50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3223 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3223  hypothetical protein  100 
 
 		 149 aa  293  4e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.663064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3250  hypothetical protein  40.85 
 
 		 165 aa  87.8  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.450791  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2919  hypothetical protein  34.9 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169398  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3298  hypothetical protein  37.41 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.667523  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3963  hypothetical protein  30.92 
 
 		 164 aa  75.5  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511575  normal  0.0273458 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5652  hypothetical protein  30.72 
 
 		 160 aa  75.5  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0445869 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4451  hypothetical protein  35.57 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7082  hypothetical protein  33.11 
 
 		 153 aa  72.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2388  hypothetical protein  26 
 
 		 150 aa  70.5  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000543709  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0554  hypothetical protein  30.22 
 
 		 169 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.740481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1514  hypothetical protein  32.48 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1318  hypothetical protein  32.48 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.356534  normal  0.417426 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1908a  hypothetical protein  28.48 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1017  tripartite tricarboxylate transporter(TTT) family protein TctB  27.81 
 
 		 159 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.059045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2146  tripartite tricarboxylate transporter(TTT) family protein TctB  29.8 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3269  hypothetical protein  31.06 
 
 		 259 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.170183  normal  0.426633 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1720  hypothetical protein  25.17 
 
 		 152 aa  58.5  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.518273  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3167  protein of unknown function DUF1468  32.65 
 
 		 153 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3458  protein of unknown function DUF1468  31.97 
 
 		 153 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0197428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4103  hypothetical protein  30.2 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2746  protein of unknown function DUF1468  28.75 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3289  hypothetical protein  32.87 
 
 		 151 aa  55.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17193  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6102  hypothetical protein  29.66 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4403  hypothetical protein  35.4 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.209294  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1626  protein of unknown function DUF1468  29.86 
 
 		 166 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.342281  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1699  protein of unknown function DUF1468  29.86 
 
 		 166 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744952  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5394  hypothetical protein  27.5 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3643  hypothetical protein  30.92 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.025791  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1438  protein of unknown function DUF1468  27.89 
 
 		 153 aa  53.1  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.832604 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2247  hypothetical protein  30.56 
 
 		 214 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0826  hypothetical protein  28.95 
 
 		 153 aa  51.2  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0445007 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0845  hypothetical protein  30.26 
 
 		 153 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.489903  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2515  tripartite tricarboxylate transporter(TTT) family protein TctB  27.4 
 
 		 160 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.964396  normal  0.161309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2564  protein of unknown function DUF1468  32.69 
 
 		 158 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0794  hypothetical protein  32.43 
 
 		 161 aa  48.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3412  hypothetical protein  29.38 
 
 		 162 aa  47.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3881  hypothetical protein  25.62 
 
 		 162 aa  47.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.559806  normal  0.665493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3238  hypothetical protein  28.12 
 
 		 162 aa  47  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.020333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0318  protein of unknown function DUF1468  25 
 
 		 162 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3422  hypothetical protein  37.62 
 
 		 175 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113281  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2033  tripartite tricarboxylate transporter TctA  28.97 
 
 		 166 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4010  protein of unknown function DUF1468  29.45 
 
 		 166 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4019  hypothetical protein  27.01 
 
 		 191 aa  43.9  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1250  protein of unknown function DUF1468  25.62 
 
 		 162 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3213  hypothetical protein  28.83 
 
 		 163 aa  43.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3358  hypothetical protein  27.5 
 
 		 166 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6019  hypothetical protein  26.32 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.214808  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1331  hypothetical protein  28.44 
 
 		 153 aa  41.2  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0414  hypothetical protein  32.31 
 
 		 168 aa  40.8  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3057  hypothetical protein  26.8 
 
 		 154 aa  40.8  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.542424 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>