187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6246 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  100 
 
 
702 aa  1396    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  61.81 
 
 
743 aa  817    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  49.12 
 
 
704 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  49.12 
 
 
701 aa  600  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  49.27 
 
 
699 aa  597  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  48.97 
 
 
705 aa  592  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  51.73 
 
 
727 aa  537  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  42.33 
 
 
758 aa  535  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  38.36 
 
 
703 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  43.68 
 
 
696 aa  480  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  39.34 
 
 
714 aa  461  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  37.82 
 
 
716 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  36.4 
 
 
715 aa  452  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  37.63 
 
 
719 aa  439  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  36.64 
 
 
714 aa  437  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  34.83 
 
 
692 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  36.36 
 
 
713 aa  429  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  37.34 
 
 
715 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  34.1 
 
 
708 aa  417  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  37.3 
 
 
712 aa  414  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  37.03 
 
 
715 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  34.53 
 
 
726 aa  363  5.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  33.29 
 
 
764 aa  359  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  32.06 
 
 
764 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  32.63 
 
 
764 aa  341  2e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  34.85 
 
 
728 aa  335  2e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  33.38 
 
 
710 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  33.38 
 
 
710 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  33.38 
 
 
710 aa  332  2e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  33.38 
 
 
710 aa  332  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  31.74 
 
 
713 aa  330  7e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  33.14 
 
 
687 aa  329  9e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  32.17 
 
 
749 aa  327  6e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  31.15 
 
 
752 aa  325  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  31.82 
 
 
787 aa  322  9.999999999999999e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  31.65 
 
 
727 aa  318  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  32.34 
 
 
886 aa  318  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  31.57 
 
 
788 aa  316  9e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  32.88 
 
 
681 aa  300  4e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  30.22 
 
 
763 aa  296  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  31.19 
 
 
873 aa  295  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  31.04 
 
 
873 aa  293  9e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  30.94 
 
 
872 aa  289  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  31.1 
 
 
884 aa  288  2e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  31.34 
 
 
887 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  31.34 
 
 
887 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  30.98 
 
 
897 aa  275  3e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  31.96 
 
 
872 aa  272  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  44.14 
 
 
625 aa  250  8e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  29.24 
 
 
480 aa  90.1  1e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.87 
 
 
444 aa  77  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0712  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.35 
 
 
325 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000841077  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.35 
 
 
240 aa  73.6  0.00000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.41 
 
 
591 aa  72.8  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.91 
 
 
357 aa  71.2  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  31.91 
 
 
357 aa  70.9  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  31.91 
 
 
357 aa  70.9  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.91 
 
 
357 aa  70.9  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.91 
 
 
357 aa  70.9  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  28.19 
 
 
389 aa  70.9  0.00000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.38 
 
 
357 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  31.91 
 
 
357 aa  70.5  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  31.91 
 
 
357 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.91 
 
 
357 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.83 
 
 
347 aa  68.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.89 
 
 
294 aa  68.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.27 
 
 
229 aa  68.6  0.0000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.1 
 
 
290 aa  68.2  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  26.42 
 
 
453 aa  66.6  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1206  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.64 
 
 
260 aa  66.2  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0347  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.27 
 
 
507 aa  65.1  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.326177  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.18 
 
 
351 aa  65.1  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1957  iron-sulfur cluster-binding protein  30 
 
 
290 aa  64.7  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  26.25 
 
 
277 aa  64.3  0.000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.9 
 
 
356 aa  63.9  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  26.84 
 
 
335 aa  63.2  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.03 
 
 
368 aa  62.8  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4007  quinol dehydrogenase membrane component  27.74 
 
 
311 aa  62.8  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.31 
 
 
334 aa  63.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  28.65 
 
 
334 aa  62  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.25 
 
 
243 aa  62.4  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.08 
 
 
368 aa  61.6  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0630  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.67 
 
 
331 aa  61.2  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0088  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.94 
 
 
328 aa  60.8  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1329  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.16 
 
 
645 aa  60.8  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.2343  normal  0.019579 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0726  ferredoxin-type protein, NapH/MauN family  28.76 
 
 
279 aa  60.8  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000359603  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1904  iron-sulfur cluster-binding protein  28.82 
 
 
346 aa  60.1  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000493805  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  30.34 
 
 
233 aa  58.9  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1789  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.91 
 
 
273 aa  59.3  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3153  iron-sulfur cluster-binding protein  29.2 
 
 
335 aa  58.5  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.758597  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07620  4Fe-4S protein  30.23 
 
 
292 aa  58.5  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.49628 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0616  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  24.23 
 
 
331 aa  58.2  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000698811  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.17 
 
 
233 aa  58.2  0.0000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0556  ferredoxin-type protein, NapH/MauN family  29.63 
 
 
287 aa  57.8  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.59 
 
 
288 aa  57.8  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0440  quinol dehydrogenase membrane component  26.15 
 
 
292 aa  57.8  0.0000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000255918  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0810  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.52 
 
 
356 aa  57  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.232624  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1516  quinol dehydrogenase membrane component  25.68 
 
 
275 aa  57  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000106423  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0416  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.77 
 
 
404 aa  57  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0751  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.04 
 
 
328 aa  56.6  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0839232  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>