183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2486 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  61.06 
 
 
687 aa  779    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  100 
 
 
681 aa  1339    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  40.09 
 
 
726 aa  486  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  41.32 
 
 
764 aa  478  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  41.5 
 
 
764 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  40.84 
 
 
764 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  41.37 
 
 
752 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  39.04 
 
 
714 aa  456  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  40.03 
 
 
749 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  38.11 
 
 
714 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  37.71 
 
 
787 aa  441  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  39.31 
 
 
715 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  39.31 
 
 
715 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  37.52 
 
 
788 aa  435  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  38.27 
 
 
728 aa  430  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  35.5 
 
 
708 aa  427  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  37.29 
 
 
712 aa  423  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  36.24 
 
 
713 aa  422  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  35.41 
 
 
716 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  37.54 
 
 
763 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  33.19 
 
 
719 aa  398  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  33.13 
 
 
703 aa  375  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  33.8 
 
 
692 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  30.99 
 
 
715 aa  340  7e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  32.63 
 
 
710 aa  336  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  33.77 
 
 
710 aa  336  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  33.63 
 
 
710 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  33.63 
 
 
710 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  34.89 
 
 
699 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  32.75 
 
 
713 aa  327  6e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  32.83 
 
 
743 aa  324  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  34.2 
 
 
704 aa  312  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  34.35 
 
 
705 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  34.4 
 
 
701 aa  306  7e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  30.96 
 
 
758 aa  306  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  33.39 
 
 
884 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  32.7 
 
 
886 aa  305  3.0000000000000004e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  31.4 
 
 
727 aa  300  8e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  48.09 
 
 
625 aa  299  1e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  32.22 
 
 
702 aa  284  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  30.91 
 
 
873 aa  279  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  30.76 
 
 
873 aa  278  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  32.06 
 
 
872 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  31.66 
 
 
872 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  31.17 
 
 
887 aa  273  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  31.17 
 
 
887 aa  273  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  30.43 
 
 
897 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  29.93 
 
 
696 aa  262  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  34.98 
 
 
727 aa  247  6e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  30.69 
 
 
480 aa  114  9e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.47 
 
 
444 aa  96.3  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.58 
 
 
290 aa  95.5  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  30.14 
 
 
233 aa  83.2  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.25 
 
 
233 aa  81.3  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  30.05 
 
 
357 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.5 
 
 
368 aa  78.6  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.51 
 
 
357 aa  77.8  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.51 
 
 
357 aa  78.2  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.1 
 
 
368 aa  77.4  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  29.51 
 
 
357 aa  77.4  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.51 
 
 
357 aa  77.4  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.51 
 
 
357 aa  77.4  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  29.51 
 
 
357 aa  77.4  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  29.51 
 
 
357 aa  75.5  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.51 
 
 
357 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.77 
 
 
229 aa  75.9  0.000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.25 
 
 
233 aa  75.1  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.43 
 
 
240 aa  74.3  0.000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  31.49 
 
 
373 aa  71.6  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.28 
 
 
356 aa  70.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.64 
 
 
591 aa  70.1  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  27.73 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0806  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.64 
 
 
358 aa  68.2  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0103679  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1723  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  30.05 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0810  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.16 
 
 
356 aa  66.6  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.232624  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0759  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  27.94 
 
 
356 aa  67  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.939096  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1329  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  48.1 
 
 
645 aa  67  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.2343  normal  0.019579 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2107  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.31 
 
 
504 aa  65.9  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1480  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  30.34 
 
 
399 aa  66.2  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  36.36 
 
 
572 aa  65.5  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1598  transcriptional regulator, putative  27.81 
 
 
396 aa  65.5  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00672193  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1344  hypothetical protein  31.07 
 
 
383 aa  65.5  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.024992  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1737  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.93 
 
 
273 aa  65.5  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.176539  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.76 
 
 
334 aa  64.7  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0694  FMN-binding domain protein  29.08 
 
 
391 aa  65.1  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3015  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.74 
 
 
350 aa  63.9  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_002936  DET0237  transcriptional regulator, putative  28.64 
 
 
406 aa  63.5  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.130282  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  32.97 
 
 
453 aa  62.8  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  28.42 
 
 
277 aa  62  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2622  FMN-binding domain protein  27.6 
 
 
321 aa  61.6  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1409  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  31.52 
 
 
257 aa  61.2  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  32.28 
 
 
335 aa  61.2  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0717  FMN-binding domain protein  26.33 
 
 
393 aa  60.5  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1596  transcriptional regulator, putative  29.78 
 
 
397 aa  60.1  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000252282  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0599  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.65 
 
 
325 aa  60.5  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.856458  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0751  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.14 
 
 
328 aa  60.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0839232  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  29.76 
 
 
431 aa  60.5  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  29.56 
 
 
389 aa  60.1  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  28.18 
 
 
480 aa  59.3  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1675  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25 
 
 
282 aa  59.3  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>