More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4272 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3419  ATP-dependent helicase HepA  51.09 
 
 		 968 aa  925    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0457  ATP-dependent helicase HepA  48.91 
 
 		 968 aa  904    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.65643 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00061  ATP-dependent helicase HepA  52.38 
 
 		 968 aa  948    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.283033  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3540  SNF2-related protein  52.38 
 
 		 968 aa  948    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410418  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0606  ATP-dependent helicase HepA  51.14 
 
 		 968 aa  933    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00996895  normal  0.766513 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1145  ATP-dependent helicase HepA  98.21 
 
 		 948 aa  1883    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.286627 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30280  ATP-dependent helicase HepA  83.98 
 
 		 949 aa  1627    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.561885  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2531  ATP-dependent helicase HepA  49.68 
 
 		 949 aa  845    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3629  ATP-dependent helicase HepA  52.81 
 
 		 967 aa  941    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4519  ATP-dependent helicase HepA  49.13 
 
 		 975 aa  911    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0575  ATP-dependent helicase HepA  50.26 
 
 		 968 aa  922    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1485  ATP-dependent helicase HepA  85.4 
 
 		 947 aa  1659    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.810829  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4104  ATP-dependent helicase hepA , putative  87.45 
 
 		 948 aa  1715    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2247  ATP-dependent helicase HepA  43.74 
 
 		 958 aa  835    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2218  ATP-dependent helicase HepA  43.53 
 
 		 958 aa  829    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3842  ATP-dependent helicase HepA  87.13 
 
 		 948 aa  1710    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1986  ATP-dependent helicase HepA  42 
 
 		 982 aa  708    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.819734 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3598  ATP-dependent helicase HepA  52.38 
 
 		 968 aa  948    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.517032  unclonable  0.0000000467864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4272  ATP-dependent helicase HepA  100 
 
 		 948 aa  1917    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3302  ATP-dependent helicase HepA  49.84 
 
 		 968 aa  917    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0112  ATP-dependent helicase HepA  43.29 
 
 		 960 aa  660    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000140392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03699  ATP-dependent helicase HepA  46.81 
 
 		 947 aa  813    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0625  ATP-dependent helicase HepA  48.66 
 
 		 968 aa  896    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0051  ATP-dependent helicase HepA  52.27 
 
 		 968 aa  945    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000808065  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3547  ATP-dependent helicase HepA  51.09 
 
 		 968 aa  925    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.212031  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3704  ATP-dependent helicase HepA  48.87 
 
 		 968 aa  897    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1255  ATP-dependent helicase HepA  89.35 
 
 		 948 aa  1744    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1179  ATP-dependent helicase HepA  98.1 
 
 		 948 aa  1882    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.572965 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0569  ATP-dependent helicase HepA  52.44 
 
 		 967 aa  942    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3733  ATP-dependent helicase HepA  49.95 
 
 		 968 aa  920    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0061  ATP-dependent helicase HepA  52.38 
 
 		 968 aa  948    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000176621  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1162  ATP-dependent helicase HepA  97.05 
 
 		 948 aa  1873    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504978  normal  0.026685 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0101  ATP-dependent helicase HepA  52.34 
 
 		 968 aa  939    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0108  ATP-dependent helicase HepA  52.34 
 
 		 968 aa  939    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0536  ATP-dependent helicase HepA  49.48 
 
 		 968 aa  905    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00420482  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2088  ATP-dependent helicase HepA  49.59 
 
 		 969 aa  910    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000725404  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0469  ATP-dependent helicase HepA  46.93 
 
 		 980 aa  777    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1812  ATP-dependent helicase HepA  83.93 
 
 		 948 aa  1618    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.502146  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2286  ATP-dependent helicase HepA  41.59 
 
 		 1028 aa  704    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.642335  normal  0.164924 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3790  ATP-dependent helicase HepA  49.84 
 
 		 968 aa  919    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3916  ATP-dependent helicase HepA  49.95 
 
 		 968 aa  920    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0064  ATP-dependent helicase HepA  52.16 
 
 		 919 aa  890    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.694047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03676  ATP-dependent helicase HepA  49.9 
 
 		 969 aa  891    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3830  ATP-dependent helicase HepA  46.07 
 
 		 943 aa  815    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1516  ATP-dependent helicase HepA  49.69 
 
 		 966 aa  868    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00060  hypothetical protein  52.38 
 
 		 968 aa  948    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.326785  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0608  ATP-dependent helicase HepA  51.71 
 
 		 967 aa  931    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.171676  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0575  ATP-dependent helicase HepA  50.26 
 
 		 968 aa  924    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3455  ATP-dependent helicase HepA  50.26 
 
 		 968 aa  924    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3508  ATP-dependent helicase HepA  48.55 
 
 		 968 aa  906    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.285717  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21230  ATP-dependent helicase HepA  84.04 
 
 		 950 aa  1628    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0352  ATP-dependent helicase HepA  49.54 
 
 		 969 aa  908    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3820  ATP-dependent helicase HepA  52.81 
 
 		 967 aa  943    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0102  ATP-dependent helicase HepA  52.34 
 
 		 968 aa  940    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0648061  normal  0.111163 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0574  ATP-dependent helicase HepA  50.36 
 
 		 968 aa  927    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4527  helicase domain-containing protein  41.44 
 
 		 982 aa  672    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4324  ATP-dependent helicase HepA  49.28 
 
 		 968 aa  906    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0730  ATP-dependent helicase HepA  52.02 
 
 		 968 aa  935    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000570719  normal  0.719856 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0535  ATP-dependent helicase HepA  49.84 
 
 		 968 aa  919    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0063  ATP-dependent helicase HepA  52.38 
 
 		 968 aa  948    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000144173  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3131  ATP-dependent helicase HepA  49.69 
 
 		 967 aa  893    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0061  ATP-dependent helicase HepA  52.48 
 
 		 968 aa  949    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00130615  normal  0.800173 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0568  ATP-dependent helicase HepA  49.02 
 
 		 970 aa  910    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00434325  normal  0.886581 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2948  ATP-dependent helicase HepA  50.99 
 
 		 968 aa  924    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.476978 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002392  RNA polymerase associated protein RapA  50 
 
 		 969 aa  909    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000609656  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3615  ATP-dependent helicase HepA  49.85 
 
 		 953 aa  852    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0106  ATP-dependent helicase HepA  52.34 
 
 		 968 aa  939    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00405197  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0103  ATP-dependent helicase HepA  51.86 
 
 		 944 aa  906    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2892  ATP-dependent helicase HepA  39.77 
 
 		 942 aa  629  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1680  ATP-dependent helicase HepA  35.89 
 
 		 874 aa  526  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0454688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0610  type III restriction protein res subunit  32.35 
 
 		 905 aa  186  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0594  helicase domain protein  33.04 
 
 		 898 aa  185  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0567  RNA polymerase associated protein rapA  32.86 
 
 		 898 aa  184  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0602  SNF2-related protein  32.52 
 
 		 892 aa  183  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1176  helicase domain-containing protein  31.8 
 
 		 941 aa  168  5.9999999999999996e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3559  helicase domain-containing protein  31.8 
 
 		 941 aa  168  5.9999999999999996e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.895393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0816  helicase domain-containing protein  29.58 
 
 		 933 aa  161  6e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0970467  normal  0.111384 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1492  helicase domain protein  29.34 
 
 		 969 aa  155  4e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2916  SNF2-related protein  27.92 
 
 		 560 aa  151  5e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4306  helicase, putative  26.25 
 
 		 560 aa  149  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2075  hypothetical protein  29.1 
 
 		 835 aa  148  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.989433  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2010  hypothetical protein  29.1 
 
 		 1144 aa  148  5e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4340  putative helicase  26.25 
 
 		 560 aa  148  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.486196  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0900  putative helicase  26.25 
 
 		 560 aa  147  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4132  helicase  25.62 
 
 		 560 aa  147  9e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3972  SNF2 family helicase  25.62 
 
 		 560 aa  147  9e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3982  SNF2 family helicase  25.62 
 
 		 560 aa  147  9e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4248  putative helicase  25.62 
 
 		 560 aa  147  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4450  helicase  25.62 
 
 		 560 aa  147  9e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982586  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4359  putative helicase  25.62 
 
 		 560 aa  147  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4083  non-specific serine/threonine protein kinase  25.83 
 
 		 560 aa  146  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0680  helicase domain-containing protein  27.8 
 
 		 1167 aa  144  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.272356 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0063  Type III restriction enzyme, res subunit  27.85 
 
 		 962 aa  143  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2362  SNF2-related protein  26.2 
 
 		 555 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0017  helicase/SNF2 family domain protein  25.58 
 
 		 801 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2988  helicase domain-containing protein  27.38 
 
 		 1167 aa  139  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249556  normal  0.0303963 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3989  helicase domain-containing protein  27.08 
 
 		 1145 aa  137  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.164502 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0196  helicase domain-containing protein  28.16 
 
 		 1167 aa  136  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.037499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1303  helicase domain-containing protein  27.97 
 
 		 669 aa  132  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1660  helicase/SNF2 family domain protein  24.52 
 
 		 805 aa  131  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>