127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2688 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2688  nucleoside:H+ symporter  100 
 
 		 406 aa  815    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00432  putative nucleoside permease protein  78.54 
 
 		 397 aa  646    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0765  nucleoside:H+ symporter  75.63 
 
 		 410 aa  610  1e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3651  nucleoside:H symporter  57.97 
 
 		 400 aa  466  9.999999999999999e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1048  nucleoside:H symporter  57.81 
 
 		 405 aa  445  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1157  nucleoside:H symporter  55.91 
 
 		 402 aa  436  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.909925 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0520  nucleoside:H symporter  50 
 
 		 404 aa  382  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000056918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2982  nucleoside:H symporter  46.15 
 
 		 396 aa  360  2e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.191315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3077  nucleoside transporter  45.52 
 
 		 425 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0170567 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0966  nucleoside transporter  45.52 
 
 		 425 aa  335  9e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.998859 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1559  nucleoside transporter  45.28 
 
 		 425 aa  333  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0908002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2234  nucleoside transporter  45.28 
 
 		 425 aa  333  4e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.631238  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2386  nucleoside transporter  45.28 
 
 		 425 aa  333  4e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1549  nucleoside transporter  45.28 
 
 		 425 aa  333  4e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.364753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1140  nucleoside transporter  45.28 
 
 		 425 aa  333  4e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102088  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02026  predicted nucleoside transporter  45.04 
 
 		 425 aa  332  7.000000000000001e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01990  hypothetical protein  45.04 
 
 		 425 aa  332  7.000000000000001e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2329  nucleoside transporter  44.94 
 
 		 423 aa  332  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2378  nucleoside transporter  44.94 
 
 		 423 aa  332  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2486  nucleoside transporter  44.94 
 
 		 423 aa  332  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2374  nucleoside transporter  44.94 
 
 		 438 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2285  nucleoside transporter  44.94 
 
 		 438 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0999  nucleoside transporter  45.74 
 
 		 425 aa  330  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.501568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3311  nucleoside transporter  45.48 
 
 		 425 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1196  nucleoside:H symporter  43.49 
 
 		 415 aa  326  4.0000000000000003e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.352797  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1744  nucleoside:H symporter  46.8 
 
 		 421 aa  322  8e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4570  nucleoside:H symporter  44.66 
 
 		 419 aa  313  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1060  nucleoside:H+ symporter  42.75 
 
 		 412 aa  304  2.0000000000000002e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3058  nucleoside:H symporter  43.46 
 
 		 414 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1276  nucleoside:H symporter  42.89 
 
 		 414 aa  300  3e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1836  nucleoside permease NupG  37.05 
 
 		 411 aa  286  5e-76  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2054  nucleoside transporter  36.17 
 
 		 422 aa  272  7e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0184086 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0135  nucleoside transporter  38.26 
 
 		 414 aa  267  2e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2823  xanthosine transporter XapB  34.54 
 
 		 418 aa  262  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2910  nucleoside transporter  34.54 
 
 		 418 aa  262  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4254  nucleoside transporter  36.67 
 
 		 419 aa  256  5e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394027 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2933  nucleoside transporter  36.1 
 
 		 418 aa  253  5.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000555084  normal  0.107276 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3369  nucleoside transporter  33.58 
 
 		 418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0464551 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2757  nucleoside transporter  35.13 
 
 		 458 aa  238  1e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1256  nucleoside transporter  36.01 
 
 		 418 aa  236  8e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000485515  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2560  xanthosine permease XapB  35.46 
 
 		 418 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000874021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3362  nucleoside permease NupG  31.63 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.315721  normal  0.195044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3354  nucleoside permease NupG  31.63 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.650502  normal  0.93107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3288  nucleoside permease NupG  31.63 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.407193  normal  0.0115018 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3277  nucleoside permease NupG  31.63 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3457  nucleoside permease NupG  31.63 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.693342  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02794  nucleoside transporter  32.6 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.330512  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0731  nucleoside transporter  32.6 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4268  nucleoside permease NupG  32.6 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.218652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02757  hypothetical protein  32.6 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.255854  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3125  nucleoside permease NupG  32.6 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0750  nucleoside transporter  32.6 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0641678 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3397  nucleoside permease NupG  32.6 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3108  nucleoside permease NupG  32.36 
 
 		 418 aa  224  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661547 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3310  nucleoside permease NupG  32.36 
 
 		 418 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2614  nucleoside permease NupG  36.67 
 
 		 418 aa  222  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2680  nucleoside permease NupG  36.67 
 
 		 418 aa  222  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2565  nucleoside permease NupG  36.67 
 
 		 418 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000926787  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2786  nucleoside permease NupG  36.52 
 
 		 418 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.055348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2656  nucleoside permease NupG  36.67 
 
 		 418 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00901529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3166  nucleoside:H+ symporter  32.44 
 
 		 406 aa  172  9e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.306334  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4612  nucleoside:H symporter  34.27 
 
 		 416 aa  157  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.913784  normal  0.258863 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2951  nucleoside:H symporter  29.8 
 
 		 459 aa  155  8e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.291291  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2676  major facilitator transporter  25.81 
 
 		 387 aa  92.8  9e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2666  major facilitator transporter  23.64 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6427  major facilitator superfamily MFS_1  25.81 
 
 		 413 aa  76.6  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2587  major facilitator transporter  22.64 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0526  major facilitator transporter  26.61 
 
 		 384 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10750  major facilitator superfamily MFS_1  23.3 
 
 		 378 aa  66.6  0.0000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000151203  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1538  major facilitator transporter  25.48 
 
 		 399 aa  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0860  MFS family nucleoside/H(+) symporter  23.18 
 
 		 395 aa  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354031  hitchhiker  0.0000116391 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0703  transporter, putative  26.26 
 
 		 382 aa  62.8  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.405472  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1202  major facilitator transporter  21.29 
 
 		 391 aa  62  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.207324  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2768  major facilitator transporter  21.41 
 
 		 391 aa  60.8  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0162365  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1567  major facilitator superfamily transporter  21.75 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2136  major facilitator transporter  23.12 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1608  major facilitator superfamily MFS_1  21.14 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111571  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2845  major facilitator transporter  21.14 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000827001 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2751  major facilitator transporter  21.14 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.22938  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1923  putative transporter  23.81 
 
 		 386 aa  59.3  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.598404 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1537  major facilitator transporter  23.46 
 
 		 385 aa  58.5  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3078  major facilitator family protein, putative  22.15 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1542  major facilitator transporter  24.93 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3820  major facilitator transporter  22.9 
 
 		 404 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0118645 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1883  major facilitator transporter  26.42 
 
 		 390 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523287  normal  0.651381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1639  major facilitator transporter  22.56 
 
 		 385 aa  56.2  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2382  major facilitator superfamily MFS_1  22.01 
 
 		 394 aa  55.1  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1417  major facilitator transporter  22.22 
 
 		 389 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1482  major facilitator transporter  22.22 
 
 		 389 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51867  normal  0.336975 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1409  major facilitator transporter  21.65 
 
 		 384 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1470  major facilitator transporter  21.84 
 
 		 389 aa  53.9  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771518 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2158  major facilitator transporter  24.71 
 
 		 389 aa  53.1  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3434  major facilitator superfamily oligosaccharide/H+ symporter  25.08 
 
 		 422 aa  52.4  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1922  major facilitator transporter  22.41 
 
 		 382 aa  51.6  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0571  major facilitator superfamily MFS_1  20.8 
 
 		 388 aa  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2283  major facilitator superfamily MFS_1  21.53 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.446787  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3073  major facilitator superfamily MFS_1  23.98 
 
 		 389 aa  52.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42750  putative MFS metabolite transporter  23.14 
 
 		 383 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2415  major facilitator transporter  22.1 
 
 		 402 aa  50.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3590  putative MFS metabolite transporter  23.38 
 
 		 383 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>