244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2907 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2907  LrgB family protein  100 
 
 		 229 aa  442  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1318  LrgB family protein  95.2 
 
 		 229 aa  384  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95009e-21 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1577  LrgB family protein  45.05 
 
 		 230 aa  194  9e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.4351e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0212  LrgB family protein  46.32 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5839  LrgB family protein  43.84 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845294 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6075  LrgB family protein  43.38 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7636  LrgB-like protein  44.75 
 
 		 244 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393691 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6059  LrgB family protein  43.38 
 
 		 244 aa  155  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.742566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11930  hypothetical protein  44.08 
 
 		 236 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000775125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3003  LrgB family protein  43.65 
 
 		 237 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1938  LrgB-like protein  43.28 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5345  LrgB family protein  43.38 
 
 		 246 aa  149  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.426431 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1204  LrgB-like protein  44.6 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0574065  normal  0.106071 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3749  LrgB family protein  45.83 
 
 		 240 aa  149  5e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2740  LrgB family protein  41.2 
 
 		 238 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6615  LrgB family protein  44.75 
 
 		 244 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918495  normal  0.128036 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6133  LrgB family protein  44.75 
 
 		 244 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.7753  normal  0.649123 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4815  LrgB family protein  41.71 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.576508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1096  hypothetical protein  43.75 
 
 		 236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00551431  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4690  LrgB family protein  41.71 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.827168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4868  LrgB family protein  41.71 
 
 		 238 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3199  hypothetical protein  39.45 
 
 		 238 aa  146  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.180228  normal  0.0164124 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0606  LrgB family protein  41.23 
 
 		 238 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0637  LrgB-like protein  41.01 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0793077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22940  conserved hypothetical protein TIGR00659  43.52 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0021  LrgB family protein  37.1 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0272  hypothetical protein  39.32 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0267  hypothetical protein  39.32 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2931  LrgB-like protein  42.45 
 
 		 241 aa  142  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4980  LrgB-like protein  39.05 
 
 		 238 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1853  LrgB family protein  42.13 
 
 		 238 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.591971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00860  putative effector of murein hydrolase  39.58 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3388  LrgB family protein  42.66 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0600848 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0156  LrgB family protein  41.47 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3735  LrgB family protein  43.17 
 
 		 239 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3064  LrgB family protein  42.45 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.881696  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3106  LrgB-like protein  41.18 
 
 		 239 aa  138  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3808  LrgB family protein  42.66 
 
 		 238 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2795  LrgB-like protein  40.48 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02071  predicted inner membrane protein  37.33 
 
 		 231 aa  136  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1516  LrgB family protein  37.33 
 
 		 231 aa  136  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08310  membrane protein, LrgB family  40.76 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.298678  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0074  LrgB family protein  36.49 
 
 		 230 aa  136  2e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2289  hypothetical protein  37.33 
 
 		 231 aa  136  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561985 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2437  hypothetical protein  37.33 
 
 		 231 aa  136  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0829  hypothetical protein  37.33 
 
 		 231 aa  136  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1506  hypothetical protein  37.33 
 
 		 231 aa  136  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02030  hypothetical protein  37.33 
 
 		 231 aa  136  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0736  hypothetical protein  41.47 
 
 		 238 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.592539  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02117  murein hydrolase export regulator  36.41 
 
 		 225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3274  hypothetical protein  37.33 
 
 		 231 aa  134  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.640575 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19690  hypothetical protein  37.32 
 
 		 228 aa  134  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1695  hypothetical protein  36.32 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1322  LrgB family protein  35.02 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2909  LrgB family protein  42.33 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0666  LrgB family protein  42.4 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003698  lrgA-associated membrane protein LrgB  35.94 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2529  hypothetical protein  36.87 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0412  LrgB family protein  41.67 
 
 		 241 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.579768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3993  LrgB family protein  38.53 
 
 		 239 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.479207  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1268  LrgB family protein  39.07 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0819  LrgB family protein  38.28 
 
 		 224 aa  132  5e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.061161  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2372  hypothetical protein  36.87 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2421  hypothetical protein  36.87 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.890606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2328  hypothetical protein  36.87 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1954  LrgB family protein  40.09 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2417  hypothetical protein  36.87 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0707  LrgB family protein  32.12 
 
 		 230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000904549  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4337  LrgB family protein  38.21 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.4746  normal  0.466601 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2322  LrgB family protein  34.42 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000117788  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3928  LrgB family protein  40.18 
 
 		 238 aa  129  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.337837 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3937  LrgB family protein  40.18 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1948  lrgB-like family protein  36.77 
 
 		 236 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3644  LrgB family protein  40.18 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0623  LrgB-like protein  39.69 
 
 		 241 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2209  LrgB family protein  39.73 
 
 		 248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591035  normal  0.130625 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3768  LrgB family protein  43.98 
 
 		 240 aa  128  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.402238  normal  0.0658159 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0422  LrgB family protein  36.82 
 
 		 231 aa  128  9.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.408547  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2236  lrgB-like family protein  36.32 
 
 		 236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0291  LrgB family protein  39.72 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3676  LrgB family protein  33.63 
 
 		 230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000265737  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2745  hypothetical protein  34.56 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1359  LrgB family protein  33.02 
 
 		 230 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957145  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4525  LrgB family protein  32.73 
 
 		 229 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4532  lrgB-like family protein  32.73 
 
 		 229 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.889737  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4618  LrgB family protein  32.73 
 
 		 229 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0811  putative effector of murein hydrolase  34.08 
 
 		 232 aa  124  9e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00607912  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1100  putative inner membrane protein yohK  37.62 
 
 		 240 aa  124  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4616  LrgB family protein  32.73 
 
 		 229 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2563  hypothetical protein  31.51 
 
 		 229 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1794  LrgB-like protein  38.69 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2616  hypothetical protein  31.51 
 
 		 229 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0342  hypothetical protein  36.82 
 
 		 235 aa  123  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.814056  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4427  LrgB family protein  34.55 
 
 		 229 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.113499  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0159  LrgB family protein  31.6 
 
 		 235 aa  122  3e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1482  putative effector of murein hydrolase  37.99 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0187991  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2670  hypothetical protein  40.76 
 
 		 240 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.275457 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4058  LrgB family protein  39.61 
 
 		 238 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2116  hypothetical protein  32.02 
 
 		 229 aa  121  9.999999999999999e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0001189  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1949  LrgB family protein  34.43 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000146324  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>