212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4220 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  51.19 
 
 		 764 aa  738    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  50.07 
 
 		 787 aa  687    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  52.47 
 
 		 749 aa  704    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  73.34 
 
 		 728 aa  1021    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  49.93 
 
 		 752 aa  686    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  52.51 
 
 		 764 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  100 
 
 		 726 aa  1474    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  51.15 
 
 		 788 aa  707    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  51.31 
 
 		 764 aa  718    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  48.06 
 
 		 763 aa  643    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  43.64 
 
 		 714 aa  604  1.0000000000000001e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  44.09 
 
 		 714 aa  587  1e-166  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  45.98 
 
 		 715 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  45.24 
 
 		 715 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  42.75 
 
 		 716 aa  569  1e-161  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  43.38 
 
 		 719 aa  560  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  44.87 
 
 		 712 aa  556  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  41.34 
 
 		 713 aa  551  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  42.65 
 
 		 708 aa  545  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  42.88 
 
 		 687 aa  511  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  40.09 
 
 		 681 aa  473  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  36.78 
 
 		 710 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  36.38 
 
 		 713 aa  403  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  36.78 
 
 		 710 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  36.65 
 
 		 710 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  36.65 
 
 		 710 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  35.37 
 
 		 703 aa  395  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  34.61 
 
 		 715 aa  392  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  34.38 
 
 		 692 aa  387  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  36.15 
 
 		 743 aa  384  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  33.95 
 
 		 884 aa  374  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  35.11 
 
 		 886 aa  364  3e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  34.94 
 
 		 873 aa  363  7.0000000000000005e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  34.79 
 
 		 873 aa  361  2e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  36.51 
 
 		 704 aa  359  9e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  35.87 
 
 		 872 aa  358  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  34.08 
 
 		 727 aa  358  2.9999999999999997e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  36.46 
 
 		 701 aa  355  2e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  36.39 
 
 		 699 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  35.04 
 
 		 887 aa  353  8e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  35.04 
 
 		 887 aa  353  8e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  36.66 
 
 		 705 aa  353  8e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  35.19 
 
 		 872 aa  348  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  35.16 
 
 		 897 aa  343  7e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  35.72 
 
 		 702 aa  340  5e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  31.65 
 
 		 758 aa  330  6e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  48.24 
 
 		 625 aa  318  2e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  29.64 
 
 		 696 aa  292  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  35.36 
 
 		 727 aa  275  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  27.7 
 
 		 480 aa  94.4  7e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  30.93 
 
 		 357 aa  88.2  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  30.93 
 
 		 357 aa  88.2  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.93 
 
 		 357 aa  88.2  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.93 
 
 		 357 aa  88.2  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.09 
 
 		 240 aa  88.2  5e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.93 
 
 		 357 aa  88.2  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.93 
 
 		 357 aa  87.8  6e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  30.93 
 
 		 357 aa  87.8  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.93 
 
 		 357 aa  87.8  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  30.93 
 
 		 357 aa  87.4  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.17 
 
 		 444 aa  85.9  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.65 
 
 		 229 aa  82.8  0.00000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 356 aa  77.8  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.54 
 
 		 243 aa  76.6  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.44 
 
 		 368 aa  77  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.87 
 
 		 368 aa  76.3  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0810  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.32 
 
 		 356 aa  72  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.232624  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  30.6 
 
 		 389 aa  72  0.00000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  26.9 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0806  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.8 
 
 		 358 aa  71.6  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0103679  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  29.22 
 
 		 373 aa  71.6  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  27.43 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  29.44 
 
 		 453 aa  70.5  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.43 
 
 		 233 aa  70.1  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.82 
 
 		 290 aa  70.5  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0698  FMN-binding domain protein  22.97 
 
 		 360 aa  70.1  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.911747  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0694  FMN-binding domain protein  27.62 
 
 		 391 aa  68.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1279  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.57 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.8 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1596  transcriptional regulator, putative  30.21 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000252282  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1479  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  29.69 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00732489  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3015  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  28.82 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0759  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  28.49 
 
 		 356 aa  67.4  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.939096  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  28.02 
 
 		 431 aa  67  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0630  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.75 
 
 		 331 aa  67  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1737  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.57 
 
 		 273 aa  66.6  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.176539  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1343  FMN-binding domain-containing protein  30.73 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000579258  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.34 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0616  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  26.64 
 
 		 331 aa  65.1  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000698811  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.97 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.4 
 
 		 591 aa  64.3  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  24.35 
 
 		 181 aa  63.5  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1623  membrane bound regulatory protein, putative  33.33 
 
 		 396 aa  63.2  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1904  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  28.57 
 
 		 228 aa  62  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000083594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1527  nitrogen assimilation regulatory protein  29.53 
 
 		 838 aa  61.6  0.00000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360333 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1058  ferredoxin-type protein, NapH/MauN family  29.44 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3549  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.82 
 
 		 404 aa  61.2  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1785  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.14 
 
 		 307 aa  60.1  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0599  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.6 
 
 		 325 aa  60.5  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.856458  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.48 
 
 		 334 aa  60.1  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>