146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1634 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1625  major facilitator transporter  84.37 
 
 		 400 aa  650    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1634  major facilitator transporter  100 
 
 		 402 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.273991  normal  0.517668 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4487  major facilitator superfamily MFS_1  69.65 
 
 		 402 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1450  major facilitator transporter  62.56 
 
 		 404 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5559  major facilitator superfamily permease  54.76 
 
 		 386 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2503  major facilitator transporter  36.26 
 
 		 397 aa  169  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527244 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2910  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.79 
 
 		 379 aa  152  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0356658  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0840  major facilitator transporter  27.7 
 
 		 380 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0402328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2709  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.06 
 
 		 379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2754  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.06 
 
 		 379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2795  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.06 
 
 		 379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3034  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.88 
 
 		 379 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.308801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2816  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.06 
 
 		 379 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2929  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.79 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2694  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.03 
 
 		 396 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1162  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.55 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.92917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4111  major facilitator transporter  34.03 
 
 		 387 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.778149  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1132  phenyl proprionate permease family protein  33.79 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1094  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.69 
 
 		 397 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3767  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.79 
 
 		 379 aa  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2820  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.79 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0314248  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1141  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.79 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0442  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.29 
 
 		 385 aa  144  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000923694  hitchhiker  0.00000109334 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.52 
 
 		 379 aa  143  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02428  predicted 3-phenylpropionic transporter  33.79 
 
 		 379 aa  143  7e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02392  hypothetical protein  33.79 
 
 		 379 aa  143  7e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  33.79 
 
 		 379 aa  143  7e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1269  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.53 
 
 		 385 aa  142  9e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000298411  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2830  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.34 
 
 		 393 aa  140  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1232  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.22 
 
 		 386 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3043  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.32 
 
 		 386 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002202  probable 3-phenylpropionic acid transporter  30.29 
 
 		 395 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2005  major facilitator transporter  30.91 
 
 		 390 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1556  major facilitator transporter  27.08 
 
 		 407 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.897116  normal  0.129024 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1657  major facilitator transporter  32.12 
 
 		 395 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0618282  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1748  major facilitator transporter  32.04 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3634  putative 3-phenylpropionic acid transporter  32.38 
 
 		 383 aa  133  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1986  major facilitator superfamily MFS_1  30.9 
 
 		 405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337503  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2197  major facilitator superfamily MFS_1  29.92 
 
 		 406 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0740426 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1951  major facilitator transporter  30.83 
 
 		 391 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.577429  normal  0.771296 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2761  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.22 
 
 		 380 aa  125  9e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00166  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.68 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37760  putative MFS transporter  31.71 
 
 		 387 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0112264  normal  0.117862 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0860  MFS family nucleoside/H(+) symporter  28.92 
 
 		 395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354031  hitchhiker  0.0000116391 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3228  MFS family transporter  31.32 
 
 		 386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0436901  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1315  major facilitator superfamily MFS_1  36.78 
 
 		 374 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.457809  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4960  major facilitator superfamily MFS_1  36.68 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.877021  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3073  major facilitator superfamily MFS_1  28.4 
 
 		 389 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1284  putative 3-phenylpropionic acid transporter  26.61 
 
 		 399 aa  110  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1923  putative transporter  30.7 
 
 		 386 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.598404 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1243  major facilitator superfamily MFS_1  28.81 
 
 		 385 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1567  major facilitator superfamily transporter  27.47 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2090  transporter, putative  30.4 
 
 		 380 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1537  major facilitator transporter  25.45 
 
 		 385 aa  101  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0703  transporter, putative  28.42 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.405472  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0816  major facilitator superfamily MFS_1  31.93 
 
 		 410 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0515849  normal  0.140631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1409  major facilitator transporter  29.07 
 
 		 384 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1258  MFS family nucleoside/H(+) symporter  28.29 
 
 		 422 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404287  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3590  putative MFS metabolite transporter  28.45 
 
 		 383 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3820  major facilitator transporter  29.97 
 
 		 404 aa  97.1  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0118645 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3262  major facilitator transporter  28.65 
 
 		 385 aa  96.7  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344996 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1739  major facilitator superfamily MFS_1  27.27 
 
 		 385 aa  95.9  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.422247 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1639  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 387 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000052995 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2136  major facilitator transporter  27.38 
 
 		 383 aa  94.7  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42750  putative MFS metabolite transporter  28.61 
 
 		 383 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0017  chloramphenicol O-acetyltransferase  27.53 
 
 		 388 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000020169 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0850  major facilitator superfamily MFS_1  32.83 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104948 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2676  major facilitator transporter  27.4 
 
 		 387 aa  95.1  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0890  major facilitator transporter  33.16 
 
 		 401 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.142109 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1971  transporter, putative  28.57 
 
 		 387 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1922  major facilitator transporter  25.92 
 
 		 382 aa  92.8  9e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1883  major facilitator transporter  29.65 
 
 		 390 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523287  normal  0.651381 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1542  major facilitator transporter  28 
 
 		 378 aa  88.6  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1009  major facilitator transporter  32.01 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1723  major facilitator transporter  29.28 
 
 		 381 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3879  major facilitator transporter  28.49 
 
 		 384 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0849528  normal  0.271256 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2587  major facilitator transporter  26.38 
 
 		 387 aa  87.8  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0949  major facilitator superfamily MFS_1  31.3 
 
 		 406 aa  87.8  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000750812 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2666  major facilitator transporter  27.16 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0757  major facilitator superfamily MFS_1  31.28 
 
 		 389 aa  87  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1831  major facilitator superfamily MFS_1  28.2 
 
 		 384 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.641775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1227  major facilitator transporter  30.94 
 
 		 380 aa  84.7  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0164577 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2803  MFS family nucleoside/H(+) symporter  25.83 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02754  major facilitator superfamily MFS_1  24.1 
 
 		 405 aa  84  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.874347  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1813  major facilitator transporter  25.85 
 
 		 389 aa  82  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.652379  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2089  major facilitator transporter  25.41 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10750  major facilitator superfamily MFS_1  23.36 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000151203  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3357  major facilitator superfamily MFS_1  28.53 
 
 		 396 aa  80.5  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1439  major facilitator transporter  26.53 
 
 		 384 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0292117 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0976  major facilitator transporter  25.36 
 
 		 387 aa  79.3  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2755  major facilitator superfamily MFS_1  27.25 
 
 		 392 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0872  major facilitator superfamily MFS_1  26.32 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.69388  normal  0.678306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2044  transporter, putative  27.85 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0012947  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1854  major facilitator transporter  24.86 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0482615  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1139  major facilitator transporter  27.16 
 
 		 365 aa  74.7  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.173981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0678  major facilitator superfamily MFS_1  30.17 
 
 		 394 aa  72.8  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2283  major facilitator superfamily MFS_1  27.43 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1831  major facilitator superfamily MFS_1  26.98 
 
 		 401 aa  71.2  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0929  major facilitator transporter  33.23 
 
 		 392 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.382105  normal  0.442041 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1538  major facilitator transporter  25.59 
 
 		 399 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>