182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1542 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1542  major facilitator transporter  100 
 
 		 378 aa  746    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02754  major facilitator superfamily MFS_1  52.52 
 
 		 405 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.874347  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2666  major facilitator transporter  42.47 
 
 		 390 aa  287  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2587  major facilitator transporter  42.18 
 
 		 387 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3149  hypothetical protein  42.35 
 
 		 384 aa  266  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1538  major facilitator transporter  43.55 
 
 		 399 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3016  major facilitator transporter  40.7 
 
 		 389 aa  263  4e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.279999  normal  0.571709 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1639  major facilitator transporter  41.38 
 
 		 385 aa  259  8e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3078  major facilitator family protein, putative  39.52 
 
 		 389 aa  258  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2158  major facilitator transporter  39.95 
 
 		 389 aa  255  8e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1482  major facilitator transporter  41.09 
 
 		 389 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51867  normal  0.336975 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1417  major facilitator transporter  41.09 
 
 		 389 aa  253  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1470  major facilitator transporter  40.8 
 
 		 389 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0771518 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2415  major facilitator transporter  40.9 
 
 		 402 aa  251  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2768  major facilitator transporter  37.83 
 
 		 391 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0162365  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1608  major facilitator superfamily MFS_1  37.83 
 
 		 391 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111571  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2450  major facilitator transporter  41.38 
 
 		 391 aa  249  5e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.144004  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2845  major facilitator transporter  37.83 
 
 		 391 aa  249  6e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000827001 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2751  major facilitator transporter  37.83 
 
 		 391 aa  249  8e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.22938  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1243  major facilitator superfamily MFS_1  35.87 
 
 		 385 aa  236  4e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1739  major facilitator superfamily MFS_1  37.9 
 
 		 385 aa  232  9e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.422247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1409  major facilitator transporter  40.29 
 
 		 384 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387878  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0703  transporter, putative  35.77 
 
 		 382 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.405472  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3879  major facilitator transporter  41.16 
 
 		 384 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0849528  normal  0.271256 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1831  major facilitator superfamily MFS_1  41.16 
 
 		 384 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.641775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1723  major facilitator transporter  38.7 
 
 		 381 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2044  transporter, putative  38.62 
 
 		 389 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0012947  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1854  major facilitator transporter  39.71 
 
 		 387 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0482615  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1883  major facilitator transporter  37.83 
 
 		 390 aa  203  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523287  normal  0.651381 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42750  putative MFS metabolite transporter  40 
 
 		 383 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1813  major facilitator transporter  34.69 
 
 		 389 aa  203  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.652379  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3590  putative MFS metabolite transporter  40.12 
 
 		 383 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1439  major facilitator transporter  40.29 
 
 		 384 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0292117 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2090  transporter, putative  34.38 
 
 		 380 aa  199  9e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1923  putative transporter  34.69 
 
 		 386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.598404 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0860  MFS family nucleoside/H(+) symporter  31.22 
 
 		 395 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354031  hitchhiker  0.0000116391 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1537  major facilitator transporter  36.89 
 
 		 385 aa  196  6e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1567  major facilitator superfamily transporter  34.64 
 
 		 365 aa  186  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2803  MFS family nucleoside/H(+) symporter  34.96 
 
 		 384 aa  182  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2136  major facilitator transporter  30.99 
 
 		 383 aa  179  7e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23770  MFS metabolite transporter  38.65 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1227  major facilitator transporter  34.34 
 
 		 380 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0164577 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1922  major facilitator transporter  31.88 
 
 		 382 aa  172  9e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2613  major facilitator superfamily MFS_1  31.52 
 
 		 396 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0976  major facilitator transporter  29.84 
 
 		 387 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0872  major facilitator superfamily MFS_1  30.38 
 
 		 385 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.69388  normal  0.678306 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2089  major facilitator transporter  29.56 
 
 		 386 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3073  major facilitator superfamily MFS_1  29.72 
 
 		 389 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1831  major facilitator superfamily MFS_1  32.02 
 
 		 401 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3262  major facilitator transporter  30.81 
 
 		 385 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344996 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1139  major facilitator transporter  29.13 
 
 		 365 aa  143  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.173981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2929  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.54 
 
 		 379 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2676  major facilitator transporter  28.38 
 
 		 387 aa  135  9e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2795  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.54 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2709  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.54 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2816  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.54 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2754  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.54 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1232  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.9 
 
 		 386 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2910  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.84 
 
 		 379 aa  133  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0356658  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3034  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.86 
 
 		 379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.308801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1162  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.55 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.92917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1269  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.11 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000298411  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0442  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.83 
 
 		 385 aa  129  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000923694  hitchhiker  0.00000109334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3043  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.94 
 
 		 386 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0906108  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02428  predicted 3-phenylpropionic transporter  30.54 
 
 		 379 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02392  hypothetical protein  30.54 
 
 		 379 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.54 
 
 		 379 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117825  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3767  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.54 
 
 		 379 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1132  phenyl proprionate permease family protein  30.54 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2820  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.54 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0314248  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1141  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.54 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1258  MFS family nucleoside/H(+) symporter  26.93 
 
 		 422 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404287  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1971  transporter, putative  30.79 
 
 		 387 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3634  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.55 
 
 		 383 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1639  major facilitator superfamily MFS_1  30.79 
 
 		 387 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000052995 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3693  major facilitator transporter  28.21 
 
 		 397 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14571  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3357  major facilitator superfamily MFS_1  30.25 
 
 		 396 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.15 
 
 		 379 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3751  major facilitator superfamily MFS_1  27.92 
 
 		 397 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.149553  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3834  major facilitator superfamily MFS_1  27.64 
 
 		 397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.494321  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2503  major facilitator transporter  27.59 
 
 		 397 aa  117  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527244 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0840  major facilitator transporter  27.76 
 
 		 380 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0402328  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1094  putative 3-phenylpropionic acid transporter  27.37 
 
 		 397 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0045  putative MFS metabolite transporter  30.46 
 
 		 393 aa  111  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2283  major facilitator superfamily MFS_1  28.79 
 
 		 362 aa  110  3e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3820  major facilitator transporter  26.67 
 
 		 404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0118645 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1556  major facilitator transporter  28.8 
 
 		 407 aa  110  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.897116  normal  0.129024 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2761  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.01 
 
 		 380 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10750  major facilitator superfamily MFS_1  24.07 
 
 		 378 aa  106  6e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000151203  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002202  probable 3-phenylpropionic acid transporter  28.83 
 
 		 395 aa  97.8  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4487  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 402 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1986  major facilitator superfamily MFS_1  25.63 
 
 		 405 aa  97.1  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337503  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1450  major facilitator transporter  27.42 
 
 		 404 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2830  putative 3-phenylpropionic acid transporter  26.73 
 
 		 393 aa  95.1  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2197  major facilitator superfamily MFS_1  25 
 
 		 406 aa  94  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0740426 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1202  major facilitator transporter  23.48 
 
 		 391 aa  92.8  9e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.207324  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00166  putative 3-phenylpropionic acid transporter  30.91 
 
 		 342 aa  92.4  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1657  major facilitator transporter  26.9 
 
 		 395 aa  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0618282  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1634  major facilitator transporter  28 
 
 		 402 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.273991  normal  0.517668 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1748  major facilitator transporter  27.03 
 
 		 397 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>