52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2940 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2940  hypothetical protein  100 
 
 		 298 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000421874  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1393  hypothetical protein  40.99 
 
 		 328 aa  195  7e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536616  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1856  TolA family protein  40.51 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0299684  normal  0.827846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2565  Tol-Pal system TolA  43.04 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000197392  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1461  TolA family protein  42.49 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00341972  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02685  TolA-like protein  45.36 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00715679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1606  TolA family protein  40.56 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000895247  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1784  protein TolA  36.09 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000349437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1741  Tol-Pal system TolA  35.5 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2539  protein TolA  35.5 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000102859  hitchhiker  0.00000353705 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1745  TolA family protein  36.76 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000294178  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1730  putative tolA protein  41.11 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1526  TolA family protein  57.39 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0124316  normal  0.623667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2441  TolA family protein  36.53 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000397376  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2532  TolA family protein  36.53 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000043804  normal  0.0718327 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2749  tolA protein  36.58 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2369  TolA family protein  36.23 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000264795  normal  0.177811 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2087  hypothetical protein  50.45 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000733877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2732  protein TolA  39.35 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00666488  hitchhiker  0.0000225144 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1897  TolA protein, membrane component  33.56 
 
 		 335 aa  119  9e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1430  tolA protein  31.59 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000458161  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0726  TolA family protein  44.26 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0649134  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1530  hypothetical protein  34.26 
 
 		 332 aa  95.1  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1453  hypothetical protein  35.42 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019c  TolA  33.78 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.957522  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0174  protein TolA  31.42 
 
 		 273 aa  75.9  0.0000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.877426  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1278  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  38.55 
 
 		 412 aa  60.8  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000166753  hitchhiker  0.0000389021 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2957  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  37.93 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0300934  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1396  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  37.93 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000130996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2869  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  37.93 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000082663  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2903  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  37.21 
 
 		 399 aa  60.1  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0842  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.48 
 
 		 424 aa  55.8  0.0000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000389137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0762  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.48 
 
 		 426 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000171784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2916  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.48 
 
 		 423 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000145417  normal  0.52602 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0661  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.48 
 
 		 395 aa  55.5  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000498099  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00688  hypothetical protein  34.48 
 
 		 421 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000128446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2896  protein TolA  34.48 
 
 		 421 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000491333  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0768  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.48 
 
 		 432 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263681  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0792  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.48 
 
 		 421 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000022577  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00699  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.48 
 
 		 421 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00012175  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0810  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  37.35 
 
 		 392 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.144537  normal  0.789068 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0874  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  37.35 
 
 		 392 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.214634  normal  0.358467 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0783  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  37.35 
 
 		 392 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209299  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0843  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  37.35 
 
 		 392 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2049  colicin uptake-like protein  32.18 
 
 		 146 aa  50.1  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02600  hypothetical protein  25.62 
 
 		 908 aa  48.9  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_18871  predicted protein  27.91 
 
 		 1682 aa  46.6  0.0005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00445245  hitchhiker  0.0000013419 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1237  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.48 
 
 		 406 aa  46.2  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0261791  normal  0.0695422 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2530  LytB protein  33.68 
 
 		 253 aa  45.8  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000152154  normal  0.947452 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003914  TolA protein  31.52 
 
 		 354 aa  45.1  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0635795  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0261  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  27.16 
 
 		 351 aa  43.9  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00647443  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0144  TonB-like  29.23 
 
 		 318 aa  43.5  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>