243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0546 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0546  LrgB family protein  100 
 
 		 240 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415827  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0333  LrgB-like protein  87.92 
 
 		 240 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0492  LrgB-like protein  92.04 
 
 		 241 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1100  putative inner membrane protein yohK  77.08 
 
 		 240 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0623  LrgB-like protein  75.83 
 
 		 241 aa  361  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3928  LrgB family protein  65.11 
 
 		 238 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.337837 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1853  LrgB family protein  62.71 
 
 		 238 aa  297  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.591971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0666  LrgB family protein  63.56 
 
 		 238 aa  295  5e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3644  LrgB family protein  65.53 
 
 		 238 aa  292  3e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3937  LrgB family protein  65.53 
 
 		 238 aa  292  3e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3003  LrgB family protein  63.68 
 
 		 237 aa  270  2e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3388  LrgB family protein  62.23 
 
 		 238 aa  269  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0600848 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2427  LrgB-like protein  59.66 
 
 		 241 aa  254  7e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3993  LrgB family protein  55.93 
 
 		 239 aa  248  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.479207  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0156  LrgB family protein  59.05 
 
 		 238 aa  246  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2740  LrgB family protein  55.84 
 
 		 238 aa  242  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1954  LrgB family protein  55.74 
 
 		 239 aa  234  6e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3106  LrgB-like protein  55.26 
 
 		 239 aa  232  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3768  LrgB family protein  53.78 
 
 		 240 aa  232  5e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.402238  normal  0.0658159 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3749  LrgB family protein  51.28 
 
 		 240 aa  226  2e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3283  LrgB family protein  55.8 
 
 		 240 aa  222  4e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.381562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1204  LrgB-like protein  51.68 
 
 		 239 aa  221  7e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0574065  normal  0.106071 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2795  LrgB-like protein  52.63 
 
 		 241 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3064  LrgB family protein  53.88 
 
 		 245 aa  219  3.9999999999999997e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.881696  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6075  LrgB family protein  52.56 
 
 		 244 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5839  LrgB family protein  52.56 
 
 		 244 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845294 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6059  LrgB family protein  52.14 
 
 		 244 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.742566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2931  LrgB-like protein  51.32 
 
 		 241 aa  215  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2670  hypothetical protein  52.99 
 
 		 240 aa  214  7e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.275457 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7636  LrgB-like protein  52.14 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393691 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3735  LrgB family protein  50.43 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1938  LrgB-like protein  47.7 
 
 		 245 aa  208  7e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1268  LrgB family protein  51.25 
 
 		 244 aa  203  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5345  LrgB family protein  50.85 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.426431 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6133  LrgB family protein  52.14 
 
 		 244 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.7753  normal  0.649123 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6615  LrgB family protein  52.14 
 
 		 244 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918495  normal  0.128036 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2906  LrgB family protein  51.28 
 
 		 243 aa  198  7e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2500  LrgB family protein  51.28 
 
 		 243 aa  198  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.541582 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0128  LrgB family protein  48.87 
 
 		 239 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1794  LrgB-like protein  50.21 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1161  LrgB family protein  41.38 
 
 		 241 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3576  putative transmembrane protein  49.79 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.501932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4058  LrgB family protein  53.07 
 
 		 238 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2405  LrgB family protein  45.8 
 
 		 241 aa  182  6e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0291  LrgB family protein  46.61 
 
 		 241 aa  181  7e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2977  LrgB family protein  45.38 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0412  LrgB family protein  46.49 
 
 		 241 aa  179  4e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.579768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2254  putative transmembrane protein  50.66 
 
 		 241 aa  179  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.75348 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0604  LrgB-like protein  48.95 
 
 		 241 aa  176  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1326  LrgB family protein  50.23 
 
 		 238 aa  174  8e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.781498 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3332  putative transmembrane protein  53.07 
 
 		 238 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2558  LrgB family protein  51.08 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.171852  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0888  LrgB family protein  46.38 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0424  LrgB family protein  47.78 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.033887 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2209  LrgB family protein  43.35 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591035  normal  0.130625 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0431  LrgB-like protein  47.62 
 
 		 241 aa  156  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.09203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22940  conserved hypothetical protein TIGR00659  40.17 
 
 		 244 aa  154  8e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3274  hypothetical protein  40.93 
 
 		 231 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.640575 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02071  predicted inner membrane protein  40 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1516  LrgB family protein  40 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1506  hypothetical protein  40 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2289  hypothetical protein  40 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561985 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2437  hypothetical protein  40 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0829  hypothetical protein  40 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02030  hypothetical protein  40 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3024  hypothetical protein  39.11 
 
 		 231 aa  138  7e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.318383  normal  0.0470923 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2461  hypothetical protein  39.11 
 
 		 231 aa  138  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2560  hypothetical protein  38.67 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.143384  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3199  hypothetical protein  37.78 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.180228  normal  0.0164124 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0448  LrgB family protein  40.55 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08310  membrane protein, LrgB family  38.82 
 
 		 238 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.298678  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1497  hypothetical protein  38.67 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2299  LrgB family protein  43.17 
 
 		 195 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2372  hypothetical protein  39.09 
 
 		 231 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2421  hypothetical protein  39.09 
 
 		 231 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.890606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2328  hypothetical protein  39.09 
 
 		 231 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2417  hypothetical protein  39.09 
 
 		 231 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2529  hypothetical protein  39.09 
 
 		 231 aa  131  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1577  LrgB family protein  39.09 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.4351e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2968  hypothetical protein  38.22 
 
 		 232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.45272  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0021  LrgB family protein  35.91 
 
 		 233 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2448  hypothetical protein  37.56 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2745  hypothetical protein  38.6 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2681  putative transmembrane protein, murein hydrolase LrgB like  37.78 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.888366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0819  LrgB family protein  40.18 
 
 		 224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.061161  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0747  LrgB family protein  35.68 
 
 		 255 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.913908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4980  LrgB-like protein  36.8 
 
 		 238 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0606  LrgB family protein  37.33 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0713  LrgB family protein  34.78 
 
 		 236 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00614149  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4815  LrgB family protein  37.33 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.576508 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4690  LrgB family protein  37.33 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.827168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2907  LrgB family protein  40.91 
 
 		 229 aa  125  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1236  hypothetical protein  36.84 
 
 		 231 aa  125  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4868  LrgB family protein  37.33 
 
 		 238 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0637  LrgB-like protein  37.39 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0793077  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2116  hypothetical protein  33.03 
 
 		 229 aa  123  3e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0001189  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11930  hypothetical protein  38.74 
 
 		 236 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000775125  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0736  hypothetical protein  37.12 
 
 		 238 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.592539  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2543  hypothetical protein  39.56 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2235  LrgB family protein  39.73 
 
 		 247 aa  122  7e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>