208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0675 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0675  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
345 aa  711    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.55095 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2931  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  80.43 
 
 
351 aa  550  1e-155  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1164  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  72.46 
 
 
353 aa  511  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3880  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  69.54 
 
 
355 aa  509  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.160248  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2784  twin-arginine translocation pathway signal  71.8 
 
 
344 aa  506  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.968242  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0678  twin-arginine translocation pathway signal  69.16 
 
 
350 aa  501  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.10494  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1609  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  67.15 
 
 
345 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.469056  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4546  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  66.18 
 
 
346 aa  481  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2320  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  66.28 
 
 
345 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0994  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  66.28 
 
 
345 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.26519  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0034  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.64 
 
 
341 aa  87  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  24.63 
 
 
358 aa  82  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.55 
 
 
360 aa  79  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.07 
 
 
360 aa  78.6  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  23.01 
 
 
360 aa  77.8  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  27.37 
 
 
368 aa  76.6  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  23.99 
 
 
356 aa  75.5  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
370 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  23.26 
 
 
360 aa  73.6  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.45 
 
 
367 aa  73.6  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  22.81 
 
 
363 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.8 
 
 
371 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4440  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.32 
 
 
369 aa  72.8  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.270003 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.39 
 
 
360 aa  72.4  0.000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.32 
 
 
400 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.44 
 
 
371 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  25.84 
 
 
363 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0446  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.12 
 
 
372 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00272496  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.59 
 
 
379 aa  71.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0570  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.83 
 
 
338 aa  70.9  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1241  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.38 
 
 
385 aa  71.2  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000459944  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.81 
 
 
370 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4436  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.71 
 
 
369 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.68 
 
 
359 aa  70.1  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  22.49 
 
 
372 aa  69.3  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.03 
 
 
372 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
362 aa  69.3  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1216  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.93 
 
 
362 aa  68.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.74 
 
 
400 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0193  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.58 
 
 
362 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320423  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.3 
 
 
363 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3374  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.19 
 
 
368 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.630322 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.45 
 
 
366 aa  66.6  0.0000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3676  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.19 
 
 
368 aa  66.6  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  23.67 
 
 
374 aa  66.6  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.12 
 
 
400 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1558  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.05 
 
 
368 aa  65.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  25.46 
 
 
361 aa  65.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  21.88 
 
 
359 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.71 
 
 
364 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.59 
 
 
359 aa  65.5  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.34 
 
 
364 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.26 
 
 
360 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  20.7 
 
 
359 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  23.65 
 
 
362 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  23.34 
 
 
362 aa  65.1  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1969  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.01 
 
 
331 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.979448  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7131  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.84 
 
 
359 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  21.83 
 
 
359 aa  64.3  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.42 
 
 
369 aa  64.7  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3328  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.56 
 
 
363 aa  64.3  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0914439  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.74 
 
 
331 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.019871  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  21.75 
 
 
358 aa  62.8  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4515  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.92 
 
 
360 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.83 
 
 
365 aa  62.8  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  20.82 
 
 
359 aa  61.2  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1780  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.68 
 
 
325 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.258886  normal  0.0122239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25 
 
 
366 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  23.3 
 
 
362 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.49 
 
 
361 aa  60.8  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1456  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.44 
 
 
357 aa  61.2  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0624935  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  24.36 
 
 
362 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
363 aa  60.1  0.00000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1719  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.46 
 
 
368 aa  60.1  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.457663  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3778  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.1 
 
 
345 aa  59.7  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29277  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1815  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.49 
 
 
344 aa  59.3  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4720  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.26 
 
 
364 aa  59.7  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.607383  normal  0.0697574 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.04 
 
 
370 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.135169 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0361  extracellular solute-binding protein  20.85 
 
 
317 aa  58.9  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.908183  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  20 
 
 
359 aa  58.9  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4010  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.65 
 
 
403 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000079745  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  22.4 
 
 
353 aa  58.2  0.0000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3477  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.77 
 
 
358 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  22.43 
 
 
370 aa  58.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  20.85 
 
 
372 aa  57.4  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.73 
 
 
335 aa  57  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  21.59 
 
 
362 aa  57.4  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  21.8 
 
 
378 aa  57.4  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0428  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  19.94 
 
 
387 aa  57  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0280038  normal  0.0226901 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1563  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.07 
 
 
374 aa  57  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0179378  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.95 
 
 
360 aa  57  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.95 
 
 
360 aa  57  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  22.32 
 
 
360 aa  56.6  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.7 
 
 
374 aa  56.6  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  23.12 
 
 
362 aa  56.2  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4196  family 1 extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
333 aa  56.2  0.0000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2838  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  25.43 
 
 
327 aa  55.8  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0955544  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2489  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.26 
 
 
348 aa  55.8  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.92 
 
 
368 aa  55.8  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0634  extracellular solute-binding protein  22.83 
 
 
340 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>