243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0333 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0333  LrgB-like protein  100 
 
 		 240 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0492  LrgB-like protein  89.87 
 
 		 241 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0546  LrgB family protein  88.6 
 
 		 240 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415827  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1100  putative inner membrane protein yohK  77.5 
 
 		 240 aa  371  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0623  LrgB-like protein  73.95 
 
 		 241 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3928  LrgB family protein  65.67 
 
 		 238 aa  306  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.337837 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0666  LrgB family protein  63.95 
 
 		 238 aa  298  6e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1853  LrgB family protein  62.66 
 
 		 238 aa  297  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.591971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3937  LrgB family protein  66.09 
 
 		 238 aa  295  4e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3644  LrgB family protein  66.09 
 
 		 238 aa  295  4e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3388  LrgB family protein  60.94 
 
 		 238 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0600848 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3003  LrgB family protein  61.97 
 
 		 237 aa  267  8.999999999999999e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3993  LrgB family protein  55.51 
 
 		 239 aa  254  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.479207  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2427  LrgB-like protein  58.95 
 
 		 241 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2740  LrgB family protein  56.28 
 
 		 238 aa  249  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1954  LrgB family protein  56.22 
 
 		 239 aa  238  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0156  LrgB family protein  55.17 
 
 		 238 aa  234  7e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3106  LrgB-like protein  52.7 
 
 		 239 aa  223  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3768  LrgB family protein  50.42 
 
 		 240 aa  221  7e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.402238  normal  0.0658159 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2795  LrgB-like protein  51.98 
 
 		 241 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3749  LrgB family protein  48.93 
 
 		 240 aa  216  4e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2670  hypothetical protein  51.93 
 
 		 240 aa  215  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.275457 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1204  LrgB-like protein  49.58 
 
 		 239 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0574065  normal  0.106071 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6059  LrgB family protein  51.54 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.742566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2931  LrgB-like protein  49.79 
 
 		 241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3064  LrgB family protein  51.29 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.881696  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6075  LrgB family protein  49.57 
 
 		 244 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5839  LrgB family protein  49.57 
 
 		 244 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845294 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7636  LrgB-like protein  49.57 
 
 		 244 aa  208  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393691 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3283  LrgB family protein  52.29 
 
 		 240 aa  208  7e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.381562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3735  LrgB family protein  49.57 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1938  LrgB-like protein  46.75 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5345  LrgB family protein  47.93 
 
 		 246 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.426431 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6615  LrgB family protein  48.29 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918495  normal  0.128036 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6133  LrgB family protein  48.29 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.7753  normal  0.649123 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2500  LrgB family protein  48.5 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.541582 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2906  LrgB family protein  48.5 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1268  LrgB family protein  49.56 
 
 		 244 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1161  LrgB family protein  41.15 
 
 		 241 aa  185  5e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0604  LrgB-like protein  50 
 
 		 241 aa  184  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0291  LrgB family protein  46.19 
 
 		 241 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3576  putative transmembrane protein  49.12 
 
 		 255 aa  181  7e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.501932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1794  LrgB-like protein  46.78 
 
 		 242 aa  181  8.000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2405  LrgB family protein  45.38 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2977  LrgB family protein  45.38 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4058  LrgB family protein  51.1 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0128  LrgB family protein  47.06 
 
 		 239 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0412  LrgB family protein  45.58 
 
 		 241 aa  177  9e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.579768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1326  LrgB family protein  49.31 
 
 		 238 aa  176  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.781498 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2254  putative transmembrane protein  49.34 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.75348 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3332  putative transmembrane protein  51.1 
 
 		 238 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2558  LrgB family protein  47.62 
 
 		 243 aa  162  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.171852  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0424  LrgB family protein  47.03 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.033887 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0888  LrgB family protein  46.26 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0431  LrgB-like protein  47.41 
 
 		 241 aa  158  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.09203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2209  LrgB family protein  39.66 
 
 		 248 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591035  normal  0.130625 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22940  conserved hypothetical protein TIGR00659  39.11 
 
 		 244 aa  146  3e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3274  hypothetical protein  38.79 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.640575 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02071  predicted inner membrane protein  38.97 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1516  LrgB family protein  38.97 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1506  hypothetical protein  38.97 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2437  hypothetical protein  38.97 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2289  hypothetical protein  38.97 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561985 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0829  hypothetical protein  38.97 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02030  hypothetical protein  38.97 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2681  putative transmembrane protein, murein hydrolase LrgB like  37.89 
 
 		 240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.888366  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4815  LrgB family protein  37.5 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.576508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2372  hypothetical protein  38.03 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2417  hypothetical protein  38.03 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2421  hypothetical protein  38.03 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.890606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2328  hypothetical protein  38.03 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4690  LrgB family protein  37.5 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.827168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4868  LrgB family protein  37.5 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3199  hypothetical protein  36.49 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.180228  normal  0.0164124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2529  hypothetical protein  38.03 
 
 		 231 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0606  LrgB family protein  36.61 
 
 		 238 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2461  hypothetical protein  36.41 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3024  hypothetical protein  36.41 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.318383  normal  0.0470923 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11930  hypothetical protein  38.84 
 
 		 236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000775125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0747  LrgB family protein  40.24 
 
 		 255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.913908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0713  LrgB family protein  34.67 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00614149  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1359  LrgB family protein  35 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957145  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0448  LrgB family protein  37.79 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2745  hypothetical protein  35.68 
 
 		 231 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2560  hypothetical protein  35.94 
 
 		 231 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.143384  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1497  hypothetical protein  36 
 
 		 231 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2968  hypothetical protein  36 
 
 		 232 aa  125  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.45272  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1577  LrgB family protein  35.65 
 
 		 230 aa  125  7e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.4351e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08310  membrane protein, LrgB family  36.24 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.298678  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2299  LrgB family protein  39.89 
 
 		 195 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1096  hypothetical protein  38.39 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00551431  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4980  LrgB-like protein  35.93 
 
 		 238 aa  123  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235644  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2448  hypothetical protein  34.39 
 
 		 231 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0021  LrgB family protein  35.02 
 
 		 233 aa  122  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0074  LrgB family protein  33.33 
 
 		 230 aa  121  8e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2907  LrgB family protein  38.64 
 
 		 229 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0637  LrgB-like protein  34.93 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0793077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02117  murein hydrolase export regulator  33.49 
 
 		 225 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0853  hypothetical protein  34.42 
 
 		 224 aa  119  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0373  LrgB-like protein  39.2 
 
 		 242 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>