More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_881 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  100 
 
 
480 aa  981    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.64 
 
 
290 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  30.69 
 
 
681 aa  114  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  33.2 
 
 
703 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.18 
 
 
444 aa  111  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  28.13 
 
 
687 aa  109  8.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  32.89 
 
 
233 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.16 
 
 
240 aa  105  1e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.19 
 
 
233 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  29.61 
 
 
701 aa  104  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  27.39 
 
 
873 aa  104  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  26.75 
 
 
873 aa  104  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  30 
 
 
714 aa  100  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  33.48 
 
 
692 aa  99.8  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  33.47 
 
 
277 aa  96.3  1e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.25 
 
 
233 aa  95.5  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  31.46 
 
 
727 aa  94.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  28.68 
 
 
715 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  30.23 
 
 
704 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  34.78 
 
 
788 aa  94.4  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  29.95 
 
 
714 aa  94  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  29.53 
 
 
764 aa  94  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  29.15 
 
 
715 aa  94  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  28.63 
 
 
886 aa  94  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  28.52 
 
 
708 aa  94  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.83 
 
 
591 aa  93.6  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  34.78 
 
 
787 aa  93.6  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  27.7 
 
 
726 aa  93.2  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  26.51 
 
 
764 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  34.78 
 
 
763 aa  93.2  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  33.16 
 
 
696 aa  92.4  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  28.93 
 
 
719 aa  92.4  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  30.5 
 
 
764 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1675  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.39 
 
 
282 aa  92  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  32.69 
 
 
713 aa  91.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  32.02 
 
 
712 aa  91.7  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  32.34 
 
 
749 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  26.56 
 
 
884 aa  89.7  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  31.09 
 
 
705 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  30.32 
 
 
872 aa  89.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  30.32 
 
 
872 aa  89  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  32.78 
 
 
710 aa  88.6  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  25.88 
 
 
743 aa  89  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  34.27 
 
 
710 aa  89  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  30.9 
 
 
713 aa  88.6  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  31.67 
 
 
431 aa  89  2e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  32.78 
 
 
710 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  32.78 
 
 
710 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  31.02 
 
 
897 aa  88.6  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1742  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.83 
 
 
298 aa  87.8  4e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.463173  normal  0.0170059 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.93 
 
 
288 aa  87.4  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  27.78 
 
 
728 aa  87  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  30.32 
 
 
887 aa  87  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  30.32 
 
 
887 aa  87  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  31.55 
 
 
625 aa  86.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  29.41 
 
 
752 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0897  hypothetical protein  72.73 
 
 
55 aa  86.3  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0962  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.71 
 
 
588 aa  85.1  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  28.62 
 
 
699 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07620  4Fe-4S protein  27.08 
 
 
292 aa  84  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.49628 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.97 
 
 
294 aa  83.6  0.000000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0088  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.06 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  30.81 
 
 
716 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  28.4 
 
 
758 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  35.29 
 
 
715 aa  81.6  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.35 
 
 
357 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3959  quinol dehydrogenase membrane component  29.44 
 
 
302 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.041404 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.96 
 
 
368 aa  80.5  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  29.24 
 
 
480 aa  80.5  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  29.95 
 
 
357 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  29.95 
 
 
357 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.95 
 
 
357 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.95 
 
 
357 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.47 
 
 
357 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.57 
 
 
229 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  32.72 
 
 
702 aa  78.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.95 
 
 
357 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  29.95 
 
 
357 aa  79  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.93 
 
 
368 aa  79  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  29.35 
 
 
357 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.1 
 
 
524 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1973  riboflavin biosynthesis protein ribAB  28.57 
 
 
270 aa  77.4  0.0000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.220327  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  29.15 
 
 
334 aa  77  0.0000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  32.18 
 
 
453 aa  76.6  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0621  quinol dehydrogenase membrane component  25.71 
 
 
298 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0347  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25 
 
 
507 aa  74.7  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.326177  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1206  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.56 
 
 
260 aa  74.3  0.000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0712  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.75 
 
 
325 aa  73.6  0.000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000841077  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30 
 
 
334 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0774  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.61 
 
 
300 aa  73.2  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00763219  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1058  ferredoxin-type protein, NapH/MauN family  28.7 
 
 
272 aa  72  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  29.7 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1070  ferredoxin  24.45 
 
 
417 aa  72  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699309  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1016  quinol dehydrogenase membrane component  29.1 
 
 
263 aa  71.6  0.00000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0446  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  26.13 
 
 
298 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1159  quinol dehydrogenase membrane component  28.74 
 
 
261 aa  71.6  0.00000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.239139  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1789  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.73 
 
 
273 aa  71.2  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0440  quinol dehydrogenase membrane component  28.93 
 
 
292 aa  70.9  0.00000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000255918  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2985  quinol dehydrogenase membrane component  24.74 
 
 
303 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.08 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>