42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1863 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1863  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 413 aa  804    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0564121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1420  O-antigen translocase  33.87 
 
 		 405 aa  202  9.999999999999999e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1503  polysaccharide biosynthesis protein  31.64 
 
 		 421 aa  186  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2377  polysaccharide biosynthesis protein  36.16 
 
 		 492 aa  176  9e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.686073  normal  0.756992 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1112  O-antigen translocase  29.44 
 
 		 507 aa  172  9e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0719133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0587  polysaccharide biosynthesis protein  32.97 
 
 		 495 aa  162  7e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.294398  normal  0.540426 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0202  polysaccharide biosynthesis protein  26.52 
 
 		 427 aa  162  2e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.153465  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2973  polysaccharide biosynthesis protein  28.39 
 
 		 538 aa  155  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.149725  normal  0.559015 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1141  O-antigen translocase  30.03 
 
 		 496 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1563  polysaccharide biosynthesis protein  33.53 
 
 		 436 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3022  polysaccharide biosynthesis protein  28.03 
 
 		 466 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3125  polysaccharide biosynthesis protein  28.72 
 
 		 419 aa  138  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1868  O-antigen and teichoic acid-like export protein  29.63 
 
 		 436 aa  132  7.999999999999999e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1930  polysaccharide biosynthesis protein  28.86 
 
 		 439 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21000  membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid  32.21 
 
 		 445 aa  132  9e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4759  polysaccharide biosynthesis protein  27.92 
 
 		 431 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000435515  normal  0.179343 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2622  polysaccharide biosynthesis protein  25.81 
 
 		 431 aa  121  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0388  polysaccharide biosynthesis protein  26.93 
 
 		 463 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0390726  normal  0.0183052 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0698  polysaccharide biosynthesis protein  30.28 
 
 		 449 aa  114  3e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0788223  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001771  O-antigen flippase Wzx  24.56 
 
 		 435 aa  103  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0363  polysaccharide biosynthesis protein  27.25 
 
 		 476 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.334346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4426  polysaccharide biosynthesis protein  28.5 
 
 		 427 aa  101  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0253481  normal  0.320034 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0294  polysaccharide biosynthesis protein  29.89 
 
 		 426 aa  99  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1881  polysaccharide biosynthesis protein  32.72 
 
 		 459 aa  97.4  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1137  porS protein  25.66 
 
 		 435 aa  77  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  23.45 
 
 		 483 aa  63.9  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  26.25 
 
 		 476 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1187  polysaccharide biosynthesis protein  21.93 
 
 		 488 aa  53.1  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  22.74 
 
 		 492 aa  51.2  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3122  polysaccharide biosynthesis protein  28.09 
 
 		 490 aa  48.1  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  24.12 
 
 		 487 aa  47.4  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  21.95 
 
 		 479 aa  45.4  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3437  polysaccharide biosynthesis protein  28.57 
 
 		 483 aa  45.1  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.655907  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4951  polysaccharide biosynthesis protein  21.86 
 
 		 494 aa  43.9  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.656313  normal  0.110615 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4527  polysaccharide biosynthesis protein  25.76 
 
 		 514 aa  43.9  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0212681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  21.52 
 
 		 510 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  21.52 
 
 		 503 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  21.52 
 
 		 510 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0933  stage V sporulation protein B  29.57 
 
 		 520 aa  43.9  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  21.52 
 
 		 510 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  21.52 
 
 		 510 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  23.91 
 
 		 487 aa  43.1  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>