741  Phosphoglycerate kinase  50.76 
 
 		 395 aa  382  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2990  phosphoglycerate kinase  51.27 
 
 		 393 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0273  phosphoglycerate kinase  48.87 
 
 		 443 aa  382  1e-105  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.632578  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4718  Phosphoglycerate kinase  50.38 
 
 		 395 aa  380  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000108196  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1307  phosphoglycerate kinase  49.62 
 
 		 393 aa  377  1e-103  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1556  Phosphoglycerate kinase  48.88 
 
 		 399 aa  377  1e-103  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000537872  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0263  phosphoglycerate kinase  50.38 
 
 		 393 aa  372  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15820  Phosphoglycerate kinase  50 
 
 		 394 aa  373  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1616  Phosphoglycerate kinase  50.13 
 
 		 392 aa  369  1e-101  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1131  Phosphoglycerate kinase  47.73 
 
 		 396 aa  369  1e-101  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1405  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  48.72 
 
 		 650 aa  365  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00167236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0133  phosphoglycerate kinase  48.08 
 
 		 393 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2535  phosphoglycerate kinase  47.72 
 
 		 397 aa  365  1e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2276  phosphoglycerate kinase  47.84 
 
 		 397 aa  362  5.0000000000000005e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4355  phosphoglycerate kinase  48.1 
 
 		 400 aa  360  2e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4417  phosphoglycerate kinase  48.1 
 
 		 400 aa  360  2e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0167184  normal  0.096059 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0138  phosphoglycerate kinase  48.21 
 
 		 397 aa  360  2e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0810442  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2260  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  48.47 
 
 		 646 aa  359  4e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10120  phosphoglycerate kinase  49.24 
 
 		 394 aa  357  1.9999999999999998e-97  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000642987 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0977  phosphoglycerate kinase  47.18 
 
 		 395 aa  356  2.9999999999999997e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0290611  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2961  phosphoglycerate kinase  49.24 
 
 		 394 aa  356  2.9999999999999997e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00201138  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3936  Phosphoglycerate kinase  47.58 
 
 		 394 aa  356  3.9999999999999996e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00101338  normal  0.765771 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2734  phosphoglycerate kinase  47.21 
 
 		 397 aa  355  6.999999999999999e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4275  phosphoglycerate kinase  48.35 
 
 		 400 aa  354  1e-96  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.487807  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0642  phosphoglycerate kinase  47.34 
 
 		 400 aa  353  2e-96  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2459  phosphoglycerate kinase  48.99 
 
 		 401 aa  354  2e-96  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2906  phosphoglycerate kinase  46.7 
 
 		 397 aa  354  2e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1778  Phosphoglycerate kinase  46.7 
 
 		 394 aa  353  2.9999999999999997e-96  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.991456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3136  phosphoglycerate kinase  48.22 
 
 		 394 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2143  phosphoglycerate kinase  49.49 
 
 		 401 aa  352  5.9999999999999994e-96  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2060  phosphoglycerate kinase  47.22 
 
 		 397 aa  352  8.999999999999999e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2336  phosphoglycerate kinase  47.85 
 
 		 396 aa  351  1e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02241  phosphoglycerate kinase  46.5 
 
 		 402 aa  350  2e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03315  phosphoglycerate kinase  44.05 
 
 		 420 aa  350  3e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1531  phosphoglycerate kinase  47.85 
 
 		 396 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.36526  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2424  phosphoglycerate kinase  47.85 
 
 		 396 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0069746  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1584  phosphoglycerate kinase  46.72 
 
 		 401 aa  350  4e-95  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0148993 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2018  phosphoglycerate kinase  45.43 
 
 		 394 aa  349  4e-95  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2875  phosphoglycerate kinase  47.83 
 
 		 397 aa  349  5e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000618078  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27971  phosphoglycerate kinase  48.48 
 
 		 401 aa  348  1e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0044  phosphoglycerate kinase  47.33 
 
 		 397 aa  348  1e-94  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.200914  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1167  phosphoglycerate kinase  43.73 
 
 		 398 aa  347  2e-94  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2542  phosphoglycerate kinase  48.26 
 
 		 403 aa  347  2e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1800  Phosphoglycerate kinase  48.99 
 
 		 402 aa  347  2e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0772  phosphoglycerate kinase  47.59 
 
 		 400 aa  347  3e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.608835  normal  0.0127212 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2281  phosphoglycerate kinase  47.1 
 
 		 396 aa  347  3e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.306053  normal  0.408831 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2123  phosphoglycerate kinase  46.82 
 
 		 397 aa  346  4e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.357501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0958  phosphoglycerate kinase  48.13 
 
 		 406 aa  346  4e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0418807  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1116  phosphoglycerate kinase  46.97 
 
 		 402 aa  346  5e-94  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.206718  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4817  phosphoglycerate kinase  46.95 
 
 		 394 aa  345  6e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1332  phosphoglycerate kinase  47.59 
 
 		 396 aa  345  6e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000015474  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4988  phosphoglycerate kinase  47.21 
 
 		 394 aa  345  7e-94  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000425846  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5367  phosphoglycerate kinase  47.21 
 
 		 394 aa  345  7e-94  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000897427  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3127  Phosphoglycerate kinase  46.33 
 
 		 395 aa  345  8e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4845  phosphoglycerate kinase  48.61 
 
 		 394 aa  345  8.999999999999999e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5700  phosphoglycerate kinase  46.95 
 
 		 394 aa  343  2e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000179008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5252  phosphoglycerate kinase  46.95 
 
 		 394 aa  344  2e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00039947  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5223  phosphoglycerate kinase  46.95 
 
 		 394 aa  344  2e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>