171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3879 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1831  major facilitator superfamily MFS_1  98.96 
 
 		 384 aa  746    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.641775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3879  major facilitator transporter  100 
 
 		 384 aa  755    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0849528  normal  0.271256 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1409  major facilitator transporter  96.88 
 
 		 384 aa  702    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1439  major facilitator transporter  92.41 
 
 		 384 aa  645    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0292117 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1723  major facilitator transporter  82.45 
 
 		 381 aa  568  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1883  major facilitator transporter  74.65 
 
 		 390 aa  524  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523287  normal  0.651381 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42750  putative MFS metabolite transporter  76.12 
 
 		 383 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3590  putative MFS metabolite transporter  76.69 
 
 		 383 aa  508  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1854  major facilitator transporter  74.86 
 
 		 387 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0482615  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2044  transporter, putative  72.68 
 
 		 389 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0012947  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23770  MFS metabolite transporter  74.32 
 
 		 354 aa  457  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1243  major facilitator superfamily MFS_1  45.29 
 
 		 385 aa  319  6e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0860  MFS family nucleoside/H(+) symporter  43.94 
 
 		 395 aa  294  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354031  hitchhiker  0.0000116391 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1922  major facilitator transporter  42.51 
 
 		 382 aa  290  3e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1923  putative transporter  43.26 
 
 		 386 aa  287  2e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.598404 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1739  major facilitator superfamily MFS_1  43.72 
 
 		 385 aa  285  7e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.422247 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2803  MFS family nucleoside/H(+) symporter  46.77 
 
 		 384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1813  major facilitator transporter  44.23 
 
 		 389 aa  283  5.000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.652379  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0703  transporter, putative  42.86 
 
 		 382 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.405472  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1567  major facilitator superfamily transporter  44.63 
 
 		 365 aa  270  4e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3073  major facilitator superfamily MFS_1  44.63 
 
 		 389 aa  265  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2136  major facilitator transporter  39.95 
 
 		 383 aa  264  2e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2090  transporter, putative  41.36 
 
 		 380 aa  256  7e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1417  major facilitator transporter  40.99 
 
 		 389 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1482  major facilitator transporter  40.99 
 
 		 389 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51867  normal  0.336975 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1227  major facilitator transporter  45.74 
 
 		 380 aa  244  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0164577 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3078  major facilitator family protein, putative  40.99 
 
 		 389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1537  major facilitator transporter  40.59 
 
 		 385 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1470  major facilitator transporter  40.7 
 
 		 389 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771518 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1608  major facilitator superfamily MFS_1  40.58 
 
 		 391 aa  242  7e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111571  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2768  major facilitator transporter  40.58 
 
 		 391 aa  242  7e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0162365  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2845  major facilitator transporter  40.58 
 
 		 391 aa  242  7e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000827001 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2751  major facilitator transporter  41.98 
 
 		 391 aa  242  9e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.22938  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2666  major facilitator transporter  39.6 
 
 		 390 aa  241  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2587  major facilitator transporter  38.32 
 
 		 387 aa  241  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2450  major facilitator transporter  41.4 
 
 		 391 aa  241  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.144004  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1538  major facilitator transporter  40.52 
 
 		 399 aa  236  7e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1639  major facilitator transporter  39.07 
 
 		 385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2415  major facilitator transporter  39.36 
 
 		 402 aa  234  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3016  major facilitator transporter  38.38 
 
 		 389 aa  233  5e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.279999  normal  0.571709 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1542  major facilitator transporter  41.28 
 
 		 378 aa  226  7e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3149  hypothetical protein  38.39 
 
 		 384 aa  222  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2158  major facilitator transporter  36.51 
 
 		 389 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02754  major facilitator superfamily MFS_1  35.37 
 
 		 405 aa  214  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.874347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2613  major facilitator superfamily MFS_1  35.83 
 
 		 396 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1139  major facilitator transporter  38.53 
 
 		 365 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.173981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0976  major facilitator transporter  35.29 
 
 		 387 aa  189  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1258  MFS family nucleoside/H(+) symporter  37.22 
 
 		 422 aa  189  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404287  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2676  major facilitator transporter  35.28 
 
 		 387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2089  major facilitator transporter  31.9 
 
 		 386 aa  182  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0872  major facilitator superfamily MFS_1  35.2 
 
 		 385 aa  178  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.69388  normal  0.678306 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1831  major facilitator superfamily MFS_1  33.51 
 
 		 401 aa  169  9e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3262  major facilitator transporter  33.06 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344996 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3357  major facilitator superfamily MFS_1  34.06 
 
 		 396 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1639  major facilitator superfamily MFS_1  34.14 
 
 		 387 aa  150  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000052995 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1971  transporter, putative  34.14 
 
 		 387 aa  150  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2503  major facilitator transporter  32.96 
 
 		 397 aa  136  7.000000000000001e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527244 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1162  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.82 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.92917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1269  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.82 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000298411  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002202  probable 3-phenylpropionic acid transporter  31.02 
 
 		 395 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0442  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.53 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000923694  hitchhiker  0.00000109334 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2830  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.71 
 
 		 393 aa  133  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2816  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.2 
 
 		 379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2795  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.75 
 
 		 379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3034  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.83 
 
 		 379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.308801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2754  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.75 
 
 		 379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2709  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.75 
 
 		 379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2929  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.2 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10750  major facilitator superfamily MFS_1  26.67 
 
 		 378 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000151203  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3767  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.55 
 
 		 379 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02428  predicted 3-phenylpropionic transporter  29.26 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02392  hypothetical protein  29.26 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.26 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117825  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2910  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.49 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0356658  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1132  phenyl proprionate permease family protein  29.26 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3693  major facilitator transporter  31.65 
 
 		 397 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14571  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2820  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.26 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0314248  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1141  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.26 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.55 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3820  major facilitator transporter  29.66 
 
 		 404 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0118645 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2694  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.38 
 
 		 396 aa  121  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1232  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.43 
 
 		 386 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3751  major facilitator superfamily MFS_1  31.09 
 
 		 397 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.149553  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3834  major facilitator superfamily MFS_1  31.09 
 
 		 397 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.494321  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3043  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.64 
 
 		 386 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0906108  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0840  major facilitator transporter  27.48 
 
 		 380 aa  117  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0402328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3634  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.64 
 
 		 383 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1556  major facilitator transporter  27.81 
 
 		 407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.897116  normal  0.129024 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1094  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.66 
 
 		 397 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1450  major facilitator transporter  29.92 
 
 		 404 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2761  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.88 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0017  chloramphenicol O-acetyltransferase  26.78 
 
 		 388 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000020169 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5559  major facilitator superfamily permease  29.64 
 
 		 386 aa  106  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2283  major facilitator superfamily MFS_1  26.91 
 
 		 362 aa  104  3e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0045  putative MFS metabolite transporter  27.03 
 
 		 393 aa  99  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1657  major facilitator transporter  28.02 
 
 		 395 aa  99  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0618282  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4111  major facilitator transporter  30.39 
 
 		 387 aa  99.4  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.778149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1634  major facilitator transporter  29.36 
 
 		 402 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.273991  normal  0.517668 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00166  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.1 
 
 		 342 aa  98.2  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1986  major facilitator superfamily MFS_1  26.63 
 
 		 405 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337503  normal  0.678896 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>