177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0686 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  100 
 
 		 696 aa  1400    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  42.88 
 
 		 704 aa  483  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  42.58 
 
 		 705 aa  474  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  42.73 
 
 		 701 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  40.27 
 
 		 743 aa  467  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  40.97 
 
 		 699 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  43.3 
 
 		 702 aa  451  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  37.76 
 
 		 758 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  35.02 
 
 		 703 aa  389  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  41.01 
 
 		 727 aa  388  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  34.31 
 
 		 715 aa  379  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  32.01 
 
 		 714 aa  355  1e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  33.33 
 
 		 692 aa  354  4e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  33.71 
 
 		 715 aa  351  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  33.43 
 
 		 715 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  33.38 
 
 		 714 aa  340  5e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  31.19 
 
 		 708 aa  328  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  30.01 
 
 		 716 aa  323  8e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  32.88 
 
 		 712 aa  322  1.9999999999999998e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  30.63 
 
 		 719 aa  319  1e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  30.8 
 
 		 713 aa  311  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  29.45 
 
 		 726 aa  293  8e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  29.61 
 
 		 764 aa  291  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  28.7 
 
 		 764 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  28.16 
 
 		 787 aa  286  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  31.09 
 
 		 687 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  28.77 
 
 		 764 aa  281  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  28.43 
 
 		 752 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  27.17 
 
 		 788 aa  271  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  28.28 
 
 		 749 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  26.71 
 
 		 763 aa  263  6e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  28.61 
 
 		 728 aa  261  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  29.78 
 
 		 681 aa  254  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  29.41 
 
 		 710 aa  253  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  29.41 
 
 		 710 aa  252  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  29.41 
 
 		 710 aa  253  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  29.41 
 
 		 710 aa  252  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  28.51 
 
 		 713 aa  248  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  28.94 
 
 		 872 aa  243  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  28.51 
 
 		 872 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  29.1 
 
 		 897 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  28.57 
 
 		 884 aa  240  5.999999999999999e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  28.85 
 
 		 727 aa  238  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  28.16 
 
 		 887 aa  238  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  28.16 
 
 		 887 aa  238  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  41.1 
 
 		 625 aa  237  7e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  27.57 
 
 		 886 aa  233  8.000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  28.24 
 
 		 873 aa  232  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  27.82 
 
 		 873 aa  230  8e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  29.37 
 
 		 480 aa  93.6  1e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  27.65 
 
 		 572 aa  72.8  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1598  transcriptional regulator, putative  27.27 
 
 		 396 aa  70.5  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00672193  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  33.86 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.73 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1344  hypothetical protein  27.59 
 
 		 383 aa  68.6  0.0000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.024992  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1480  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  25.53 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  31.28 
 
 		 335 aa  67.4  0.0000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3153  iron-sulfur cluster-binding protein  31.19 
 
 		 335 aa  67  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.758597  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.74 
 
 		 444 aa  66.2  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1957  iron-sulfur cluster-binding protein  30.49 
 
 		 290 aa  65.9  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  26.87 
 
 		 334 aa  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.4 
 
 		 357 aa  65.9  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0712  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.52 
 
 		 325 aa  65.9  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000841077  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.81 
 
 		 357 aa  65.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.6 
 
 		 288 aa  65.1  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  27.81 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  27.81 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.81 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.81 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  27.81 
 
 		 357 aa  64.3  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  27.81 
 
 		 357 aa  63.9  0.000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.81 
 
 		 357 aa  63.9  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.48 
 
 		 240 aa  63.9  0.00000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0088  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.8 
 
 		 328 aa  63.2  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.24 
 
 		 334 aa  62  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  27.84 
 
 		 453 aa  61.6  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.37 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.22 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.81 
 
 		 368 aa  59.7  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0126  iron-sulfur cluster-binding protein  28.19 
 
 		 325 aa  59.7  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  30.18 
 
 		 480 aa  59.7  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.87 
 
 		 591 aa  59.7  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.89 
 
 		 233 aa  59.7  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.63 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28 
 
 		 356 aa  58.9  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.32 
 
 		 294 aa  58.5  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1000  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.6 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0621  quinol dehydrogenase membrane component  27.04 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0416  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.81 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  25.99 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0599  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.56 
 
 		 325 aa  57.4  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.856458  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1675  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.37 
 
 		 282 aa  56.2  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3335  Iron-sulfur cluster-binding protein  26.6 
 
 		 354 aa  56.6  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.31 
 
 		 243 aa  56.2  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  28.5 
 
 		 431 aa  56.2  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  30.11 
 
 		 233 aa  55.8  0.000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2067  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  27.84 
 
 		 247 aa  55.8  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1329  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.14 
 
 		 645 aa  55.5  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.2343  normal  0.019579 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0806  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.46 
 
 		 358 aa  55.5  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0103679  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0630  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.91 
 
 		 331 aa  55.8  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>