190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2350 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  68.99 
 
 
749 aa  1041    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  62.35 
 
 
787 aa  945    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  50.07 
 
 
728 aa  682    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  74.7 
 
 
752 aa  1148    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  72.7 
 
 
764 aa  1123    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  52.34 
 
 
726 aa  733    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  44.66 
 
 
714 aa  648    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  67.41 
 
 
764 aa  1046    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  58.85 
 
 
763 aa  890    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  61.45 
 
 
788 aa  940    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  100 
 
 
764 aa  1545    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  44.52 
 
 
714 aa  632  1e-180  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  45.53 
 
 
715 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  46.14 
 
 
715 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  46.53 
 
 
712 aa  594  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  43.38 
 
 
719 aa  580  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  43.3 
 
 
708 aa  582  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  43.46 
 
 
716 aa  568  1e-160  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  42.59 
 
 
713 aa  566  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  40.51 
 
 
687 aa  494  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  40.39 
 
 
681 aa  453  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  37.55 
 
 
713 aa  449  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  37.8 
 
 
710 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  37.94 
 
 
710 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  37.94 
 
 
710 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  38.08 
 
 
710 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  36.86 
 
 
715 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  34.34 
 
 
884 aa  410  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  34.61 
 
 
873 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  34.75 
 
 
873 aa  404  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  34.52 
 
 
886 aa  401  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  35.59 
 
 
727 aa  395  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  35.49 
 
 
692 aa  388  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  33.82 
 
 
703 aa  389  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  36.27 
 
 
872 aa  379  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  33.61 
 
 
743 aa  375  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  35.76 
 
 
887 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  35.76 
 
 
887 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  33.7 
 
 
872 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  32.91 
 
 
897 aa  365  2e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  33.84 
 
 
704 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  33.62 
 
 
705 aa  353  5e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  32.82 
 
 
701 aa  342  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  49.09 
 
 
625 aa  340  5e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  33.09 
 
 
699 aa  335  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  32.53 
 
 
702 aa  312  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  29.32 
 
 
758 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  33.53 
 
 
727 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  28.7 
 
 
696 aa  261  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  28.95 
 
 
480 aa  94.7  6e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  29.63 
 
 
357 aa  87.8  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  29.63 
 
 
357 aa  87.8  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.63 
 
 
357 aa  87.8  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.63 
 
 
357 aa  87.8  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.63 
 
 
357 aa  87.8  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.63 
 
 
357 aa  87.4  9e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.63 
 
 
357 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  29.63 
 
 
357 aa  86.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.73 
 
 
444 aa  85.1  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  29.63 
 
 
357 aa  84.7  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.57 
 
 
290 aa  82  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31 
 
 
240 aa  80.5  0.0000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1737  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.71 
 
 
273 aa  78.6  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.176539  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.15 
 
 
229 aa  78.6  0.0000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  31.22 
 
 
389 aa  75.9  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.22 
 
 
243 aa  75.5  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.63 
 
 
368 aa  74.3  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  28.96 
 
 
233 aa  73.6  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.82 
 
 
356 aa  73.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.45 
 
 
368 aa  72.8  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28 
 
 
233 aa  72.8  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  30 
 
 
334 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3015  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  27.88 
 
 
350 aa  67.8  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1279  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.32 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0806  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.93 
 
 
358 aa  67.8  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0103679  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0810  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.23 
 
 
356 aa  67.4  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.232624  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0759  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  27.16 
 
 
356 aa  67  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.939096  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  27.23 
 
 
181 aa  67  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1409  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  30.64 
 
 
257 aa  66.2  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1480  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  30.88 
 
 
399 aa  66.6  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0294  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.97 
 
 
404 aa  65.5  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000637603 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.11 
 
 
233 aa  64.3  0.000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  29.84 
 
 
453 aa  63.9  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1598  transcriptional regulator, putative  30.69 
 
 
396 aa  63.2  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00672193  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  23.79 
 
 
591 aa  63.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0616  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  28.97 
 
 
331 aa  62.8  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000698811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.38 
 
 
351 aa  63.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3549  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.57 
 
 
404 aa  62.4  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  27.55 
 
 
431 aa  62  0.00000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  28.4 
 
 
373 aa  61.6  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1596  transcriptional regulator, putative  29.07 
 
 
397 aa  61.2  0.00000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000252282  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30 
 
 
347 aa  61.2  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0440  quinol dehydrogenase membrane component  25.54 
 
 
292 aa  61.6  0.00000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000255918  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1479  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  29.89 
 
 
397 aa  61.2  0.00000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00732489  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1785  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.15 
 
 
307 aa  60.1  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0630  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.97 
 
 
331 aa  60.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0416  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.35 
 
 
404 aa  60.5  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1344  hypothetical protein  28.44 
 
 
383 aa  60.1  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.024992  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  27.75 
 
 
480 aa  60.1  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  27.57 
 
 
860 aa  60.1  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>