172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0078 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  100 
 
 
625 aa  1252    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  59.34 
 
 
714 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  57.19 
 
 
714 aa  409  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  62.26 
 
 
712 aa  399  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  58.64 
 
 
715 aa  385  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  57.97 
 
 
715 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  49.54 
 
 
716 aa  357  5e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  53.08 
 
 
708 aa  353  7e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  49.37 
 
 
764 aa  350  6e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  50.66 
 
 
764 aa  347  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  48.02 
 
 
764 aa  346  7e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  51.86 
 
 
719 aa  344  4e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  45.93 
 
 
749 aa  343  7e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  44.47 
 
 
752 aa  339  9e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
713 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  45.71 
 
 
787 aa  335  1e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  45.4 
 
 
763 aa  333  4e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  48.51 
 
 
726 aa  322  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  45.02 
 
 
788 aa  320  7e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  47.52 
 
 
687 aa  308  3e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
681 aa  304  4.0000000000000003e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  49.48 
 
 
728 aa  300  4e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  46.46 
 
 
743 aa  275  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  44.26 
 
 
703 aa  271  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  38.12 
 
 
758 aa  263  6e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  39.94 
 
 
699 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  42.94 
 
 
692 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  42.77 
 
 
884 aa  250  6e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  41.64 
 
 
713 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  41.97 
 
 
710 aa  244  5e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  41.97 
 
 
710 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  41.12 
 
 
715 aa  243  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  41.97 
 
 
710 aa  243  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  41.64 
 
 
710 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  41.3 
 
 
704 aa  241  4e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  44.14 
 
 
702 aa  237  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  41.3 
 
 
705 aa  237  4e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  45.6 
 
 
696 aa  236  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  40.61 
 
 
701 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  40.13 
 
 
873 aa  234  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  39.81 
 
 
873 aa  232  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  41.48 
 
 
727 aa  232  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  40.92 
 
 
886 aa  229  8e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  40.44 
 
 
872 aa  220  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  39.87 
 
 
897 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  41.04 
 
 
872 aa  217  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  41.12 
 
 
887 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  41.12 
 
 
887 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  43.29 
 
 
727 aa  169  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  27.05 
 
 
480 aa  89.7  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.59 
 
 
290 aa  77.4  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.1 
 
 
444 aa  75.5  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.7 
 
 
368 aa  73.2  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.27 
 
 
357 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  31.1 
 
 
453 aa  70.1  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  27.27 
 
 
357 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  27.27 
 
 
357 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.76 
 
 
368 aa  69.3  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.27 
 
 
357 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.27 
 
 
357 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.27 
 
 
357 aa  68.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  27.27 
 
 
357 aa  68.6  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.27 
 
 
357 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  27.27 
 
 
357 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.17 
 
 
229 aa  67  0.0000000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  25.14 
 
 
334 aa  67  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.28 
 
 
240 aa  65.9  0.000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  26.72 
 
 
572 aa  65.5  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  30.26 
 
 
480 aa  65.5  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.25 
 
 
356 aa  65.1  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  27.05 
 
 
389 aa  63.9  0.000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1973  riboflavin biosynthesis protein ribAB  28.72 
 
 
270 aa  63.5  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.220327  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1070  ferredoxin  28.16 
 
 
417 aa  63.2  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699309  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.65 
 
 
347 aa  61.6  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  25.1 
 
 
373 aa  60.8  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.32 
 
 
334 aa  60.5  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.84 
 
 
351 aa  60.5  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  26.6 
 
 
335 aa  59.7  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2869  FMN-binding domain protein  26.42 
 
 
382 aa  60.1  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00242086  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3015  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  28.21 
 
 
350 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.88 
 
 
591 aa  59.3  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.46 
 
 
233 aa  57.8  0.0000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0698  FMN-binding domain protein  22.68 
 
 
360 aa  56.6  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.911747  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2339  FMN-binding domain protein  30.13 
 
 
638 aa  57  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.02 
 
 
233 aa  57  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0294  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.54 
 
 
404 aa  56.6  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000637603 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0810  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.41 
 
 
356 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.232624  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0347  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  22.13 
 
 
507 aa  56.2  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.326177  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  26.46 
 
 
233 aa  56.2  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.83 
 
 
524 aa  56.2  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0773  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.71 
 
 
404 aa  54.7  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3549  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.54 
 
 
404 aa  54.7  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1058  ferredoxin-type protein, NapH/MauN family  26.94 
 
 
272 aa  53.9  0.000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1598  transcriptional regulator, putative  28.16 
 
 
396 aa  53.5  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00672193  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0759  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  23.46 
 
 
356 aa  53.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.939096  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1723  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  25.32 
 
 
299 aa  53.5  0.00001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1480  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  26.57 
 
 
399 aa  53.1  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3153  iron-sulfur cluster-binding protein  26.8 
 
 
335 aa  52.8  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.758597  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0630  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.84 
 
 
331 aa  52.8  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1329  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.04 
 
 
645 aa  52.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.2343  normal  0.019579 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>