176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1390 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  56.35 
 
 
872 aa  934    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  59.78 
 
 
710 aa  884    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  100 
 
 
884 aa  1806    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  60.73 
 
 
710 aa  886    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  60.71 
 
 
713 aa  886    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  57.19 
 
 
897 aa  971    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  55.43 
 
 
872 aa  931    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  56.26 
 
 
873 aa  973    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  56.03 
 
 
873 aa  972    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  60.59 
 
 
710 aa  884    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  59.78 
 
 
710 aa  885    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  55.35 
 
 
887 aa  940    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  57.16 
 
 
886 aa  969    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  55.35 
 
 
887 aa  940    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  63.51 
 
 
727 aa  925    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  39.3 
 
 
714 aa  474  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  39.76 
 
 
715 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  39.97 
 
 
715 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  39.33 
 
 
714 aa  460  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  39.17 
 
 
719 aa  459  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  35.88 
 
 
716 aa  439  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  37.25 
 
 
712 aa  438  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  35.44 
 
 
713 aa  430  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  33.9 
 
 
764 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  34.81 
 
 
764 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  34.21 
 
 
764 aa  415  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  36.75 
 
 
708 aa  413  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  33.99 
 
 
752 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  33.88 
 
 
787 aa  405  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  34.66 
 
 
788 aa  398  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  33.88 
 
 
749 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  33.52 
 
 
726 aa  379  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  33.11 
 
 
728 aa  371  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  32.38 
 
 
763 aa  368  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  31.19 
 
 
703 aa  341  2.9999999999999998e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  31.82 
 
 
687 aa  333  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  31.83 
 
 
715 aa  324  4e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  30.53 
 
 
743 aa  308  3e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  32.92 
 
 
681 aa  307  7e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  31.04 
 
 
692 aa  300  7e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  32.76 
 
 
704 aa  294  6e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  32.92 
 
 
705 aa  288  2e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  32.68 
 
 
701 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  32.1 
 
 
699 aa  275  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  30.64 
 
 
702 aa  271  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  29.07 
 
 
758 aa  264  6.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  41.89 
 
 
625 aa  260  9e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  28.57 
 
 
696 aa  236  9e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  31.67 
 
 
727 aa  214  7e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0662  hypothetical protein  48.85 
 
 
141 aa  122  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  26.91 
 
 
480 aa  94.7  7e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.12 
 
 
240 aa  93.6  1e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.18 
 
 
229 aa  85.1  0.000000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  30.53 
 
 
357 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  30.53 
 
 
357 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.53 
 
 
357 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.53 
 
 
357 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  30.53 
 
 
357 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30 
 
 
357 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.53 
 
 
357 aa  83.6  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  30.53 
 
 
357 aa  83.6  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  31.87 
 
 
431 aa  83.2  0.00000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.44 
 
 
233 aa  81.3  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30 
 
 
357 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  26.34 
 
 
277 aa  78.2  0.0000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  28.26 
 
 
233 aa  77.8  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.1 
 
 
444 aa  77  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.05 
 
 
368 aa  75.9  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.83 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1000  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.02 
 
 
321 aa  73.9  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0712  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.94 
 
 
325 aa  71.6  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000841077  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0630  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.07 
 
 
331 aa  70.9  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.17 
 
 
368 aa  70.5  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.78 
 
 
290 aa  70.9  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1206  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.34 
 
 
260 aa  69.3  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.76 
 
 
288 aa  68.6  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0718  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  31.74 
 
 
437 aa  68.2  0.0000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0616  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  28.71 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000698811  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1723  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  29.44 
 
 
299 aa  68.2  0.0000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1957  iron-sulfur cluster-binding protein  30.34 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.48 
 
 
181 aa  67.4  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.98 
 
 
351 aa  66.2  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  29.47 
 
 
334 aa  65.5  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.12 
 
 
347 aa  65.1  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  27.52 
 
 
572 aa  64.3  0.000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2067  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  27.23 
 
 
247 aa  64.3  0.000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.64 
 
 
591 aa  63.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3335  Iron-sulfur cluster-binding protein  30.64 
 
 
354 aa  62.8  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  26.86 
 
 
453 aa  62.8  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.14 
 
 
243 aa  62.4  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0126  iron-sulfur cluster-binding protein  30.9 
 
 
325 aa  62.4  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1052  iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
339 aa  62.4  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000925292  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1016  quinol dehydrogenase membrane component  26.48 
 
 
263 aa  62  0.00000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1973  riboflavin biosynthesis protein ribAB  24.23 
 
 
270 aa  62  0.00000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.220327  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1675  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.24 
 
 
282 aa  61.6  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  28 
 
 
480 aa  60.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0759  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  28.57 
 
 
356 aa  59.7  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.939096  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2462  putative ferredoxin-type protein NapH  26.73 
 
 
281 aa  59.7  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1930  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  27.78 
 
 
263 aa  59.7  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.019588  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  30.64 
 
 
389 aa  58.9  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>