226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1923 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1923  putative transporter  100 
 
 		 386 aa  758    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.598404 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1922  major facilitator transporter  57.22 
 
 		 382 aa  421  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2136  major facilitator transporter  55.26 
 
 		 383 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3073  major facilitator superfamily MFS_1  52.36 
 
 		 389 aa  360  2e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0860  MFS family nucleoside/H(+) symporter  49.73 
 
 		 395 aa  352  7e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354031  hitchhiker  0.0000116391 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1243  major facilitator superfamily MFS_1  46.09 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1739  major facilitator superfamily MFS_1  45.14 
 
 		 385 aa  308  9e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.422247 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0703  transporter, putative  45.04 
 
 		 382 aa  301  1e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.405472  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2803  MFS family nucleoside/H(+) symporter  48.12 
 
 		 384 aa  295  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1813  major facilitator transporter  45.87 
 
 		 389 aa  295  1e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.652379  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42750  putative MFS metabolite transporter  45.6 
 
 		 383 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1409  major facilitator transporter  44.2 
 
 		 384 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3590  putative MFS metabolite transporter  45.33 
 
 		 383 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1883  major facilitator transporter  43.77 
 
 		 390 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523287  normal  0.651381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1723  major facilitator transporter  44.29 
 
 		 381 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1831  major facilitator superfamily MFS_1  43.99 
 
 		 384 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.641775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3879  major facilitator transporter  43.49 
 
 		 384 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0849528  normal  0.271256 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1227  major facilitator transporter  47.73 
 
 		 380 aa  267  2e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0164577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1439  major facilitator transporter  42.98 
 
 		 384 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0292117 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2044  transporter, putative  43.18 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0012947  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1854  major facilitator transporter  42.22 
 
 		 387 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0482615  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2587  major facilitator transporter  39.46 
 
 		 387 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3078  major facilitator family protein, putative  38.9 
 
 		 389 aa  252  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2666  major facilitator transporter  38.42 
 
 		 390 aa  250  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1537  major facilitator transporter  41.07 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1538  major facilitator transporter  39.57 
 
 		 399 aa  246  3e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2768  major facilitator transporter  38.68 
 
 		 391 aa  244  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0162365  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1482  major facilitator transporter  38.64 
 
 		 389 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51867  normal  0.336975 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1608  major facilitator superfamily MFS_1  38.68 
 
 		 391 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111571  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2845  major facilitator transporter  38.68 
 
 		 391 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000827001 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2751  major facilitator transporter  38.68 
 
 		 391 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.22938  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1470  major facilitator transporter  38.35 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771518 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2450  major facilitator transporter  39.2 
 
 		 391 aa  242  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.144004  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1417  major facilitator transporter  38.35 
 
 		 389 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1567  major facilitator superfamily transporter  39.44 
 
 		 365 aa  241  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2090  transporter, putative  38.29 
 
 		 380 aa  234  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2158  major facilitator transporter  38.01 
 
 		 389 aa  230  3e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2415  major facilitator transporter  37.76 
 
 		 402 aa  229  4e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1639  major facilitator transporter  36.66 
 
 		 385 aa  226  6e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3016  major facilitator transporter  36.27 
 
 		 389 aa  223  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.279999  normal  0.571709 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23770  MFS metabolite transporter  42.14 
 
 		 354 aa  218  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0976  major facilitator transporter  35.07 
 
 		 387 aa  207  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1258  MFS family nucleoside/H(+) symporter  39.57 
 
 		 422 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404287  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0872  major facilitator superfamily MFS_1  35.85 
 
 		 385 aa  194  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.69388  normal  0.678306 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02754  major facilitator superfamily MFS_1  31.41 
 
 		 405 aa  192  9e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.874347  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1139  major facilitator transporter  37.06 
 
 		 365 aa  189  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.173981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2613  major facilitator superfamily MFS_1  33.87 
 
 		 396 aa  189  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3262  major facilitator transporter  34.92 
 
 		 385 aa  186  5e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344996 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1542  major facilitator transporter  34.63 
 
 		 378 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1971  transporter, putative  35.06 
 
 		 387 aa  177  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1639  major facilitator superfamily MFS_1  35.06 
 
 		 387 aa  177  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000052995 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2089  major facilitator transporter  30.11 
 
 		 386 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1831  major facilitator superfamily MFS_1  33.88 
 
 		 401 aa  171  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2676  major facilitator transporter  33.61 
 
 		 387 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3149  hypothetical protein  31 
 
 		 384 aa  167  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3357  major facilitator superfamily MFS_1  32.51 
 
 		 396 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3634  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.87 
 
 		 383 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10750  major facilitator superfamily MFS_1  25.88 
 
 		 378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000151203  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3034  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.82 
 
 		 379 aa  133  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.308801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1162  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.31 
 
 		 385 aa  133  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.92917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1269  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.31 
 
 		 385 aa  133  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000298411  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1232  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.83 
 
 		 386 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0442  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.03 
 
 		 385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000923694  hitchhiker  0.00000109334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3043  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.83 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0906108  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2795  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.49 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2709  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.49 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2816  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.49 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2754  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.49 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2929  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.49 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3820  major facilitator transporter  29.53 
 
 		 404 aa  123  7e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0118645 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.05 
 
 		 379 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3751  major facilitator superfamily MFS_1  29.58 
 
 		 397 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.149553  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1094  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.92 
 
 		 397 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3834  major facilitator superfamily MFS_1  29.58 
 
 		 397 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.494321  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3693  major facilitator transporter  29.86 
 
 		 397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14571  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1202  major facilitator transporter  25.21 
 
 		 391 aa  116  7.999999999999999e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.207324  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2910  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.97 
 
 		 379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0356658  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1141  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.51 
 
 		 379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1132  phenyl proprionate permease family protein  29.51 
 
 		 379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2820  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.51 
 
 		 379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0314248  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02428  predicted 3-phenylpropionic transporter  29.78 
 
 		 379 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02392  hypothetical protein  29.78 
 
 		 379 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.78 
 
 		 379 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117825  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3767  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.23 
 
 		 379 aa  112  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0045  putative MFS metabolite transporter  27.01 
 
 		 393 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1657  major facilitator transporter  30.5 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0618282  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2503  major facilitator transporter  30.62 
 
 		 397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527244 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5559  major facilitator superfamily permease  27.25 
 
 		 386 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2283  major facilitator superfamily MFS_1  27.27 
 
 		 362 aa  110  5e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1634  major facilitator transporter  30.7 
 
 		 402 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.273991  normal  0.517668 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2830  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.83 
 
 		 393 aa  108  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4487  major facilitator superfamily MFS_1  30.58 
 
 		 402 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0526  major facilitator transporter  26.33 
 
 		 384 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0840  major facilitator transporter  25.29 
 
 		 380 aa  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0402328  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2761  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.97 
 
 		 380 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3228  MFS family transporter  28.49 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0436901  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1625  major facilitator transporter  29.82 
 
 		 400 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37760  putative MFS transporter  28.53 
 
 		 387 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0112264  normal  0.117862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1748  major facilitator transporter  27.81 
 
 		 397 aa  96.3  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1450  major facilitator transporter  27.58 
 
 		 404 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106251  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>