More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3973 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4407  amino acid ABC transporter permease  96.43 
 
 		 460 aa  867    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0417319 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0786  amino acid tranporter  78.03 
 
 		 459 aa  721    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528577  normal  0.194759 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3459  amino acid permease-associated region  77.85 
 
 		 459 aa  711    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.105146  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1447  amino acid permease-associated region  95.76 
 
 		 460 aa  862    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.302331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3973  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 455 aa  907    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5379  amino acid permease-associated region  78.3 
 
 		 459 aa  712    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0243202  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4907  amino acid permease-associated region  77.85 
 
 		 459 aa  711    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3893  amino acid permease-associated region  43.93 
 
 		 472 aa  356  3.9999999999999996e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.375275 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4133  amino acid permease-associated region  44.17 
 
 		 472 aa  353  2.9999999999999997e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3489  GABA permease  40 
 
 		 464 aa  350  3e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3823  GABA permease  40.22 
 
 		 464 aa  349  5e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.110576  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3774  GABA permease  40 
 
 		 464 aa  349  7e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000143928  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3751  GABA permease  40 
 
 		 487 aa  348  2e-94  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00254323  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3570  GABA permease  40.22 
 
 		 464 aa  343  4e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.132748  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3468  gamma-aminobutyrate permease  40.22 
 
 		 464 aa  343  4e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3482  gamma-aminobutyrate permease  40.22 
 
 		 464 aa  343  4e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3853  GABA permease  40.22 
 
 		 464 aa  343  4e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.261193  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1317  GABA permease  39.91 
 
 		 465 aa  342  8e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.319742  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1479  GABA permease  41.46 
 
 		 449 aa  325  1e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10983  hitchhiker  0.00182133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4909  GABA permease  39.04 
 
 		 463 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5356  gamma-aminobutyrate permease  39.43 
 
 		 463 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0307  GABA permease  39.91 
 
 		 461 aa  316  5e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.220085  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0284  GABA permease  39.91 
 
 		 461 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.466033  hitchhiker  0.000157703 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3753  amino acid permease-associated region  39.82 
 
 		 478 aa  315  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109507  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0302  GABA permease  39.91 
 
 		 461 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0415765 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4926  GABA permease  40.48 
 
 		 461 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0906  amino acid permease-associated region  36.81 
 
 		 468 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0686  beta-alanine/gamma-aminobutyrate-H+ symporter  38.11 
 
 		 483 aa  310  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2583  GABA permease  38.36 
 
 		 463 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0522  GABA permease  38.36 
 
 		 463 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829612  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0494  GABA permease  38.36 
 
 		 463 aa  310  5e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3609  GABA transporter  37.92 
 
 		 463 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10533  gaba permease gabP (4-amino butyrate transport carrier)  39.63 
 
 		 434 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0452  GABA permease  38.36 
 
 		 463 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.131648  normal  0.0220043 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0426  GABA permease  38.14 
 
 		 463 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2021  amino acid permease-associated region  39.39 
 
 		 480 aa  307  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2911  GABA permease  37.95 
 
 		 463 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2523  amino acid permease-associated region  42.23 
 
 		 464 aa  306  5.0000000000000004e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2876  GABA permease  40.35 
 
 		 463 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.975083  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1998  amino acid permease-associated region  38.99 
 
 		 608 aa  305  9.000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.89102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0313  GABA permease  39.82 
 
 		 463 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2780  GABA permease  37.72 
 
 		 463 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.725918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4364  amino acid permease-associated region  38.58 
 
 		 476 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.590232 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2921  GABA permease  37.89 
 
 		 463 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.84822  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2872  GABA permease  37.61 
 
 		 463 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0122  amino acid permease-associated region  40.67 
 
 		 606 aa  301  2e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1805  amino acid permease-associated region  40.47 
 
 		 469 aa  300  4e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0607317  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3371  amino acid permease-associated region  38.03 
 
 		 606 aa  298  1e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3382  amino acid permease-associated region  38.03 
 
 		 606 aa  298  1e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4525  amino acid permease-associated region  37.72 
 
 		 473 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.411369 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3433  amino acid permease-associated region  38.03 
 
 		 606 aa  298  1e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2943  gamma-aminobutyrate transporter  37.09 
 
 		 466 aa  296  6e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6223  amino acid permease-associated region  35.93 
 
 		 481 aa  296  7e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1926  GABA permease  40.15 
 
 		 467 aa  295  8e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.620655  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3572  GABA permease  40.15 
 
 		 467 aa  295  8e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0956  GABA permease  40.15 
 
 		 467 aa  295  8e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0660  GABA permease  40.15 
 
 		 467 aa  295  8e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02519  gamma-aminobutyrate transporter  36.85 
 
 		 466 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1020  GABA permease  36.85 
 
 		 466 aa  295  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02483  hypothetical protein  36.85 
 
 		 466 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2798  gamma-aminobutyrate transporter  36.85 
 
 		 466 aa  295  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3905  gamma-aminobutyrate transporter  36.85 
 
 		 466 aa  295  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.667666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2783  gamma-aminobutyrate transporter  36.85 
 
 		 466 aa  295  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.414998 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3218  gamma-aminobutyrate transporter  36.85 
 
 		 466 aa  295  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2616  amino acid permease-associated region  35.7 
 
 		 464 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923502  normal  0.46243 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1043  gamma-aminobutyrate transporter  36.85 
 
 		 466 aa  295  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3590  GABA permease  40.15 
 
 		 541 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.566491  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3600  GABA permease  40.15 
 
 		 587 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18864  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0515  GABA permease  39.9 
 
 		 467 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2938  gamma-aminobutyrate transporter  37 
 
 		 466 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.111546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2293  GABA permease  38.53 
 
 		 468 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3095  gamma-aminobutyrate transporter  37 
 
 		 466 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.5594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2990  gamma-aminobutyrate transporter  37 
 
 		 466 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0706778 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2973  gamma-aminobutyrate transporter  37 
 
 		 466 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  0.0482196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2906  gamma-aminobutyrate transporter  37 
 
 		 466 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2214  amino acid permease-associated region  38.17 
 
 		 469 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.369206  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3570  amino acid permease-associated region  37.47 
 
 		 460 aa  290  4e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.406953  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4114  GABA permease  38.59 
 
 		 463 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0556  amino acid permease-associated region  35.32 
 
 		 472 aa  289  6e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2996  amino acid permease family protein  34.34 
 
 		 474 aa  289  6e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  8.65935e-18 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3727  amino acid transporter  36.23 
 
 		 468 aa  288  9e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2735  amino acid permease; arginine permease  34.13 
 
 		 478 aa  288  1e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  4.73019e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0554  amino acid ABC transporter permease  37.44 
 
 		 473 aa  288  1e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000103812  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4599  amino-acid permease RocC  37.06 
 
 		 471 aa  288  1e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000205089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4826  amino acid permease family protein  36.95 
 
 		 473 aa  288  1e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0332094  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0547  amino acid permease family protein  36.95 
 
 		 473 aa  287  2e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0773  amino acid permease  35.33 
 
 		 471 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000509453  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0405  amino acid permease  36.73 
 
 		 473 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5714  putative amino acid permease  36.14 
 
 		 470 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.735524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2036  amino acid permease-associated region  36.01 
 
 		 468 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.790711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0772  amino acid ABC transporter, permease protein  37.21 
 
 		 475 aa  286  4e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3032  amino acid permease family protein  34.34 
 
 		 474 aa  286  4e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000180582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0466  amino acid permease family protein  36.73 
 
 		 473 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0492  amino acid permease family protein  36.73 
 
 		 473 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65850  amino acid ABC transporter permease  35.92 
 
 		 470 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0397279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2247  amino acid permease family protein  34.14 
 
 		 474 aa  286  7e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000872443  hitchhiker  0.000241281 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1665  aromatic amino acid transporter  34.9 
 
 		 457 aa  285  9e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000114878  normal  0.317193 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0555  amino acid ABC transporter permease  37.21 
 
 		 473 aa  285  9e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000183711  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2381  aromatic amino acid transport protein AroP  34.9 
 
 		 457 aa  285  9e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000248721  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2477  amino acid permease-associated region  34.9 
 
 		 457 aa  285  9e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.176999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>