28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1930 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1930  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 439 aa  865    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3022  polysaccharide biosynthesis protein  45.8 
 
 		 466 aa  368  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2377  polysaccharide biosynthesis protein  36.04 
 
 		 492 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.686073  normal  0.756992 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1420  O-antigen translocase  33.08 
 
 		 405 aa  209  7e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1141  O-antigen translocase  31.41 
 
 		 496 aa  200  5e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0587  polysaccharide biosynthesis protein  32.24 
 
 		 495 aa  199  6e-50  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.294398  normal  0.540426 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0388  polysaccharide biosynthesis protein  30.03 
 
 		 463 aa  162  1e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0390726  normal  0.0183052 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0202  polysaccharide biosynthesis protein  27.61 
 
 		 427 aa  160  4e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.153465  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1112  O-antigen translocase  26.56 
 
 		 507 aa  158  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0719133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1563  polysaccharide biosynthesis protein  30.79 
 
 		 436 aa  156  8e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2973  polysaccharide biosynthesis protein  24.16 
 
 		 538 aa  154  4e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.149725  normal  0.559015 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0698  polysaccharide biosynthesis protein  30.52 
 
 		 449 aa  146  9e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0788223  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1503  polysaccharide biosynthesis protein  26.72 
 
 		 421 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0363  polysaccharide biosynthesis protein  28.04 
 
 		 476 aa  138  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.334346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4759  polysaccharide biosynthesis protein  25.95 
 
 		 431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000435515  normal  0.179343 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1868  O-antigen and teichoic acid-like export protein  27.27 
 
 		 436 aa  131  3e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21000  membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid  30.64 
 
 		 445 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1863  polysaccharide biosynthesis protein  30.31 
 
 		 413 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0564121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001771  O-antigen flippase Wzx  26.79 
 
 		 435 aa  125  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2622  polysaccharide biosynthesis protein  24.4 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3125  polysaccharide biosynthesis protein  23.74 
 
 		 419 aa  101  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4426  polysaccharide biosynthesis protein  25.61 
 
 		 427 aa  93.6  6e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0253481  normal  0.320034 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0294  polysaccharide biosynthesis protein  28.93 
 
 		 426 aa  87.4  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  23.49 
 
 		 483 aa  66.2  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_002950  PG1137  porS protein  25 
 
 		 435 aa  65.1  0.000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1881  polysaccharide biosynthesis protein  30.4 
 
 		 459 aa  61.6  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  23.51 
 
 		 493 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3400  polysaccharide biosynthesis protein  22.55 
 
 		 493 aa  47.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.46143  normal  0.138199 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>