More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2606 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.43455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.27 
 
 
275 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.710224  normal  0.547763 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.38 
 
 
281 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.06 
 
 
276 aa  333  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.58 
 
 
287 aa  292  4e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.17 
 
 
276 aa  291  8e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0194596  normal  0.675227 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
275 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
272 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.75 
 
 
267 aa  254  9e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3604  putative dehydrogenase  46.39 
 
 
281 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055827  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3615  putative dehydrogenase  44.36 
 
 
291 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.427411  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
256 aa  175  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
247 aa  170  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.807678  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
257 aa  168  9e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
275 aa  166  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.591331  normal  0.119727 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
269 aa  161  9e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
255 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
254 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
263 aa  158  9e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
260 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  34.01 
 
 
258 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
263 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  38.04 
 
 
265 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
241 aa  155  7e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00191799  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
254 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
251 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
251 aa  154  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
269 aa  153  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  34.38 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
254 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
257 aa  152  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
254 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
247 aa  152  7e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.75 
 
 
246 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2335  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.24 
 
 
253 aa  152  7e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
254 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
257 aa  151  8.999999999999999e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.74 
 
 
250 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
256 aa  150  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
254 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 
255 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
272 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  38.93 
 
 
249 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
255 aa  151  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
254 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
247 aa  151  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
254 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
254 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
260 aa  150  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 
258 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 
260 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
262 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
254 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.82 
 
 
249 aa  150  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
258 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  33.75 
 
 
255 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
267 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
254 aa  149  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
245 aa  149  5e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
250 aa  149  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.14 
 
 
246 aa  149  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
246 aa  149  7e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.67 
 
 
255 aa  148  7e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.66 
 
 
248 aa  148  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
246 aa  148  7e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
261 aa  148  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  35.18 
 
 
261 aa  148  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
253 aa  148  9e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
254 aa  148  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
246 aa  148  9e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.27 
 
 
245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  33.2 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  39.11 
 
 
257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000512545 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  33.2 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.66 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2157  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.47 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.817787  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.73 
 
 
246 aa  146  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
247 aa  146  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  36.47 
 
 
261 aa  147  3e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
274 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  35.66 
 
 
261 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
261 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
270 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
253 aa  146  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
286 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000174886  normal  0.399546 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  38.62 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>