158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3181 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  61.56 
 
 
681 aa  746    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  100 
 
 
687 aa  1374    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
726 aa  509  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  40.22 
 
 
714 aa  490  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  40.36 
 
 
764 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  40.71 
 
 
752 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  39.75 
 
 
764 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  40.21 
 
 
764 aa  482  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  41.04 
 
 
749 aa  480  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  38.06 
 
 
714 aa  470  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  42.09 
 
 
728 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  39.35 
 
 
715 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  39.2 
 
 
715 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  38.98 
 
 
788 aa  462  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  37.81 
 
 
787 aa  458  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  39.29 
 
 
712 aa  451  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  37 
 
 
763 aa  434  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  34.74 
 
 
719 aa  428  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  34.29 
 
 
708 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  35.64 
 
 
716 aa  420  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  34.91 
 
 
713 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  36.17 
 
 
703 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  35.96 
 
 
710 aa  362  1e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  35.96 
 
 
710 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  35.96 
 
 
710 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  35.8 
 
 
710 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  34.59 
 
 
692 aa  359  9e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  35.59 
 
 
713 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  35.38 
 
 
699 aa  353  7e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  34.56 
 
 
704 aa  350  6e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  34.69 
 
 
705 aa  350  7e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  34.69 
 
 
701 aa  349  9e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  34.12 
 
 
886 aa  334  3e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  32.81 
 
 
715 aa  333  7.000000000000001e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  31.82 
 
 
884 aa  318  3e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  34.16 
 
 
873 aa  316  9.999999999999999e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  33.23 
 
 
727 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  34.01 
 
 
873 aa  315  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  31.39 
 
 
743 aa  311  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  33.28 
 
 
702 aa  306  9.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  47.52 
 
 
625 aa  303  9e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  32.14 
 
 
872 aa  296  7e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  29.14 
 
 
758 aa  292  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  32.54 
 
 
872 aa  288  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  32.38 
 
 
887 aa  286  7e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  32.38 
 
 
887 aa  286  7e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  32.11 
 
 
897 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  31.09 
 
 
696 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  33.84 
 
 
727 aa  267  4e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  28.13 
 
 
480 aa  110  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.69 
 
 
290 aa  90.9  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.29 
 
 
444 aa  88.6  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  25.74 
 
 
357 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.74 
 
 
357 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  25.74 
 
 
357 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.74 
 
 
357 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.74 
 
 
357 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  30.91 
 
 
233 aa  79  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.74 
 
 
357 aa  78.2  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.67 
 
 
233 aa  77.4  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.46 
 
 
240 aa  77  0.0000000000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  25.74 
 
 
357 aa  77  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  26.05 
 
 
357 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.74 
 
 
357 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.16 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.62 
 
 
229 aa  73.6  0.00000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.73 
 
 
368 aa  73.6  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.22 
 
 
368 aa  72  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  33.51 
 
 
453 aa  72.4  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0694  FMN-binding domain protein  33.57 
 
 
391 aa  70.1  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  28.46 
 
 
334 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.4 
 
 
591 aa  69.3  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_002950  PG1623  membrane bound regulatory protein, putative  29.87 
 
 
396 aa  67.4  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  28.16 
 
 
373 aa  66.6  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1329  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  44.3 
 
 
645 aa  65.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.2343  normal  0.019579 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.69 
 
 
356 aa  66.6  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1409  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  31.52 
 
 
257 aa  65.9  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.36 
 
 
334 aa  65.1  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  30.85 
 
 
277 aa  64.3  0.000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1723  NapH/MauN family ferredoxin-type protein  28.28 
 
 
299 aa  64.7  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0806  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.09 
 
 
358 aa  63.9  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0103679  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3015  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  25 
 
 
350 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0810  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.6 
 
 
356 aa  62.4  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.232624  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0237  transcriptional regulator, putative  32.26 
 
 
406 aa  62  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.130282  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0759  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  25.87 
 
 
356 aa  61.6  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.939096  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0601  aminoglycoside phosphotransferase-like protein  30.77 
 
 
431 aa  61.6  0.00000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0545044 
 
 
-
 
NC_002936  DET1598  transcriptional regulator, putative  29.45 
 
 
396 aa  61.2  0.00000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00672193  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1344  hypothetical protein  30.07 
 
 
383 aa  60.8  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.024992  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 
572 aa  60.1  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0599  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.09 
 
 
325 aa  60.5  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.856458  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1480  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  28.11 
 
 
399 aa  60.1  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2067  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.02 
 
 
247 aa  59.7  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.55 
 
 
243 aa  59.3  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1343  FMN-binding domain-containing protein  24.86 
 
 
397 aa  59.3  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000579258  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1973  riboflavin biosynthesis protein ribAB  25.26 
 
 
270 aa  59.7  0.0000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.220327  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.11 
 
 
294 aa  59.7  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  26.23 
 
 
181 aa  59.3  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2107  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.02 
 
 
504 aa  58.5  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.13 
 
 
351 aa  58.5  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1904  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  27.27 
 
 
228 aa  58.2  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000083594  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>