More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3013 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1749  peptidase M48, Ste24p  75.38 
 
 		 477 aa  676    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0882405  normal  0.165401 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3013  peptidase M48, Ste24p  100 
 
 		 475 aa  956    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0874514  normal  0.639267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2861  peptidase M48, Ste24p  84.14 
 
 		 472 aa  725    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.750031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2723  peptidase M48 Ste24p  83.26 
 
 		 475 aa  766    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.205433  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2439  peptidase M48, Ste24p  92.42 
 
 		 475 aa  826    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.496916 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2184  peptidase M48, Ste24p  74.57 
 
 		 473 aa  665    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4208  hypothetical protein  79.68 
 
 		 465 aa  685    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.961779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3498  peptidase M48 Ste24p  59.82 
 
 		 475 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.814298  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0906  hypothetical protein  46.8 
 
 		 489 aa  365  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.362461  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0910  hypothetical protein  46.8 
 
 		 471 aa  365  1e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1712  peptidase M48, Ste24p  43.74 
 
 		 491 aa  364  2e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189246  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2270  peptidase M48 Ste24p  45.25 
 
 		 471 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1295  peptidase M48, Ste24p  40.33 
 
 		 453 aa  310  2.9999999999999997e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.226604  normal  0.704605 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3280  peptidase M48 Ste24p  40.53 
 
 		 452 aa  297  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.227869  normal  0.68858 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2571  peptidase M48 Ste24p  37.5 
 
 		 473 aa  276  5e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3171  peptidase M48, Ste24p  36.43 
 
 		 467 aa  257  3e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0504963  normal  0.228205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3849  peptidase M48, Ste24p  37.95 
 
 		 460 aa  250  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0230  peptidase M48, Ste24p  35.46 
 
 		 461 aa  243  3.9999999999999997e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0393595  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2425  peptidase M48  37.5 
 
 		 457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1167  peptidase M48 Ste24p  31.65 
 
 		 448 aa  195  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.136165  normal  0.923958 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0864  peptidase M48, Ste24p  31.38 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0891552  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0652  M48 family peptidase  26.08 
 
 		 426 aa  174  2.9999999999999996e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.59081  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0661  peptidase M48, Ste24p  27.56 
 
 		 435 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0347  M48 family peptidase  27.36 
 
 		 435 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0056  peptidase M48, Ste24p  27.34 
 
 		 461 aa  126  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147991 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0568  M48 family peptidase  27.27 
 
 		 518 aa  91.7  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.017113  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0561  putative signal peptide protein  27.56 
 
 		 561 aa  89.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.611701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0450  peptidase M48 Ste24p  30.14 
 
 		 562 aa  89  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2169  peptidase M48 Ste24p  22.25 
 
 		 486 aa  87.8  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.139537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1841  peptidase M48, Ste24p  23.99 
 
 		 485 aa  87.4  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.891186  normal  0.107833 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3919  peptidase M48, Ste24p  31.03 
 
 		 549 aa  87.4  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.749041  hitchhiker  0.000945115 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3958  hypothetical protein  25.93 
 
 		 477 aa  87  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0680  hypothetical protein  28.71 
 
 		 590 aa  87  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.201087 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2684  peptidase M48, Ste24p  29.47 
 
 		 564 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.678599  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2537  peptidase M48, Ste24p  27.36 
 
 		 502 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.606815  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3182  peptidase M48 Ste24p  24.29 
 
 		 487 aa  85.5  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.258553  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3286  peptidase M48 Ste24p  28.23 
 
 		 569 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0469  peptidase M48 Ste24p  30.65 
 
 		 567 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2557  peptidase M48 Ste24p  29.47 
 
 		 564 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2666  peptidase M48 Ste24p  30.68 
 
 		 564 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5968  peptidase M48, Ste24p  29.67 
 
 		 588 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2026  peptidase M48, Ste24p  29.67 
 
 		 588 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.339174  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2637  peptidase M48, Ste24p  29.67 
 
 		 588 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0482  peptidase M48 Ste24p  30.65 
 
 		 569 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1069  peptidase M48 Ste24p  23.42 
 
 		 488 aa  84.7  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0581  peptidase M48 Ste24p  24.15 
 
 		 424 aa  84  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0013814  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0661  peptidase M48 Ste24p  29.12 
 
 		 593 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1543  peptidase M48, Ste24p  24.55 
 
 		 477 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.457387  normal  0.0662018 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1538  peptidase M48 Ste24p  27.73 
 
 		 565 aa  82.4  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4669  peptidase M48, Ste24p  27.96 
 
 		 514 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1555  peptidase M48, Ste24p  24.64 
 
 		 481 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002788  zinc metalloprotease  23.33 
 
 		 483 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2384  peptidase  23.2 
 
 		 484 aa  81.6  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1134  peptidase M48 Ste24p  23.63 
 
 		 487 aa  80.9  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2987  peptidase M48 Ste24p  23.26 
 
 		 487 aa  80.1  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.595956  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1630  peptidase M48 Ste24p  24.03 
 
 		 474 aa  80.1  0.00000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.685537  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1695  peptidase M48, Ste24p  24.46 
 
 		 490 aa  80.1  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.160832  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0827  hypothetical protein  28.02 
 
 		 589 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1823  peptidase M48, Ste24p  27.03 
 
 		 562 aa  79.7  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0287  hypothetical protein  28.02 
 
 		 560 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2415  hypothetical protein  28.02 
 
 		 572 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0985  M48 family peptidase  28.02 
 
 		 589 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399945  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0582  hypothetical protein  28.02 
 
 		 572 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10883  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0824  hypothetical protein  28.02 
 
 		 572 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0028  hypothetical protein  28.02 
 
 		 572 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.189438  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0844  peptidase M48 Ste24p  29.73 
 
 		 470 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000290245  normal  0.0785618 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5176  peptidase M48 Ste24p  28.09 
 
 		 521 aa  78.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03193  protease  23.6 
 
 		 484 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2792  peptidase M48 Ste24p  25.07 
 
 		 479 aa  77.4  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0487  peptidase M48, Ste24p  25.93 
 
 		 605 aa  77.4  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3089  peptidase M48, Ste24p  24.3 
 
 		 483 aa  77.4  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4041  peptidase M48, Ste24p  29.89 
 
 		 548 aa  77.4  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0541  peptidase M48, Ste24p:tetratricopeptide TPR_4  29.38 
 
 		 573 aa  77  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2619  peptidase M48, Ste24p  24.01 
 
 		 484 aa  76.6  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0654  M48 family peptidase  27.47 
 
 		 589 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1971  peptidase M48 Ste24p  22.39 
 
 		 486 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.436824  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4676  peptidase M48, Ste24p  28.51 
 
 		 554 aa  76.6  0.0000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1356  peptidase M48 Ste24p  21.55 
 
 		 524 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.107911  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1239  M48 family peptidase  21.55 
 
 		 494 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000273921  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2437  peptidase M48, Ste24p  22.64 
 
 		 486 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00870552 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2868  peptidase, M48 family  23.34 
 
 		 487 aa  74.7  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1913  peptidase M48, Ste24p  22.25 
 
 		 489 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.910226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1330  hypothetical protein  23.41 
 
 		 473 aa  74.3  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.643696  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2978  peptidase M48, Ste24p  23.29 
 
 		 487 aa  74.7  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.604124  normal  0.473931 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1695  peptidase M48, Ste24p  20.5 
 
 		 485 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2576  molybdopterin converting factor, subunit 1  24.2 
 
 		 503 aa  73.9  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02386  predicted peptidase  23.08 
 
 		 487 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0985911  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1175  peptidase M48 Ste24p  23.08 
 
 		 487 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.108568  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2776  M48 family peptidase  23.08 
 
 		 487 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00342563  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02348  hypothetical protein  23.08 
 
 		 487 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14863  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1182  peptidase M48 Ste24p  23.08 
 
 		 487 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0564416 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2628  M48 family peptidase  23.08 
 
 		 487 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2641  M48 family peptidase  23.08 
 
 		 487 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.938933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3716  peptidase, M48 family  23.08 
 
 		 487 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.997857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1744  hypothetical protein  23.16 
 
 		 484 aa  73.2  0.000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0825  peptidase M48 Ste24p  23.17 
 
 		 566 aa  73.2  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2400  peptidase M48, Ste24p  27.62 
 
 		 550 aa  73.2  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0992443  normal  0.508878 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4392  hypothetical protein  27.08 
 
 		 477 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3127  M48 family peptidase  21.31 
 
 		 494 aa  72  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000135694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1904  peptidase M48, Ste24p  30.1 
 
 		 493 aa  72.4  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.429469  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>