246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1061 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1061  hypothetical protein  100 
 
 
203 aa  416  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4574  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  68.66 
 
 
990 aa  292  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0207313 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4204  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  68.16 
 
 
990 aa  290  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0106272  normal  0.500842 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4721  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  67 
 
 
990 aa  285  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00766177 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2905  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  65 
 
 
995 aa  278  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129344  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3485  FAD linked oxidase domain-containing protein  63.68 
 
 
983 aa  256  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.5618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2768  FAD linked oxidase domain protein  64.5 
 
 
974 aa  251  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3402  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.5 
 
 
989 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6956  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  53.5 
 
 
1007 aa  221  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3025  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  53 
 
 
1038 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.473379 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4256  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  55.22 
 
 
1005 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5632  D-lactate dehydrogenase  56 
 
 
1007 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5731  D-lactate dehydrogenase / anaerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  50.74 
 
 
984 aa  212  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2904  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  52.76 
 
 
1025 aa  204  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.83736  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3324  D-lactate dehydrogenase  52.02 
 
 
973 aa  201  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0287  ferredoxin, 4Fe-4S  50 
 
 
420 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2755  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  51.98 
 
 
1046 aa  197  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.433377  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0600  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.96 
 
 
1025 aa  193  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1163  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  50.99 
 
 
961 aa  190  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.25056  normal  0.360544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3054  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  49.25 
 
 
1032 aa  189  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.267975 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0072  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  46 
 
 
446 aa  184  8e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.49786 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0560  FAD linked oxidase domain-containing protein  42.57 
 
 
976 aa  168  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.389138  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2720  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.23 
 
 
491 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107031  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3858  FAD linked oxidase domain-containing protein  41.67 
 
 
978 aa  164  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.738511  hitchhiker  0.000383652 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4649  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.5 
 
 
1034 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03450  hypothetical protein  43.5 
 
 
451 aa  158  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0525877  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3429  oxidoreductase  38.69 
 
 
975 aa  155  4e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2130  FAD linked oxidase domain protein  40.5 
 
 
973 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0843  FAD linked oxidase domain-containing protein  39 
 
 
1011 aa  146  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.505983 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3155  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.13 
 
 
983 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2375  FAD linked oxidase-like protein  42.13 
 
 
952 aa  143  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1924  FAD linked oxidase-like  38.24 
 
 
967 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3126  FAD linked oxidase domain-containing protein  41.58 
 
 
962 aa  139  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3077  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36 
 
 
991 aa  137  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2720  FAD linked oxidase-like protein  37.31 
 
 
1024 aa  135  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2417  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35 
 
 
977 aa  134  9e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5063  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38 
 
 
1009 aa  134  9e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.424632  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2125  FAD linked oxidase domain protein  39.11 
 
 
1015 aa  132  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11033  FAD linked oxidase-like protein  34.48 
 
 
967 aa  125  3e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2129  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.5 
 
 
968 aa  126  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702869  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4811  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.5 
 
 
971 aa  125  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4803  FAD linked oxidase domain protein  39.02 
 
 
976 aa  125  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0764  FAD linked oxidase domain protein  36.82 
 
 
987 aa  124  8.000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0626  hypothetical protein  38.17 
 
 
930 aa  121  8e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4725  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.66 
 
 
976 aa  120  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.881602  hitchhiker  0.000909988 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1074  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.41 
 
 
1022 aa  115  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.899734  decreased coverage  0.000498092 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0464  hypothetical protein  34.98 
 
 
984 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6755  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.9 
 
 
999 aa  115  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0289  FAD linked oxidase domain protein  36.82 
 
 
976 aa  114  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0862  FAD linked oxidase domain protein  37.37 
 
 
1050 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.961575  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2770  putative FAD-dependent oxidoreductase  35.71 
 
 
999 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1983  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.66 
 
 
1031 aa  113  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08570  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  35.44 
 
 
945 aa  112  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.695725  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1181  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.1 
 
 
1037 aa  111  7.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.998854 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0858  FAD linked oxidase domain protein  36.87 
 
 
1052 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4859  FAD linked oxidase domain protein  32.97 
 
 
1043 aa  108  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0821468  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0810  hypothetical protein  36.36 
 
 
1050 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4174  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.41 
 
 
1000 aa  106  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.57181  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2991  FAD linked oxidase-like  33.17 
 
 
1013 aa  105  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.207062 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1787  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.85 
 
 
948 aa  103  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4442  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding:FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  32 
 
 
966 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2117  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.57 
 
 
973 aa  99.4  3e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.715118  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5581  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.53 
 
 
1050 aa  96.3  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.136848  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3764  FAD linked oxidase domain protein  33.98 
 
 
1070 aa  96.3  3e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0200676  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0202  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  32.5 
 
 
399 aa  95.5  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0158986 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0957  FAD linked oxidase domain-containing protein  32.5 
 
 
950 aa  95.9  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2438  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.85 
 
 
1015 aa  95.5  5e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.944739  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2844  putative oxidoreductase  35.36 
 
 
949 aa  93.6  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.788098  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0725  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.79 
 
 
906 aa  93.6  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4130  FAD linked oxidase domain protein  34.83 
 
 
975 aa  92.8  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419398  normal  0.98348 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2940  FAD linked oxidase domain protein  34.24 
 
 
1055 aa  92.8  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0962  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.17 
 
 
1006 aa  91.7  7e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108577  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32250  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  32.45 
 
 
974 aa  89.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.545256 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1416  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, C subunit  31.34 
 
 
396 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403336  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3380  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  31.34 
 
 
396 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1408  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  31.34 
 
 
396 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.689571 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2395  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  31.34 
 
 
396 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02169  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase (anaerobic), small subunit  31.34 
 
 
396 aa  89  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02128  hypothetical protein  31.34 
 
 
396 aa  89  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2625  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  31.34 
 
 
396 aa  89  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2384  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  31.34 
 
 
396 aa  89  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2541  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  30.85 
 
 
396 aa  89  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2011  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.17 
 
 
947 aa  88.6  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  decreased coverage  0.00037047 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04320  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  30.77 
 
 
989 aa  88.6  6e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2667  protein of unknown function DUF162  30.93 
 
 
727 aa  88.2  7e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2471  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  29.7 
 
 
396 aa  87.8  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.496093  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2807  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  29.5 
 
 
396 aa  87.8  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.632443 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2630  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  29.7 
 
 
396 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.484622 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2514  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  29.7 
 
 
396 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.444575  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4692  FAD linked oxidase domain protein  32.98 
 
 
996 aa  86.7  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0507445  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2526  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  29.7 
 
 
396 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2179  FAD linked oxidase domain protein  34.83 
 
 
894 aa  85.5  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2422  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  29.21 
 
 
396 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0150  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.17 
 
 
977 aa  84.7  8e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5319  FAD linked oxidase domain protein  29.79 
 
 
1012 aa  84.3  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2842  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  25.63 
 
 
396 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000733482  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0686  FAD linked oxidase domain protein  31.66 
 
 
985 aa  84.3  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17651  normal  0.98502 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1519  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  27.94 
 
 
409 aa  82  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.717289  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0210  FAD linked oxidase domain protein  32.98 
 
 
1032 aa  82  0.000000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.23019 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0457  FAD linked oxidase domain protein  34.15 
 
 
1014 aa  81.6  0.000000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.873167  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>