144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1407 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1407  two component signal transduction response regulator  100 
 
 
535 aa  1085    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.301993  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2224  response regulator  41.73 
 
 
561 aa  352  7e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3148  response regulator receiver protein  38.66 
 
 
567 aa  297  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0738  response regulator receiver protein  44.57 
 
 
592 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0753  response regulator receiver protein  44.67 
 
 
604 aa  252  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313494 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1728  response regulator receiver protein  33.82 
 
 
532 aa  233  7.000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2313  hypothetical protein  52.35 
 
 
394 aa  160  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2125  response regulator receiver protein  27.94 
 
 
332 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.551228  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0309  hypothetical protein  30.12 
 
 
379 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.78 
 
 
473 aa  58.2  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.88 
 
 
473 aa  57.8  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.88 
 
 
473 aa  57.8  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0397  nitrogen regulation protein NR(I)  27.03 
 
 
466 aa  55.8  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0883  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.76 
 
 
466 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879866  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1028  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  29.55 
 
 
468 aa  53.9  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.070914  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2541  nitrogen regulation protein NR(I)  33.62 
 
 
470 aa  52.4  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0833  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.9 
 
 
466 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.96038  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0016  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  33.62 
 
 
468 aa  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0855054  normal  0.786337 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2965  hypothetical protein  27.94 
 
 
407 aa  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001908  nitrogen regulation protein NR(I)  26.95 
 
 
467 aa  51.6  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0879  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.9 
 
 
466 aa  51.6  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45900  nitrogen regulation protein, sigma 54-dependent response regulator NtrC (NR(I))  31.58 
 
 
478 aa  51.2  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00584  response regulator  27.78 
 
 
467 aa  50.8  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3427  response regulator receiver protein  28.15 
 
 
470 aa  50.4  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.234711 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2107  response regulator receiver protein  31.9 
 
 
768 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 
470 aa  50.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3262  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  34.48 
 
 
471 aa  50.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0282  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  27.61 
 
 
471 aa  49.7  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.675957  hitchhiker  0.000000421571 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3758  helix-turn-helix, Fis-type:nitrogen regulation protein NR(I)  33.85 
 
 
476 aa  49.3  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.349567 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3458  nitrogen regulation protein NR(I)  28.57 
 
 
466 aa  48.9  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00165612  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0320  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  27.91 
 
 
470 aa  48.9  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4144  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  30.16 
 
 
477 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0734  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  34.11 
 
 
477 aa  49.3  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.942918  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0893  DNA-binding response regulator OmpR  35.71 
 
 
259 aa  48.5  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2030  response regulator receiver protein  26.35 
 
 
597 aa  48.5  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.351446  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.18 
 
 
464 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.81 
 
 
816 aa  48.9  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03753  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with GlnL: response regulator/sigma54 interaction protein  27.13 
 
 
469 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4118  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  27.13 
 
 
469 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5314  nitrogen regulation protein NR(I)  27.13 
 
 
472 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.111299  normal  0.738695 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4095  nitrogen regulation protein NR(I)  27.13 
 
 
469 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4390  nitrogen regulation protein NR(I)  27.13 
 
 
469 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.127215  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1777  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.62 
 
 
465 aa  48.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4148  nitrogen regulation protein NR(I)  27.13 
 
 
469 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4253  nitrogen regulation protein NR(I)  27.13 
 
 
472 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.177692  normal  0.167125 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03702  hypothetical protein  27.13 
 
 
469 aa  48.1  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4344  nitrogen regulation protein NR(I)  27.13 
 
 
469 aa  48.1  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.18 
 
 
464 aa  47.8  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.18 
 
 
463 aa  47.8  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2446  two component transcriptional regulator  39.24 
 
 
251 aa  47.8  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0766  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  30.34 
 
 
477 aa  47.8  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01588  two-component system, response regulator  28.35 
 
 
464 aa  47.8  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.396226  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4098  nitrogen regulation protein NR(I)  26.36 
 
 
470 aa  47.8  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.797915 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2982  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  29.73 
 
 
520 aa  47.8  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980884  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0266  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  28.68 
 
 
470 aa  47.4  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.649687  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0258  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  28.68 
 
 
470 aa  47.4  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1259  general secretion pathway protein E  30.67 
 
 
451 aa  47.8  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3930  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  27.81 
 
 
469 aa  47.4  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000245107  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0266  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  28.68 
 
 
470 aa  47.4  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2804  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.86 
 
 
494 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202391  normal  0.972852 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0261  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  28.68 
 
 
470 aa  47.4  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.024996 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4472  nitrogen regulation protein NR(I)  28.68 
 
 
471 aa  47.4  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
235 aa  47.4  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1810  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  31.15 
 
 
494 aa  47.4  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000405308 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2281  response regulator receiver protein  32.43 
 
 
128 aa  47.4  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.498531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0258  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  28.68 
 
 
469 aa  47.4  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.1328  hitchhiker  0.00000193209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0371  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  28.68 
 
 
470 aa  47.4  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.160254  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1482  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  24.43 
 
 
458 aa  47  0.0008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.712271  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0257  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  28.68 
 
 
471 aa  47.4  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3764  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  28.68 
 
 
471 aa  47  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4216  nitrogen regulation protein NR(I)  26.36 
 
 
469 aa  47  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.295301  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4333  nitrogen regulation protein NR(I)  26.36 
 
 
469 aa  47  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.140715  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4394  nitrogen regulation protein NR(I)  26.36 
 
 
469 aa  47  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4237  nitrogen regulation protein NR(I)  26.36 
 
 
469 aa  47  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4287  nitrogen regulation protein NR(I)  26.36 
 
 
469 aa  47  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0756679  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0352  nitrogen regulation protein NR(I)  29.37 
 
 
478 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4822  helix-turn-helix, Fis-type:nitrogen regulation protein NR(I)  29.37 
 
 
478 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0339  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  29.37 
 
 
478 aa  46.2  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4159  nitrogen regulation protein NR(I)  27.56 
 
 
470 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.086406  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1253  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  27.93 
 
 
484 aa  46.2  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000517304  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0231  hypothetical protein  26.87 
 
 
591 aa  45.8  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.305258  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5048  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  29.37 
 
 
478 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5728  two component transcriptional regulator  37.97 
 
 
280 aa  45.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0261  response regulator receiver domain-containing protein  26.24 
 
 
581 aa  45.8  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0296157  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4222  nitrogen regulation protein NR(I)  27.56 
 
 
470 aa  45.8  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.327829  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0485  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  30 
 
 
482 aa  45.4  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0514361  normal  0.01861 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3561  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  25.17 
 
 
469 aa  46.2  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4923  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  29.37 
 
 
478 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.924842  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1805  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  30.4 
 
 
602 aa  45.4  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.80823  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4505  nitrogen regulation protein NR(I)  27.56 
 
 
470 aa  45.8  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5101  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  29.37 
 
 
478 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
202 aa  45.8  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3962  nitrogen regulation protein NR(I)  27.56 
 
 
470 aa  46.2  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.389706  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1377  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.4 
 
 
462 aa  45.8  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244526  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4272  sigma-54 dependent response regulator  31.97 
 
 
457 aa  45.1  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1843  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.37 
 
 
465 aa  45.1  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.798265  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1824  two component transcriptional regulator  30.91 
 
 
225 aa  45.1  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529032  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0415  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  29.37 
 
 
478 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.855382 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4651  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  26.36 
 
 
469 aa  45.4  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.446316 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3651  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  28.17 
 
 
474 aa  45.4  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.071917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>