More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4197 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4197  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 319 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 287 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 287 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 290 aa  136  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  34.85 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  33.58 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 321 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 306 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 279 aa  133  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 290 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 316 aa  125  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  36.02 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 311 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 283 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.58 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 288 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 283 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 282 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.07 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 289 aa  116  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 309 aa  116  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  32.83 
 
 		 332 aa  116  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 287 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  115  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  30.42 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  32.45 
 
 		 284 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 291 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 328 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 282 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 284 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>