174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1884 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  100 
 
 
715 aa  1467    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  64.71 
 
 
692 aa  897    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  62.32 
 
 
703 aa  910    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  37.24 
 
 
714 aa  483  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  37.07 
 
 
704 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  37.09 
 
 
701 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  36.92 
 
 
705 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  35.57 
 
 
714 aa  464  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  36.26 
 
 
715 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  36.94 
 
 
743 aa  458  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  36.46 
 
 
699 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  36.4 
 
 
715 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  36.7 
 
 
716 aa  436  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  36.56 
 
 
764 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  34.62 
 
 
764 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  36.26 
 
 
702 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  35.77 
 
 
712 aa  432  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  34.37 
 
 
787 aa  428  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  35.78 
 
 
713 aa  424  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  34.72 
 
 
764 aa  422  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  37.98 
 
 
719 aa  417  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  34.91 
 
 
749 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  32.88 
 
 
752 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  34.65 
 
 
708 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  34.46 
 
 
726 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  33.01 
 
 
758 aa  402  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  32.7 
 
 
788 aa  405  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  33.04 
 
 
763 aa  402  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  34.85 
 
 
696 aa  393  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  35.82 
 
 
727 aa  375  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  32.57 
 
 
710 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  33.48 
 
 
728 aa  367  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  32.26 
 
 
710 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  32.36 
 
 
713 aa  364  3e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  32.1 
 
 
710 aa  364  4e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  32.1 
 
 
710 aa  363  8e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  32.81 
 
 
687 aa  358  9.999999999999999e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  31.14 
 
 
681 aa  356  1e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  31.4 
 
 
886 aa  332  1e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  30.86 
 
 
873 aa  330  7e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  32.33 
 
 
884 aa  329  8e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  30.86 
 
 
873 aa  329  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  30.5 
 
 
727 aa  325  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  30.96 
 
 
872 aa  320  7.999999999999999e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  30.59 
 
 
872 aa  317  6e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  29.78 
 
 
887 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  29.78 
 
 
887 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  31.7 
 
 
897 aa  314  4.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  41.12 
 
 
625 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  35.29 
 
 
480 aa  98.2  5e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.88 
 
 
444 aa  83.2  0.00000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.5 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.94 
 
 
290 aa  73.9  0.000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.94 
 
 
591 aa  71.2  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.22 
 
 
524 aa  70.1  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.84 
 
 
229 aa  69.7  0.0000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.57 
 
 
233 aa  68.9  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  30.39 
 
 
453 aa  67.8  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  24.86 
 
 
572 aa  66.6  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  30.43 
 
 
233 aa  67  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  25.09 
 
 
357 aa  65.9  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  26.07 
 
 
373 aa  66.2  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1016  quinol dehydrogenase membrane component  30.16 
 
 
263 aa  66.2  0.000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.66 
 
 
357 aa  65.9  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  29.26 
 
 
389 aa  65.9  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  27.66 
 
 
357 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0694  FMN-binding domain protein  28.65 
 
 
391 aa  64.7  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.66 
 
 
357 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.66 
 
 
357 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  27.66 
 
 
357 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  27.66 
 
 
357 aa  64.3  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.66 
 
 
357 aa  64.3  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.42 
 
 
351 aa  64.3  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  26.87 
 
 
334 aa  64.3  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0698  FMN-binding domain protein  27.54 
 
 
360 aa  63.9  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.911747  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.66 
 
 
357 aa  63.9  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1718  quinol dehydrogenase membrane component  23.77 
 
 
261 aa  63.5  0.00000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1479  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  29.47 
 
 
397 aa  63.9  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00732489  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1596  transcriptional regulator, putative  31.58 
 
 
397 aa  63.2  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000252282  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.02 
 
 
233 aa  62.8  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  27.72 
 
 
480 aa  61.6  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1343  FMN-binding domain-containing protein  30 
 
 
397 aa  61.2  0.00000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000579258  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  28.16 
 
 
277 aa  60.5  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28 
 
 
243 aa  60.5  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1159  quinol dehydrogenase membrane component  27.59 
 
 
261 aa  60.5  0.0000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.239139  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  28.25 
 
 
335 aa  59.7  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07620  4Fe-4S protein  26.23 
 
 
292 aa  59.7  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.49628 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2600  quinol dehydrogenase membrane component  26.95 
 
 
289 aa  58.5  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.419201 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2441  quinol dehydrogenase membrane component  26.95 
 
 
289 aa  58.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.437001 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2497  quinol dehydrogenase membrane component  26.95 
 
 
289 aa  58.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.88 
 
 
368 aa  58.2  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0712  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.98 
 
 
325 aa  58.2  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000841077  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0832  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.93 
 
 
314 aa  57.8  0.0000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00148758  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0237  transcriptional regulator, putative  25.41 
 
 
406 aa  57.8  0.0000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.130282  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0642  Polyferredoxin-like protein  27.18 
 
 
290 aa  57.8  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000712923  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0803  quinol dehydrogenase membrane component  28.04 
 
 
259 aa  57.8  0.0000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113023  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001238  polyferredoxin NapH (periplasmic nitrate reductase)  29.2 
 
 
284 aa  57.8  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0873  quinol dehydrogenase membrane component  28.04 
 
 
259 aa  57.4  0.0000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0440  quinol dehydrogenase membrane component  24.35 
 
 
292 aa  57.4  0.0000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000255918  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.57 
 
 
347 aa  57  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>