More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2748 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.710224  normal  0.547763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.27 
 
 
275 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.43455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.14 
 
 
281 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.69 
 
 
276 aa  338  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 
287 aa  300  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.63 
 
 
276 aa  285  5e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0194596  normal  0.675227 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
275 aa  277  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.13 
 
 
272 aa  276  3e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.27 
 
 
267 aa  260  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3615  putative dehydrogenase  44.75 
 
 
291 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.427411  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3604  putative dehydrogenase  48.61 
 
 
281 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055827  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
256 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
247 aa  171  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.807678  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
275 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.591331  normal  0.119727 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
255 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
269 aa  163  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 
254 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  34.69 
 
 
258 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
254 aa  158  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
257 aa  157  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
254 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
254 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  36.58 
 
 
260 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  40.59 
 
 
254 aa  155  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
247 aa  155  9e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 
254 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
263 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
263 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  39.92 
 
 
257 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 
260 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
251 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
249 aa  153  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
256 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
260 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.65 
 
 
246 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
272 aa  152  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  37.65 
 
 
265 aa  152  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
269 aa  151  8.999999999999999e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
254 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
254 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  33.88 
 
 
255 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
263 aa  151  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
267 aa  150  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
254 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
246 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 
255 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
254 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
250 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
258 aa  149  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
241 aa  149  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00191799  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
258 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2157  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.47 
 
 
253 aa  149  6e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.817787  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
254 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
254 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4142  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
272 aa  148  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.553245  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.59 
 
 
254 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
254 aa  148  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.51 
 
 
249 aa  148  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
253 aa  148  9e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
255 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.41 
 
 
249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
247 aa  148  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.07 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40299  normal  0.0331692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.4 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  33.6 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
254 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
256 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000512545 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.34 
 
 
258 aa  146  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  33.6 
 
 
247 aa  146  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 
257 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.8 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.240015  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.54 
 
 
245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
258 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
255 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.05 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
240 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.39 
 
 
248 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
257 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>