196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4060 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  90.62 
 
 		 872 aa  1566    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  68.56 
 
 		 727 aa  1018    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  54.87 
 
 		 710 aa  780    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  55.35 
 
 		 884 aa  938    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  55.01 
 
 		 710 aa  781    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  69.19 
 
 		 886 aa  1187    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  74 
 
 		 873 aa  1306    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  54.16 
 
 		 713 aa  771    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  76.61 
 
 		 897 aa  1384    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  87.56 
 
 		 872 aa  1489    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  100 
 
 		 887 aa  1810    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  100 
 
 		 887 aa  1810    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  73.64 
 
 		 873 aa  1303    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  54.72 
 
 		 710 aa  776    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  55.01 
 
 		 710 aa  781    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  37.91 
 
 		 715 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  38.8 
 
 		 715 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  36.13 
 
 		 719 aa  422  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  37.44 
 
 		 714 aa  422  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  38.05 
 
 		 712 aa  413  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  35.26 
 
 		 714 aa  405  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  34.86 
 
 		 716 aa  398  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  35.04 
 
 		 713 aa  397  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  35.84 
 
 		 764 aa  389  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  33.73 
 
 		 708 aa  385  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  34.78 
 
 		 764 aa  376  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  33.73 
 
 		 752 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  34.37 
 
 		 764 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  34.9 
 
 		 726 aa  365  2e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  33.29 
 
 		 749 aa  360  4e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  33.7 
 
 		 787 aa  358  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  33.24 
 
 		 788 aa  345  2.9999999999999997e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  33.64 
 
 		 728 aa  336  1e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  31.85 
 
 		 703 aa  325  3e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  33.19 
 
 		 763 aa  323  7e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  30.32 
 
 		 715 aa  310  6.999999999999999e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  32.32 
 
 		 687 aa  306  7e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  31.28 
 
 		 681 aa  287  5e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  29.91 
 
 		 692 aa  284  5.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  29.96 
 
 		 743 aa  275  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  30.65 
 
 		 701 aa  274  5.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  30.59 
 
 		 704 aa  271  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  30.75 
 
 		 705 aa  266  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  31.6 
 
 		 702 aa  263  8.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  30.43 
 
 		 699 aa  251  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  27.71 
 
 		 696 aa  244  6e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  26.93 
 
 		 758 aa  230  8e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  41.12 
 
 		 625 aa  229  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  30.77 
 
 		 727 aa  213  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0662  hypothetical protein  57.86 
 
 		 141 aa  152  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.34 
 
 		 229 aa  92.8  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.38 
 
 		 288 aa  90.5  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.77 
 
 		 240 aa  89.4  3e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  30.16 
 
 		 480 aa  87.8  9e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  29.15 
 
 		 277 aa  85.9  0.000000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.59 
 
 		 357 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0759  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  30.53 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.939096  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  29.53 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  29.18 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.53 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  25.59 
 
 		 357 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  29.53 
 
 		 357 aa  81.6  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.53 
 
 		 357 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  29.53 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.53 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.02 
 
 		 357 aa  81.3  0.00000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1052  iron-sulfur cluster-binding protein  28.89 
 
 		 339 aa  80.1  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000925292  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  31.18 
 
 		 233 aa  79.7  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.34 
 
 		 233 aa  80.1  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.11 
 
 		 356 aa  78.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.46 
 
 		 233 aa  78.2  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.84 
 
 		 444 aa  76.6  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  28.26 
 
 		 181 aa  76.3  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0810  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.47 
 
 		 356 aa  76.3  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.232624  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0089  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.88 
 
 		 285 aa  74.7  0.000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.194579  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  30.52 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0806  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.95 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0103679  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1957  iron-sulfur cluster-binding protein  30.45 
 
 		 290 aa  73.9  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.42 
 
 		 368 aa  73.9  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  30 
 
 		 431 aa  73.9  0.00000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.8 
 
 		 347 aa  73.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0712  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.93 
 
 		 325 aa  73.2  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000841077  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1000  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.09 
 
 		 321 aa  72.8  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30 
 
 		 368 aa  72  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.7 
 
 		 591 aa  72  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.39 
 
 		 290 aa  72  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  31.17 
 
 		 572 aa  70.1  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1070  ferredoxin  28.21 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699309  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0630  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.35 
 
 		 331 aa  67  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.43 
 
 		 294 aa  67  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0616  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  29.35 
 
 		 331 aa  67.4  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000698811  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.18 
 
 		 334 aa  67  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3153  iron-sulfur cluster-binding protein  29.15 
 
 		 335 aa  66.6  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.758597  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1973  riboflavin biosynthesis protein ribAB  25.13 
 
 		 270 aa  67  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.220327  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.37 
 
 		 351 aa  66.6  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1904  iron-sulfur cluster-binding protein  28.88 
 
 		 346 aa  66.2  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000493805  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3015  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.09 
 
 		 350 aa  66.2  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  30.92 
 
 		 453 aa  65.9  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0294  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.19 
 
 		 404 aa  65.1  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000637603 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0088  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.27 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>