48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1393 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1393  hypothetical protein  100 
 
 
328 aa  643    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536616  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1461  TolA family protein  69.3 
 
 
320 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00341972  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1856  TolA family protein  65.85 
 
 
319 aa  344  1e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0299684  normal  0.827846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2565  Tol-Pal system TolA  61.28 
 
 
311 aa  323  2e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000197392  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1784  protein TolA  59.06 
 
 
341 aa  322  8e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000349437  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1741  Tol-Pal system TolA  58.94 
 
 
340 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2539  protein TolA  59.24 
 
 
340 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000102859  hitchhiker  0.00000353705 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1606  TolA family protein  65.45 
 
 
329 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000895247  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1745  TolA family protein  58.72 
 
 
342 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000294178  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2441  TolA family protein  61.4 
 
 
340 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000397376  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2532  TolA family protein  61.7 
 
 
340 aa  291  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000043804  normal  0.0718327 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2369  TolA family protein  61.7 
 
 
340 aa  290  3e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000264795  normal  0.177811 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2749  tolA protein  58.79 
 
 
345 aa  287  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2732  protein TolA  56.48 
 
 
309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00666488  hitchhiker  0.0000225144 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2940  hypothetical protein  40.99 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000421874  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2087  hypothetical protein  68.14 
 
 
327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000733877  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1730  putative tolA protein  39.21 
 
 
304 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02685  TolA-like protein  46.75 
 
 
293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00715679  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1526  TolA family protein  58.26 
 
 
311 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0124316  normal  0.623667 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1430  tolA protein  32.4 
 
 
356 aa  113  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000458161  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1897  TolA protein, membrane component  32.06 
 
 
335 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01609  hypothetical protein  31.03 
 
 
342 aa  96.7  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1530  hypothetical protein  32.39 
 
 
332 aa  86.7  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1453  hypothetical protein  32.39 
 
 
332 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0726  TolA family protein  33.59 
 
 
304 aa  81.6  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0649134  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019c  TolA  32.68 
 
 
271 aa  64.7  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.957522  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0174  protein TolA  31.63 
 
 
273 aa  64.3  0.000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.877426  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1155  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  37.93 
 
 
389 aa  63.9  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003914  TolA protein  33.71 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0635795  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2903  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  35.63 
 
 
399 aa  58.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1278  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  35.71 
 
 
412 aa  55.8  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000166753  hitchhiker  0.0000389021 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2049  colicin uptake-like protein  31.97 
 
 
146 aa  54.3  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_18871  predicted protein  23.67 
 
 
1682 aa  52.4  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00445245  hitchhiker  0.0000013419 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0261  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  25.68 
 
 
351 aa  49.3  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00647443  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3565  protein of unknown function DUF323  34.64 
 
 
925 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.233339 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03597  ubiquitination network signaling protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G12790)  20.83 
 
 
996 aa  48.1  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.748765 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0661  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  28.72 
 
 
395 aa  46.2  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000498099  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0792  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  28.72 
 
 
421 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000022577  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0842  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.96 
 
 
424 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000389137  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2896  protein TolA  28.72 
 
 
421 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000491333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00688  hypothetical protein  28.72 
 
 
421 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000128446  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00699  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  28.72 
 
 
421 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00012175  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1248  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  28.74 
 
 
395 aa  45.8  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000169991  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0762  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.43 
 
 
426 aa  44.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000171784  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2916  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.43 
 
 
423 aa  44.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000145417  normal  0.52602 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0768  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  34.43 
 
 
432 aa  44.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263681  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1237  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  30.85 
 
 
406 aa  43.1  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0261791  normal  0.0695422 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0897  hypothetical protein  28.03 
 
 
341 aa  42.4  0.01  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812436  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>